198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6027 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6027  nitroreductase  100 
 
 
254 aa  530  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5783  nitroreductase  95.67 
 
 
254 aa  509  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4912  nitroreductase  74.27 
 
 
247 aa  388  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6222  nitroreductase  70.42 
 
 
246 aa  365  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0682  nitroreductase  70.17 
 
 
249 aa  360  1e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00504715  normal  0.337771 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2073  nitroreductase  67.22 
 
 
242 aa  352  2e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3657  nitrobenzoate reductase, putative  70.4 
 
 
224 aa  344  8.999999999999999e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.583331  normal  0.143139 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5940  nitroreductase  63.45 
 
 
237 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.118292  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0222  putative nitroreductase  63.56 
 
 
229 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1610  nitroreductase  63.51 
 
 
235 aa  305  4.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.367755  normal  0.918275 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1938  nitroreductase  63.96 
 
 
235 aa  305  5.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.255877  hitchhiker  0.00446173 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3047  nitroreductase  62.93 
 
 
239 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.496767  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1608  oxidoreductase protein  62.67 
 
 
235 aa  301  7.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000515625  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7105  nitroreductase  63.06 
 
 
229 aa  296  3e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6397  nitroreductase  63.35 
 
 
242 aa  294  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3069  nitroreductase  64.86 
 
 
242 aa  291  6e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2436  nitroreductase  64.41 
 
 
242 aa  291  8e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3050  nitroreductase  64.41 
 
 
242 aa  291  8e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.908871  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1203  nitroreductase  58.22 
 
 
231 aa  283  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000186245  normal  0.254827 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3085  nitroreductase  54.08 
 
 
258 aa  263  1e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000834764  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1615  nitroreductase  52.1 
 
 
257 aa  259  4e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00251246  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2142  nitroreductase  52.44 
 
 
236 aa  248  8e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000000385966  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2908  nitroreductase  52.72 
 
 
239 aa  242  3e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1481  nitroreductase  53.24 
 
 
236 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6301  nitroreductase  50.9 
 
 
245 aa  225  5.0000000000000005e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540366  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2263  nitroreductase  51.8 
 
 
224 aa  224  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513133 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1410  nitroreductase  46.15 
 
 
231 aa  221  7e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0345  nitroreductase  50.88 
 
 
228 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0573  nitroreductase family protein  45.62 
 
 
228 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3352  nitroreductase  48.83 
 
 
233 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2012  nitroreductase  48.2 
 
 
223 aa  209  4e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.142493  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47250  Nitroreductase  43.5 
 
 
224 aa  199  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3982  nitroreductase  45.66 
 
 
233 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0408  nitroreductase  42.04 
 
 
223 aa  191  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.341785  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3737  NADH dehydrogenase  43.24 
 
 
221 aa  187  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0926  nitroreductase  42.27 
 
 
223 aa  187  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6984  nitroreductase  41.44 
 
 
229 aa  180  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795076  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8469  nitroreductase  40.53 
 
 
240 aa  177  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3607  nitroreductase  40.72 
 
 
223 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.127181  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5417  nitroreductase  38.5 
 
 
226 aa  159  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0170  nitroreductase  38.67 
 
 
221 aa  159  5e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.834926  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3999  nitroreductase  39.37 
 
 
223 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5984  nitroreductase  39.41 
 
 
228 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0282838  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5454  nitroreductase  38.74 
 
 
221 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111331  normal  0.0192138 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1690  nitroreductase  38.43 
 
 
230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1917  nitroreductase  37 
 
 
225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.805688  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5185  nitroreductase  38.12 
 
 
221 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0863183  normal  0.13215 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2388  nitroreductase  36.65 
 
 
226 aa  145  6e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1543  nitroreductase  39.44 
 
 
232 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.973718  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1213  nitroreductase  37.44 
 
 
221 aa  144  2e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.718567 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2316  nitroreductase  38.5 
 
 
232 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3603  nitroreductase  36.82 
 
 
232 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0181645  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0200  nitroreductase  37.95 
 
 
225 aa  137  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.878675  normal  0.802011 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1973  nitroreductase  34.36 
 
 
244 aa  136  4e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4924  nitroreductase  34.86 
 
 
222 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5013  nitroreductase  34.86 
 
 
222 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1048  nitroreductase  36.99 
 
 
219 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.043093 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5306  nitroreductase  34.86 
 
 
222 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1911  nitroreductase  34.55 
 
 
232 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0966  nitroreductase  37.21 
 
 
219 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4839  nitroreductase  35.02 
 
 
238 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0536307  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4604  nitroreductase  33.47 
 
 
241 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.278026  normal  0.441291 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2969  nitroreductase  35.29 
 
 
235 aa  128  9.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.788882  normal  0.0360376 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2312  nitroreductase  35.45 
 
 
220 aa  128  9.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.501363  normal  0.270967 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7115  hypothetical protein  33.79 
 
 
215 aa  128  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3141  nitroreductase  34.33 
 
 
237 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3698  nitroreductase  33.04 
 
 
231 aa  122  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0519  nitroreductase  30.91 
 
 
225 aa  122  5e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000999564  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1036  nitroreductase  32.47 
 
 
241 aa  122  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0710283 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2199  nitroreductase  32.76 
 
 
231 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396094  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6296  nitroreductase  32.56 
 
 
228 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.214758  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7293  nitroreductase  33.63 
 
 
228 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.367017 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2041  nitroreductase  28.95 
 
 
220 aa  119  7e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.505491  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4473  nitroreductase  34.38 
 
 
225 aa  118  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5533  nitroreductase  33.65 
 
 
230 aa  112  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2168  nitroreductase  31.58 
 
 
224 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0024  hypothetical protein  31.7 
 
 
225 aa  106  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.369937  normal  0.267873 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2325  nitroreductase  29.46 
 
 
234 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278176  normal  0.241368 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2473  nitroreductase  29.17 
 
 
235 aa  98.2  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0563773  normal  0.616707 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3631  nitroreductase  29.82 
 
 
225 aa  98.2  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1796  nitroreductase  30.8 
 
 
227 aa  97.4  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.539857  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0723  p-nitrobenzoate reductase  29.15 
 
 
221 aa  92.8  5e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0055643  normal  0.275976 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1408  nitroreductase  28.57 
 
 
217 aa  92  7e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01216  putative oxidoreductase  27.19 
 
 
223 aa  90.1  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.711869  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3154  nitroreductase  29.91 
 
 
225 aa  89.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.297718  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1205  nitroreductase  28.63 
 
 
229 aa  84.3  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0563  p-nitrobenzoate reductase  26.51 
 
 
218 aa  82.4  0.000000000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000325568  hitchhiker  0.0000528283 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1327  nitroreductase family protein  27.56 
 
 
270 aa  81.3  0.00000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0556  nitroreductase  26.32 
 
 
345 aa  67  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0694  nitroreductase  25.25 
 
 
183 aa  61.2  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.402157  unclonable  1.19991e-19 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1834  nitroreductase  25.26 
 
 
190 aa  58.9  0.00000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000154259  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0372  nitroreductase  25.91 
 
 
178 aa  58.9  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0019  nitroreductase  25.87 
 
 
196 aa  58.9  0.00000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0182  NADH dehydrogenase  24.88 
 
 
206 aa  57  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263837  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1474  nitroreductase  27.22 
 
 
334 aa  56.6  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1207  nitroreductase  41.82 
 
 
165 aa  55.5  0.0000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0777981  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1872  nitroreductase  47.3 
 
 
232 aa  55.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2827  nitroreductase  26.74 
 
 
212 aa  54.3  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.374853  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2164  nitroreductase  23.35 
 
 
190 aa  54.3  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0893  nitroreductase  24.63 
 
 
187 aa  54.7  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0202115  hitchhiker  0.00000963559 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>