More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1008 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1008  OmpA/MotB  100 
 
 		 212 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.223165  normal  0.0458619 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0896  OmpA/MotB  84.91 
 
 		 212 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5159  OmpA/MotB domain protein  68.97 
 
 		 216 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.314153  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0555  hypothetical protein  68.42 
 
 		 212 aa  248  5e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2207  putative outer membrane protein of unknown function  64.48 
 
 		 216 aa  228  7e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.533668 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0900  OmpA/MotB  49.49 
 
 		 208 aa  174  8e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0835  OmpA/MotB domain-containing protein  50.54 
 
 		 213 aa  170  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.374195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1403  OmpA/MotB domain protein  48.37 
 
 		 213 aa  169  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0715247  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3028  OmpA/MotB  45.75 
 
 		 213 aa  166  2e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.251626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1012  OmpA/MotB  47 
 
 		 217 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0857514 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1336  OmpA/MotB domain protein  50.88 
 
 		 222 aa  162  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.761552  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0909  OmpA/MotB domain-containing protein  47.74 
 
 		 227 aa  160  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0915  OmpA/MotB domain-containing protein  45.45 
 
 		 210 aa  155  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.537085  normal  0.931253 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3121  OmpA/MotB domain protein  42.35 
 
 		 192 aa  134  8e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3033  OmpA/MotB domain-containing protein  44.34 
 
 		 269 aa  91.7  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0106321 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0729  OmpA/MotB domain protein  42.06 
 
 		 282 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.965103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0911  OmpA/MotB domain-containing protein  32.58 
 
 		 178 aa  85.1  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.331654  normal  0.855995 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1334  OmpA/MotB domain protein  32.09 
 
 		 178 aa  82.8  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.471341  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23330  major outer membrane porin OprF  39.25 
 
 		 351 aa  81.3  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0169824  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1422  OmpA/MotB domain-containing protein  37.38 
 
 		 210 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2299  outer membrane porin OprF  39.25 
 
 		 344 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.000000300566  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2097  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  39.25 
 
 		 344 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000182424  decreased coverage  0.00163672 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2089  OmpF family protein  38.32 
 
 		 344 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.437855  normal  0.0407434 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3651  OmpF family protein  38.32 
 
 		 344 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000349757  normal  0.525566 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4592  OmpA/MotB domain-containing protein  42.06 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1600  OmpF family protein  38.32 
 
 		 344 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517848  decreased coverage  0.00289016 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6949  OmpA/MotB domain protein  38.32 
 
 		 189 aa  77.4  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5114  OmpA/MotB domain protein  36.45 
 
 		 189 aa  77.4  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1607  OmpF family protein  37.38 
 
 		 345 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00000281488  decreased coverage  0.0000000000176342 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3529  outer membrane protein OprF precursor  37.38 
 
 		 350 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41570  major porin and structural outer membrane porin OprF precursor  37.38 
 
 		 350 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000484221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2092  OmpF family protein  37.96 
 
 		 327 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0207533  normal  0.0999951 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2459  OmpA/MotB domain-containing protein  28.16 
 
 		 197 aa  75.1  0.0000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.467218 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1777  OmpF  35.51 
 
 		 344 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000465517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0293  OmpA/MotB domain protein  37.96 
 
 		 213 aa  73.9  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0608822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1992  OmpA/MotB domain-containing protein  35.45 
 
 		 220 aa  72  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2069  OmpA/MotB  37.07 
 
 		 703 aa  72  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0149284  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3118  OmpA/MotB family outer membrane protein  35.88 
 
 		 242 aa  71.6  0.000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2862  OmpA/MotB domain-containing protein  36.84 
 
 		 203 aa  71.2  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4062  OmpA/MotB domain-containing protein  28.5 
 
 		 200 aa  70.9  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000158668 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0739  outer membrane fibronectin-binding protein  38.32 
 
 		 337 aa  70.1  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.306148  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0366  OmpA/MotB domain-containing protein  30.36 
 
 		 359 aa  70.5  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193162  normal  0.220878 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0145  OmpA/MotB domain-containing protein  38.6 
 
 		 487 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0145  OmpA/MotB domain-containing protein  38.6 
 
 		 487 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0360  OmpA domain-containing protein  38.4 
 
 		 429 aa  69.7  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00108723  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2239  Outer membrane protein and related peptidoglycan-associated (lipo)proteins-like  34.35 
 
 		 217 aa  69.7  0.00000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0241987  normal  0.443331 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0053  OmpA/MotB domain protein  39.78 
 
 		 333 aa  69.7  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0150  OmpA/MotB domain-containing protein  38.6 
 
 		 487 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1240  OmpA/MotB domain protein  37.38 
 
 		 434 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000641372  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2166  outer membrane protein  38.68 
 
 		 224 aa  68.9  0.00000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000706819  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1825  fibronectin-binding protein  37.74 
 
 		 319 aa  68.6  0.00000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000112417  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1338  OmpA family protein  38.18 
 
 		 229 aa  68.9  0.00000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2146  OmpA/MotB domain-containing protein  36.28 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.47635  normal  0.386424 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0065  OmpA/MotB  33.81 
 
 		 617 aa  68.9  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.656472  normal  0.842902 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3363  OmpA/MotB domain-containing protein  36.79 
 
 		 261 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1316  OmpA/MotB  38.68 
 
 		 260 aa  68.2  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375724 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2639  outer membrane protein A  42.53 
 
 		 365 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000698773  unclonable  0.0000000277772 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1638  OmpA/MotB domain protein  37.61 
 
 		 229 aa  67.8  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0342  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  39.64 
 
 		 447 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185785  hitchhiker  3.89536e-20 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2163  outer membrane protein A  42.53 
 
 		 358 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195857  normal  0.269234 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1121  outer membrane protein A  42.53 
 
 		 354 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116879  normal  0.89417 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1071  outer membrane protein A  42.53 
 
 		 350 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000033965  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00961  outer membrane protein A (3a;II*;G;d)  42.53 
 
 		 346 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000050212  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2686  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  42.53 
 
 		 346 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000993272  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1502  OmpA/MotB domain protein  36.79 
 
 		 263 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0641332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4220  OmpA/MotB domain-containing protein  36.79 
 
 		 263 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.956448  normal  0.667838 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1469  outer membrane protein A  40.82 
 
 		 351 aa  67  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000845833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5477  OmpA/MotB domain protein  37.27 
 
 		 637 aa  66.6  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.650705  normal  0.203536 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2359  outer membrane protein A  42.53 
 
 		 346 aa  67.4  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000044176  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00968  hypothetical protein  42.53 
 
 		 346 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000788885  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1066  outer membrane protein A  42.53 
 
 		 346 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  6.14063e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3137  OmpA/MotB domain-containing protein  33.33 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0526297 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1602  outer membrane protein OprF  33.06 
 
 		 240 aa  66.2  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1587  OmpA/MotB domain-containing protein  37.93 
 
 		 720 aa  66.2  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.068035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0282  OmpA/MotB domain protein  40.57 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000802819  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0221  OmpA/MotB domain protein  43.27 
 
 		 345 aa  66.6  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0210773 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2068  OmpA family protein  33.54 
 
 		 880 aa  66.6  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4774  ompA family protein  33.08 
 
 		 367 aa  65.9  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.220216  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1255  Outer membrane protein and related peptidoglycan-associated (lipo)proteins-like  40.74 
 
 		 422 aa  65.9  0.0000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.201684  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2288  OmpA/MotB domain protein  37.93 
 
 		 739 aa  65.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.540261 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1689  OmpA family protein  40 
 
 		 352 aa  65.9  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000195152  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0913  outer membrane fibronectin-binding protein  35.45 
 
 		 337 aa  66.2  0.0000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1107  OmpA/MotB domain-containing protein  36.79 
 
 		 263 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3494  OmpA/MotB domain-containing protein  33.33 
 
 		 254 aa  65.9  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.471457  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0163  OmpA/MotB domain protein  47.22 
 
 		 223 aa  65.9  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0698  Outer membrane protein-related peptidoglycan-associated (lipo)protein  37.14 
 
 		 481 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1651  fibronectin-binding protein  36.79 
 
 		 319 aa  65.5  0.0000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1471  fibronectin-binding protein  36.79 
 
 		 319 aa  65.5  0.0000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.0000479334  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3591  HAD family hydrolase  34.58 
 
 		 380 aa  65.5  0.0000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168113  normal  0.23721 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1578  OmpA/MotB  36.59 
 
 		 363 aa  65.5  0.0000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000110923  unclonable  0.000000219993 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1732  peptidoglycan-associated lipoprotein  32.8 
 
 		 184 aa  65.1  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.110246  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1133  outer membrane protein A  39.8 
 
 		 369 aa  65.1  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000533703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3101  OmpA/MotB  37.84 
 
 		 230 aa  65.1  0.0000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.282577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3048  OmpA/MotB domain-containing protein  35.14 
 
 		 372 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00212901  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1506  ompA family protein  37.74 
 
 		 260 aa  65.1  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4115  OmpA/MotB domain-containing protein  37.74 
 
 		 262 aa  65.1  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1086  OmpA/MotB domain-containing protein  33.33 
 
 		 314 aa  64.7  0.0000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3279  OmpA/MotB domain-containing protein  37.25 
 
 		 219 aa  64.3  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209932  normal  0.606856 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0321  OmpA/MotB  33.09 
 
 		 651 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.210637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4333  OmpA/MotB domain-containing protein  34.19 
 
 		 454 aa  64.3  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000720866  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>