More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1012 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1012  OmpA/MotB  100 
 
 		 217 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0857514 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0900  OmpA/MotB  78.85 
 
 		 208 aa  334  5e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3028  OmpA/MotB  55.98 
 
 		 213 aa  218  5e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.251626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1008  OmpA/MotB  47 
 
 		 212 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.223165  normal  0.0458619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0555  hypothetical protein  56.93 
 
 		 212 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5159  OmpA/MotB domain protein  44.61 
 
 		 216 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.314153  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0896  OmpA/MotB  50 
 
 		 212 aa  159  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2207  putative outer membrane protein of unknown function  49.15 
 
 		 216 aa  151  5.9999999999999996e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.533668 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1336  OmpA/MotB domain protein  48.73 
 
 		 222 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.761552  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1403  OmpA/MotB domain protein  47.43 
 
 		 213 aa  146  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0715247  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0909  OmpA/MotB domain-containing protein  52.34 
 
 		 227 aa  143  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0835  OmpA/MotB domain-containing protein  43.68 
 
 		 213 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.374195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0915  OmpA/MotB domain-containing protein  41.84 
 
 		 210 aa  118  6e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.537085  normal  0.931253 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3121  OmpA/MotB domain protein  46.96 
 
 		 192 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3033  OmpA/MotB domain-containing protein  45.79 
 
 		 269 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0106321 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2459  OmpA/MotB domain-containing protein  30.93 
 
 		 197 aa  97.1  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.467218 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0729  OmpA/MotB domain protein  44.86 
 
 		 282 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.965103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1334  OmpA/MotB domain protein  44.86 
 
 		 178 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.471341  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3137  OmpA/MotB domain-containing protein  41.51 
 
 		 254 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0526297 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6949  OmpA/MotB domain protein  37.38 
 
 		 189 aa  83.6  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3494  OmpA/MotB domain-containing protein  41.51 
 
 		 254 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.471457  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4062  OmpA/MotB domain-containing protein  40.16 
 
 		 200 aa  82.4  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000158668 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4592  OmpA/MotB domain-containing protein  44.34 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0911  OmpA/MotB domain-containing protein  37.32 
 
 		 178 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.331654  normal  0.855995 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2862  OmpA/MotB domain-containing protein  41.44 
 
 		 203 aa  78.6  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5114  OmpA/MotB domain protein  33.64 
 
 		 189 aa  77.4  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0870  OmpA/MotB  40.91 
 
 		 220 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1992  OmpA/MotB domain-containing protein  38.53 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0547  hypothetical protein  39.09 
 
 		 420 aa  74.7  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6143  hypothetical protein  30.91 
 
 		 222 aa  74.7  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.215996  normal  0.0659016 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4324  OmpA/MotB domain-containing protein  35.51 
 
 		 711 aa  73.6  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0053  OmpA/MotB domain protein  37.27 
 
 		 333 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1814  OmpA/MotB domain protein  35.85 
 
 		 376 aa  72.8  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000102046  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04077  Outer membrane protein and related peptidoglycan-associated (lipo)protein  37.14 
 
 		 205 aa  73.2  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0065  OmpA/MotB  33.79 
 
 		 617 aa  71.6  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.656472  normal  0.842902 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2239  Outer membrane protein and related peptidoglycan-associated (lipo)proteins-like  27.71 
 
 		 217 aa  71.6  0.000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0241987  normal  0.443331 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3363  OmpA/MotB domain-containing protein  42.72 
 
 		 261 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1091  OmpA/MotB domain protein  35.51 
 
 		 375 aa  71.6  0.000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0293  OmpA/MotB domain protein  41.51 
 
 		 213 aa  71.6  0.000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0608822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0585  OmpA/MotB domain-containing protein  38.74 
 
 		 701 aa  71.6  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.610361  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2299  outer membrane porin OprF  34.58 
 
 		 344 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.000000300566  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1933  OmpA/MotB family outer membrane protein  38.74 
 
 		 701 aa  71.2  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3591  HAD family hydrolase  34.58 
 
 		 380 aa  70.5  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168113  normal  0.23721 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0051  OmpA/MotB domain protein  35.45 
 
 		 333 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000573223 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0360  OmpA domain-containing protein  37.39 
 
 		 429 aa  69.7  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00108723  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2097  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  35.51 
 
 		 344 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000182424  decreased coverage  0.00163672 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1240  OmpA/MotB domain protein  37.61 
 
 		 434 aa  68.9  0.00000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000641372  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0509  surface antigen protein  40.57 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0324571  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1506  ompA family protein  41.75 
 
 		 260 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1221  OmpA/MotB  40.2 
 
 		 240 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3622  OmpA/MotB  35.9 
 
 		 673 aa  68.2  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0810  OmpA domain-containing protein  37.27 
 
 		 466 aa  67.4  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.716109  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1502  OmpA/MotB domain protein  40.78 
 
 		 263 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0641332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1316  OmpA/MotB  40.78 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375724 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0342  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  35.14 
 
 		 447 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185785  hitchhiker  3.89536e-20 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1422  OmpA/MotB domain-containing protein  34.58 
 
 		 210 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2069  OmpA/MotB  37.61 
 
 		 703 aa  67.8  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0149284  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2089  OmpF family protein  34.58 
 
 		 344 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.437855  normal  0.0407434 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0900  signal peptide protein  39.09 
 
 		 218 aa  67  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000937501  normal  0.517414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0770  OmpA/MotB domain protein  41.58 
 
 		 218 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00244637 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2802  OmpA/MotB  34.48 
 
 		 663 aa  67.4  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.687378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1777  OmpF  33.64 
 
 		 344 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000465517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2209  peptidoglycan-associated lipoprotein  33.94 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000116436  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0775  OmpA/MotB  35.45 
 
 		 457 aa  67  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0321  OmpA/MotB  32.14 
 
 		 651 aa  67.4  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.210637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3651  OmpF family protein  34.58 
 
 		 344 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000349757  normal  0.525566 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0476  OmpA/MotB  36.61 
 
 		 697 aa  67  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.66276  normal  0.424488 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0841  OmpA/MotB domain protein  41.58 
 
 		 218 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0197529 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4220  OmpA/MotB domain-containing protein  40.78 
 
 		 263 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.956448  normal  0.667838 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1600  OmpF family protein  34.58 
 
 		 344 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517848  decreased coverage  0.00289016 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3118  OmpA/MotB family outer membrane protein  36.61 
 
 		 242 aa  66.6  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0163  OmpA/MotB domain protein  35.24 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4718  OmpA/MotB domain-containing protein  39.22 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790715 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1607  OmpF family protein  34.58 
 
 		 345 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00000281488  decreased coverage  0.0000000000176342 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2579  OmpA/MotB  40.59 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0712  OmpA/MotB  40.59 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0107689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1386  OmpA/MotB domain protein  42.16 
 
 		 238 aa  65.1  0.0000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.848199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2092  OmpF family protein  32.71 
 
 		 327 aa  65.1  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0207533  normal  0.0999951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4115  OmpA/MotB domain-containing protein  39.81 
 
 		 262 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2189  OmpA/MotB domain protein  36.76 
 
 		 209 aa  64.3  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.406433 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1651  fibronectin-binding protein  30.77 
 
 		 319 aa  64.7  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0389  outer membrane fibronectin-binding protein  33.64 
 
 		 345 aa  64.3  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1798  OmpA/MotB  36.94 
 
 		 294 aa  64.7  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.797204  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3279  OmpA/MotB domain-containing protein  38.24 
 
 		 219 aa  64.7  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209932  normal  0.606856 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3656  OmpA/MotB domain-containing protein  32.85 
 
 		 401 aa  64.3  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0655983  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0328  OmpA/MotB domain-containing protein  34.29 
 
 		 224 aa  64.3  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1411  OmpA/MotB domain-containing protein  35.14 
 
 		 326 aa  64.3  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.271833  normal  0.902662 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1275  OmpA/MotB domain protein  36.36 
 
 		 227 aa  63.5  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0265448  normal  0.247655 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0181  OmpA/MotB domain-containing protein  46.58 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.235186 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2593  OmpA/MotB domain protein  36.76 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199586 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1397  OmpA/MotB domain protein  38.24 
 
 		 218 aa  63.9  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2463  OmpA/MotB domain-containing protein  38.24 
 
 		 218 aa  63.9  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.249955 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1107  OmpA/MotB domain-containing protein  37.86 
 
 		 263 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0330  OmpA/MotB domain-containing protein  36.04 
 
 		 730 aa  63.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.312966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4333  OmpA/MotB domain-containing protein  34.55 
 
 		 454 aa  63.5  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000720866  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02060  hypothetical protein  42.17 
 
 		 219 aa  63.9  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23330  major outer membrane porin OprF  34.58 
 
 		 351 aa  63.5  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0169824  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2821  OmpA/MotB domain-containing protein  35.24 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1016  OmpA/MotB domain protein  39.81 
 
 		 217 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000464743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0546  OmpA/MotB domain-containing protein  39.05 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.42623 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>