107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0818 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_0818  ampE protein  100 
 
 		 278 aa  546  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.927721  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0951  ampE protein  90.97 
 
 		 278 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0788  AmpE  71.12 
 
 		 277 aa  365  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689986  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0781  signaling modulator of AmpD, AmpE  66.91 
 
 		 277 aa  345  5e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4404  signaling modulator of AmpD, AmpE  66.91 
 
 		 276 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0824  signaling modulator of AmpD, AmpE  65.83 
 
 		 276 aa  305  6e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0813  signaling modulator of AmpD, AmpE  65.47 
 
 		 276 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.17689 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0790  signaling modulator of AmpD, AmpE  64.75 
 
 		 276 aa  299  3e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58660  hypothetical protein  60.43 
 
 		 278 aa  267  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12130  Inner membrane protein  52.14 
 
 		 280 aa  240  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.567702  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5138  hypothetical protein  59.71 
 
 		 278 aa  236  3e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0877  signaling modulator of AmpD, AmpE  29.64 
 
 		 281 aa  105  6e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0027178  normal  0.0245194 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0955  signaling modulator of AmpD, AmpE  30.27 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3348  regulatory protein AmpE  27.46 
 
 		 270 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1520  hypothetical protein  27.96 
 
 		 250 aa  70.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1463  hypothetical protein  28.44 
 
 		 250 aa  70.5  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0317  regulatory protein AmpE  24.49 
 
 		 284 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.810004 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0373  regulatory protein AmpE  26 
 
 		 286 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490103  hitchhiker  0.0000919241 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0638  signaling modulator of AmpD, AmpE  31.36 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0417  regulatory protein AmpE  25 
 
 		 282 aa  67  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3433  regulatory protein AmpE  26.36 
 
 		 283 aa  64.3  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.483045  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2578  CobD/CbiB family protein  26.46 
 
 		 326 aa  62.8  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03227  regulatory protein AmpE  25.93 
 
 		 289 aa  62.8  0.000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0544057  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3858  regulatory protein AmpE  24.49 
 
 		 283 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000015429 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3419  regulatory protein AmpE  24.08 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535716  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0429  regulatory protein AmpE  23.08 
 
 		 283 aa  59.3  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000942425 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0780  regulatory protein AmpE  29.81 
 
 		 284 aa  59.3  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.29134 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0631  regulatory protein AmpE  34.44 
 
 		 284 aa  58.5  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0903  CobD/CbiB family protein  26.46 
 
 		 331 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3779  regulatory protein AmpE  24.08 
 
 		 283 aa  58.5  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1109  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  27.6 
 
 		 329 aa  57.4  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3367  regulatory protein AmpE  34 
 
 		 284 aa  57  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.470719  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1038  regulatory protein AmpE  34 
 
 		 284 aa  57  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.363864 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3495  regulatory protein AmpE  34 
 
 		 284 aa  57  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0670  regulatory protein AmpE  36.13 
 
 		 284 aa  56.2  0.0000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3350  cobalamin biosynthesis protein CbiB  31.51 
 
 		 328 aa  55.8  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171722 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0422  regulatory protein AmpE  25.71 
 
 		 283 aa  54.3  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  28.07 
 
 		 312 aa  53.1  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  28.07 
 
 		 312 aa  53.1  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  28.07 
 
 		 312 aa  53.1  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1478  cobalamin biosynthesis protein CbiB  28.38 
 
 		 333 aa  53.5  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3757  regulatory protein AmpE  27.65 
 
 		 284 aa  53.1  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.118765  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3936  regulatory protein AmpE  24.44 
 
 		 283 aa  52.8  0.000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.501947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4056  regulatory protein AmpE  24.44 
 
 		 283 aa  52.8  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000497634  normal  0.464654 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3915  regulatory protein AmpE  24.44 
 
 		 283 aa  52.4  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.370917  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3571  regulatory protein AmpE  25.6 
 
 		 284 aa  51.6  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0686  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  29.76 
 
 		 329 aa  51.6  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.910501 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3699  signaling modulator of AmpD, AmpE  33.33 
 
 		 295 aa  51.6  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0320  cobalamin biosynthesis protein CbiB  29.58 
 
 		 338 aa  51.2  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2698  cobalamin biosynthesis protein CbiB  31.09 
 
 		 328 aa  51.6  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  24.75 
 
 		 311 aa  50.4  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0426  regulatory protein AmpE  26.44 
 
 		 283 aa  50.4  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  26.46 
 
 		 311 aa  50.4  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  27.16 
 
 		 314 aa  50.4  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  27.44 
 
 		 314 aa  50.1  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  28.05 
 
 		 312 aa  49.3  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  28.05 
 
 		 314 aa  49.3  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  27.41 
 
 		 308 aa  49.3  0.00008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0104  regulatory protein AmpE  32.17 
 
 		 284 aa  48.9  0.00008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.325186  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0161  regulatory protein AmpE  30.08 
 
 		 284 aa  48.9  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.667372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3601  regulatory protein AmpE  25.29 
 
 		 283 aa  48.9  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02953  transmembrane protein  30.2 
 
 		 296 aa  48.9  0.00009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0160  regulatory protein AmpE  30.08 
 
 		 284 aa  48.9  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0164  regulatory protein AmpE  30.08 
 
 		 284 aa  48.9  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.320883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0167  regulatory protein AmpE  30.08 
 
 		 284 aa  48.9  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.762774  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0159  regulatory protein AmpE  30.08 
 
 		 284 aa  48.9  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00110  predicted inner membrane protein  31.47 
 
 		 284 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0643086  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3491  signaling modulator of AmpD, AmpE  31.47 
 
 		 284 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0938  CobD/CbiB family protein  26.53 
 
 		 324 aa  48.1  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0164662 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00109  hypothetical protein  31.47 
 
 		 284 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.147668  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1695  hypothetical protein  25.52 
 
 		 342 aa  47.4  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.93045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0424  regulatory protein AmpE  25.29 
 
 		 283 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0508582  normal  0.052266 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1889  hypothetical protein  27.23 
 
 		 334 aa  48.1  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00289969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0115  regulatory protein AmpE  31.47 
 
 		 284 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000121424  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0113  regulatory protein AmpE  31.47 
 
 		 284 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000149419  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5340  cobalamin biosynthesis protein CbiB  27.83 
 
 		 336 aa  48.1  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3548  regulatory protein AmpE  31.47 
 
 		 284 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782358  hitchhiker  0.00499322 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0114  regulatory protein AmpE  31.47 
 
 		 284 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.363052 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0809  CobD/CbiB family protein  25.21 
 
 		 313 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.37142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0880  CobD/CbiB family protein  25.21 
 
 		 313 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.910898 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2432  adenosylcobinamide-phosphate synthase  28.1 
 
 		 304 aa  47.4  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0111605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0522  cobalamin biosynthesis protein CbiB  30.53 
 
 		 319 aa  47.4  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  26.07 
 
 		 313 aa  47.4  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0117  regulatory protein AmpE  31.47 
 
 		 284 aa  47  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0149146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  28.26 
 
 		 319 aa  45.8  0.0009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.9 
 
 		 300 aa  45.4  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0655  regulatory protein AmpE  27.89 
 
 		 284 aa  45.4  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  22.47 
 
 		 326 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  29.19 
 
 		 326 aa  44.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.18 
 
 		 311 aa  44.3  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1466  hypothetical protein  24.58 
 
 		 339 aa  44.3  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1615  beta-lactamase induction protein  27.42 
 
 		 258 aa  44.3  0.002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0562539  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0568  hypothetical protein  27.42 
 
 		 258 aa  44.3  0.002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000159703  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1279  cobalamin biosynthesis protein CbiB  30.53 
 
 		 319 aa  44.3  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00447148  normal  0.925435 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2660  CobD/CbiB family protein  26.52 
 
 		 307 aa  43.5  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.95909  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0595  CobD/CbiB family protein  39.13 
 
 		 312 aa  43.1  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142416  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1074  CobD/CbiB family protein  39.13 
 
 		 312 aa  43.1  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1033  CobD/CbiB family protein  39.13 
 
 		 312 aa  43.1  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  25.95 
 
 		 310 aa  42.7  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  25.95 
 
 		 310 aa  42.7  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>