58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3495 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_3495  regulatory protein AmpE  100 
 
 		 284 aa  565  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1038  regulatory protein AmpE  100 
 
 		 284 aa  565  1e-160  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.363864 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3367  regulatory protein AmpE  100 
 
 		 284 aa  565  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.470719  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0780  regulatory protein AmpE  77.46 
 
 		 284 aa  440  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.29134 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3571  regulatory protein AmpE  69.72 
 
 		 284 aa  385  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0655  regulatory protein AmpE  64.79 
 
 		 284 aa  381  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0159  regulatory protein AmpE  63.03 
 
 		 284 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0167  regulatory protein AmpE  62.68 
 
 		 284 aa  367  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.762774  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0164  regulatory protein AmpE  63.03 
 
 		 284 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.320883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0161  regulatory protein AmpE  63.03 
 
 		 284 aa  367  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.667372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0160  regulatory protein AmpE  63.03 
 
 		 284 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0114  regulatory protein AmpE  64.79 
 
 		 284 aa  367  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.363052 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0115  regulatory protein AmpE  64.44 
 
 		 284 aa  365  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000121424  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0113  regulatory protein AmpE  64.44 
 
 		 284 aa  365  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000149419  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00110  predicted inner membrane protein  64.44 
 
 		 284 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0643086  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3548  regulatory protein AmpE  64.44 
 
 		 284 aa  365  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782358  hitchhiker  0.00499322 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3491  signaling modulator of AmpD, AmpE  64.44 
 
 		 284 aa  365  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00109  hypothetical protein  64.44 
 
 		 284 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.147668  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3757  regulatory protein AmpE  68.61 
 
 		 284 aa  364  1e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.118765  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0117  regulatory protein AmpE  64.08 
 
 		 284 aa  362  3e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0149146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0104  regulatory protein AmpE  64.08 
 
 		 284 aa  360  1e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.325186  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0631  regulatory protein AmpE  65.14 
 
 		 284 aa  355  3.9999999999999996e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0670  regulatory protein AmpE  68.31 
 
 		 284 aa  345  3e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0417  regulatory protein AmpE  31.25 
 
 		 282 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0422  regulatory protein AmpE  30.58 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3419  regulatory protein AmpE  29.9 
 
 		 283 aa  105  9e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535716  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0373  regulatory protein AmpE  28.87 
 
 		 286 aa  102  6e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490103  hitchhiker  0.0000919241 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3348  regulatory protein AmpE  26.64 
 
 		 270 aa  101  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0317  regulatory protein AmpE  29.01 
 
 		 284 aa  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.810004 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3858  regulatory protein AmpE  29.55 
 
 		 283 aa  99  9e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000015429 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4810  regulatory protein AmpE  26.35 
 
 		 311 aa  97.4  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3779  regulatory protein AmpE  28.23 
 
 		 283 aa  96.3  5e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0424  regulatory protein AmpE  29.29 
 
 		 283 aa  95.9  7e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0508582  normal  0.052266 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0429  regulatory protein AmpE  30.38 
 
 		 283 aa  95.9  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000942425 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0426  regulatory protein AmpE  29.29 
 
 		 283 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3601  regulatory protein AmpE  29.29 
 
 		 283 aa  94.7  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4056  regulatory protein AmpE  29.55 
 
 		 283 aa  92.4  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000497634  normal  0.464654 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3936  regulatory protein AmpE  29.55 
 
 		 283 aa  92.4  8e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.501947  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3915  regulatory protein AmpE  29.35 
 
 		 283 aa  92  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.370917  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03227  regulatory protein AmpE  27.31 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0544057  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3433  regulatory protein AmpE  26.8 
 
 		 283 aa  89.7  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.483045  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3385  regulatory protein AmpE  25.82 
 
 		 327 aa  75.5  0.0000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12130  Inner membrane protein  28.86 
 
 		 280 aa  52.8  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.567702  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0818  ampE protein  28.65 
 
 		 278 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.927721  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0788  AmpE  29.61 
 
 		 277 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689986  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3699  signaling modulator of AmpD, AmpE  25.77 
 
 		 295 aa  50.4  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32125  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0951  ampE protein  27.32 
 
 		 278 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  26.92 
 
 		 326 aa  45.8  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  31.32 
 
 		 302 aa  45.8  0.0008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0781  signaling modulator of AmpD, AmpE  26.8 
 
 		 277 aa  45.4  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0638  signaling modulator of AmpD, AmpE  22.03 
 
 		 296 aa  45.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0824  signaling modulator of AmpD, AmpE  26.17 
 
 		 276 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0790  signaling modulator of AmpD, AmpE  27.33 
 
 		 276 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0813  signaling modulator of AmpD, AmpE  27.33 
 
 		 276 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.17689 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  26.73 
 
 		 331 aa  43.9  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4404  signaling modulator of AmpD, AmpE  26.85 
 
 		 276 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.71 
 
 		 300 aa  42.7  0.007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5340  cobalamin biosynthesis protein CbiB  21.39 
 
 		 336 aa  42.4  0.008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>