109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0781 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0781  signaling modulator of AmpD, AmpE  100 
 
 		 277 aa  528  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0788  AmpE  68.84 
 
 		 277 aa  347  1e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689986  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0818  ampE protein  67.15 
 
 		 278 aa  328  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.927721  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0951  ampE protein  65.7 
 
 		 278 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0824  signaling modulator of AmpD, AmpE  64.62 
 
 		 276 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4404  signaling modulator of AmpD, AmpE  64.98 
 
 		 276 aa  299  4e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0813  signaling modulator of AmpD, AmpE  63.9 
 
 		 276 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.17689 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0790  signaling modulator of AmpD, AmpE  63.18 
 
 		 276 aa  293  1e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12130  Inner membrane protein  59.64 
 
 		 280 aa  276  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.567702  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58660  hypothetical protein  61.51 
 
 		 278 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5138  hypothetical protein  61.87 
 
 		 278 aa  235  7e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0877  signaling modulator of AmpD, AmpE  29.32 
 
 		 281 aa  94.4  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0027178  normal  0.0245194 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0955  signaling modulator of AmpD, AmpE  28.2 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1463  hypothetical protein  27.49 
 
 		 250 aa  74.7  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1520  hypothetical protein  27.49 
 
 		 250 aa  73.6  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3348  regulatory protein AmpE  28.92 
 
 		 270 aa  72.4  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0638  signaling modulator of AmpD, AmpE  30.28 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0373  regulatory protein AmpE  28.5 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490103  hitchhiker  0.0000919241 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3858  regulatory protein AmpE  27.78 
 
 		 283 aa  62.8  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000015429 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3915  regulatory protein AmpE  29.31 
 
 		 283 aa  62.4  0.000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.370917  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4056  regulatory protein AmpE  29.31 
 
 		 283 aa  62.4  0.000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000497634  normal  0.464654 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3779  regulatory protein AmpE  27.27 
 
 		 283 aa  62  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1109  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  31.88 
 
 		 329 aa  61.6  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3936  regulatory protein AmpE  29.31 
 
 		 283 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.501947  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5340  cobalamin biosynthesis protein CbiB  31.06 
 
 		 336 aa  62  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0417  regulatory protein AmpE  22.61 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0429  regulatory protein AmpE  26.32 
 
 		 283 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000942425 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0317  regulatory protein AmpE  23.68 
 
 		 284 aa  58.5  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.810004 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0686  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  30.15 
 
 		 329 aa  55.8  0.0000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.910501 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3601  regulatory protein AmpE  27.59 
 
 		 283 aa  55.5  0.0000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0422  regulatory protein AmpE  27.46 
 
 		 283 aa  55.5  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1478  cobalamin biosynthesis protein CbiB  28.63 
 
 		 333 aa  55.5  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2660  CobD/CbiB family protein  29.37 
 
 		 307 aa  55.1  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.95909  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0426  regulatory protein AmpE  27.01 
 
 		 283 aa  54.7  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0424  regulatory protein AmpE  27.59 
 
 		 283 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0508582  normal  0.052266 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3350  cobalamin biosynthesis protein CbiB  28.57 
 
 		 328 aa  53.9  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171722 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3433  regulatory protein AmpE  23.6 
 
 		 283 aa  53.5  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.483045  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0522  cobalamin biosynthesis protein CbiB  30.77 
 
 		 319 aa  53.5  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0396  CobD/CbiB family protein  25.28 
 
 		 312 aa  52.8  0.000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0206694  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2539  CobD/CbiB family protein  25.28 
 
 		 312 aa  52.8  0.000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.207097  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0320  cobalamin biosynthesis protein CbiB  29.49 
 
 		 338 aa  52.8  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0912  CobD/CbiB family protein  25.28 
 
 		 312 aa  52.8  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2852  CobD/CbiB family protein  25.28 
 
 		 312 aa  52.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0235  CobD/CbiB family protein  25.28 
 
 		 312 aa  52.8  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1279  cobalamin biosynthesis protein CbiB  31.62 
 
 		 319 aa  52.8  0.000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00447148  normal  0.925435 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2962  CobD/CbiB family protein  25.65 
 
 		 329 aa  52.8  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2912  CobD/CbiB family protein  25.65 
 
 		 329 aa  52.8  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03227  regulatory protein AmpE  28.81 
 
 		 289 aa  52.4  0.000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0544057  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  28.99 
 
 		 305 aa  52  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4188  CobD/CbiB family protein  25.37 
 
 		 312 aa  51.6  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2432  adenosylcobinamide-phosphate synthase  31.62 
 
 		 304 aa  52  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0111605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3699  signaling modulator of AmpD, AmpE  35.43 
 
 		 295 aa  52  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  26.15 
 
 		 302 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2578  CobD/CbiB family protein  24.71 
 
 		 326 aa  51.6  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0950  CobD/CbiB family protein  25.56 
 
 		 312 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0954  CobD/CbiB family protein  25.56 
 
 		 312 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1889  hypothetical protein  27 
 
 		 334 aa  50.4  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00289969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3419  regulatory protein AmpE  28.37 
 
 		 283 aa  50.8  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535716  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  25.93 
 
 		 302 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0631  regulatory protein AmpE  28.98 
 
 		 284 aa  50.1  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1666  CobD/CbiB family protein  25.28 
 
 		 346 aa  50.1  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.805294  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0595  CobD/CbiB family protein  31.67 
 
 		 312 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142416  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1074  CobD/CbiB family protein  31.67 
 
 		 312 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1033  CobD/CbiB family protein  31.67 
 
 		 312 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  27.31 
 
 		 302 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2698  cobalamin biosynthesis protein CbiB  28.15 
 
 		 328 aa  49.7  0.00005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1011  CobD/CbiB family protein  25.28 
 
 		 312 aa  49.7  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322198  normal  0.895923 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0780  regulatory protein AmpE  27.15 
 
 		 284 aa  49.7  0.00006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.29134 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0774  CobD/CbiB family protein  24.51 
 
 		 312 aa  49.3  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.219768 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  27.39 
 
 		 307 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1994  CobD/CbiB family protein  30.7 
 
 		 303 aa  48.5  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1407  hypothetical protein  29.88 
 
 		 328 aa  48.5  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.909593  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  27 
 
 		 312 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  27 
 
 		 312 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2229  CobD/CbiB family protein  30.83 
 
 		 312 aa  48.9  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  27 
 
 		 312 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3023  CobD/CbiB family protein  28.68 
 
 		 307 aa  48.1  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.473012  normal  0.958188 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3571  regulatory protein AmpE  24.77 
 
 		 284 aa  47  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2972  CobD/CbiB family protein  30.58 
 
 		 312 aa  47  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.402163  normal  0.15784 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  25.81 
 
 		 311 aa  47  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0670  regulatory protein AmpE  27.94 
 
 		 284 aa  46.6  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  29.51 
 
 		 311 aa  46.2  0.0006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  27.39 
 
 		 302 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02953  transmembrane protein  39.74 
 
 		 296 aa  45.8  0.0008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  26.05 
 
 		 331 aa  45.4  0.0009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3367  regulatory protein AmpE  27.85 
 
 		 284 aa  45.4  0.0009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.470719  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1038  regulatory protein AmpE  27.85 
 
 		 284 aa  45.4  0.0009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.363864 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3495  regulatory protein AmpE  27.85 
 
 		 284 aa  45.4  0.0009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0938  CobD/CbiB family protein  29.87 
 
 		 324 aa  45.4  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0164662 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1695  hypothetical protein  25.32 
 
 		 342 aa  45.4  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.93045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  25 
 
 		 311 aa  45.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  28.48 
 
 		 312 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  27.86 
 
 		 319 aa  44.7  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3757  regulatory protein AmpE  25.24 
 
 		 284 aa  44.7  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.118765  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  27.8 
 
 		 302 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.45 
 
 		 302 aa  44.3  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0903  CobD/CbiB family protein  24.81 
 
 		 331 aa  44.3  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1615  beta-lactamase induction protein  30.95 
 
 		 258 aa  44.7  0.002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0562539  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00922  adenosylcobinamide-phosphate synthase  31.4 
 
 		 331 aa  44.7  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  28.48 
 
 		 314 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>