296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1675 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  100 
 
 		 307 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  98.34 
 
 		 302 aa  583  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  98.01 
 
 		 302 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  94.04 
 
 		 302 aa  564  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  82.12 
 
 		 302 aa  500  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  81.46 
 
 		 302 aa  498  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  81.4 
 
 		 302 aa  481  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  72.97 
 
 		 302 aa  404  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  73.79 
 
 		 312 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  73.1 
 
 		 312 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  70.98 
 
 		 302 aa  382  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  54.49 
 
 		 304 aa  311  6.999999999999999e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  59.23 
 
 		 311 aa  309  5e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  60 
 
 		 310 aa  304  1.0000000000000001e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  57.04 
 
 		 313 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  60.27 
 
 		 321 aa  294  1e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  57.97 
 
 		 326 aa  291  7e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  56.45 
 
 		 311 aa  291  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  58.13 
 
 		 331 aa  290  2e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  57.53 
 
 		 326 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  54.52 
 
 		 317 aa  285  8e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  57.29 
 
 		 326 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  55.36 
 
 		 319 aa  278  7e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  55.48 
 
 		 300 aa  277  1e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  57.82 
 
 		 312 aa  271  9e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  57.82 
 
 		 312 aa  271  9e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  57.82 
 
 		 312 aa  271  9e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  56.49 
 
 		 314 aa  271  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  51.62 
 
 		 330 aa  269  5e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  54.58 
 
 		 312 aa  263  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  54.95 
 
 		 314 aa  262  4e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  55.48 
 
 		 326 aa  262  4.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  53.17 
 
 		 311 aa  259  3e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  57.09 
 
 		 314 aa  259  4e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  54.31 
 
 		 314 aa  257  1e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  55.6 
 
 		 314 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  55.6 
 
 		 314 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  55.6 
 
 		 314 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  55.81 
 
 		 310 aa  256  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  55.81 
 
 		 310 aa  256  3e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  55.81 
 
 		 310 aa  256  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  55.81 
 
 		 310 aa  256  3e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  52 
 
 		 313 aa  252  6e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  52.01 
 
 		 301 aa  250  2e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  45.14 
 
 		 306 aa  227  1e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  52.67 
 
 		 308 aa  223  4e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.76 
 
 		 351 aa  218  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  43.06 
 
 		 369 aa  202  5e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  39.66 
 
 		 344 aa  202  8e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  46.15 
 
 		 325 aa  194  2e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  44.04 
 
 		 333 aa  185  7e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  44.04 
 
 		 332 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  35.29 
 
 		 315 aa  179  5.999999999999999e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17720  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40.53 
 
 		 332 aa  178  9e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.213248  normal  0.925164 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2224  cobalamin biosynthesis protein  42.96 
 
 		 322 aa  178  1e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  46.15 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  34.56 
 
 		 315 aa  176  5e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  42.2 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.89 
 
 		 316 aa  170  2e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.05 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.03 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6127  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.43 
 
 		 314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00302618  hitchhiker  0.00095084 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.36 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  39.69 
 
 		 324 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.35 
 
 		 319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  40.64 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0757  cobalamin biosynthesis protein  36.72 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.463156  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  35.85 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.4 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.86 
 
 		 319 aa  163  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.57 
 
 		 319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0872  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.55 
 
 		 315 aa  163  4.0000000000000004e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.21 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  42.71 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0370  cobalamin biosynthesis protein  44.33 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.47 
 
 		 315 aa  161  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.8 
 
 		 323 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.65 
 
 		 317 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.76 
 
 		 321 aa  160  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.01 
 
 		 311 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  42.05 
 
 		 344 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  42.05 
 
 		 344 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  42.05 
 
 		 344 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1138  cobalamin biosynthesis protein  39.49 
 
 		 320 aa  160  4e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  35.35 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2576  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.96 
 
 		 317 aa  158  1e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  40.6 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1468  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.45 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2715  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.01 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1119  cobalamin biosynthesis protein  39.13 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.66 
 
 		 323 aa  155  9e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  39.93 
 
 		 318 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1743  cobalamin biosynthesis protein  36.4 
 
 		 317 aa  153  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  0.192923 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2885  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40 
 
 		 291 aa  152  7e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  39.78 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.5 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.15 
 
 		 320 aa  151  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1068  cobalamin biosynthesis protein  34.9 
 
 		 321 aa  151  2e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.882793  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  41.26 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0561  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.86 
 
 		 318 aa  150  3e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>