155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0522 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0522  cobalamin biosynthesis protein CbiB  100 
 
 		 319 aa  642    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1279  cobalamin biosynthesis protein CbiB  92.48 
 
 		 319 aa  609  1e-173  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00447148  normal  0.925435 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2578  CobD/CbiB family protein  45.35 
 
 		 326 aa  271  7e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1011  CobD/CbiB family protein  44.72 
 
 		 312 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322198  normal  0.895923 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2972  CobD/CbiB family protein  44.72 
 
 		 312 aa  260  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.402163  normal  0.15784 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0396  CobD/CbiB family protein  47.06 
 
 		 312 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0206694  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2962  CobD/CbiB family protein  47.06 
 
 		 329 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2539  CobD/CbiB family protein  47.06 
 
 		 312 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.207097  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0912  CobD/CbiB family protein  47.06 
 
 		 312 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2852  CobD/CbiB family protein  47.06 
 
 		 312 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2912  CobD/CbiB family protein  47.06 
 
 		 329 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0235  CobD/CbiB family protein  47.06 
 
 		 312 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1666  CobD/CbiB family protein  46.75 
 
 		 346 aa  249  4e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.805294  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0903  CobD/CbiB family protein  43.96 
 
 		 331 aa  247  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0954  CobD/CbiB family protein  45.51 
 
 		 312 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4188  CobD/CbiB family protein  45.51 
 
 		 312 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0950  CobD/CbiB family protein  45.51 
 
 		 312 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0774  CobD/CbiB family protein  44.58 
 
 		 312 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.219768 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0595  CobD/CbiB family protein  45.2 
 
 		 312 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142416  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1074  CobD/CbiB family protein  45.2 
 
 		 312 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1033  CobD/CbiB family protein  45.2 
 
 		 312 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2229  CobD/CbiB family protein  45.2 
 
 		 312 aa  242  6e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0809  CobD/CbiB family protein  43.87 
 
 		 313 aa  240  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.37142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0880  CobD/CbiB family protein  43.87 
 
 		 313 aa  240  2e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.910898 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0938  CobD/CbiB family protein  46.18 
 
 		 324 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0164662 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5340  cobalamin biosynthesis protein CbiB  39.26 
 
 		 336 aa  199  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3350  cobalamin biosynthesis protein CbiB  38.15 
 
 		 328 aa  199  6e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171722 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2698  cobalamin biosynthesis protein CbiB  38.26 
 
 		 328 aa  193  4e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1478  cobalamin biosynthesis protein CbiB  35.17 
 
 		 333 aa  193  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1695  hypothetical protein  36.61 
 
 		 342 aa  189  5e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.93045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  35.09 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1889  hypothetical protein  37.54 
 
 		 334 aa  186  4e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00289969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1109  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  37.19 
 
 		 329 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1994  CobD/CbiB family protein  38.94 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0320  cobalamin biosynthesis protein CbiB  35.8 
 
 		 338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3023  CobD/CbiB family protein  37.34 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.473012  normal  0.958188 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1466  hypothetical protein  35.03 
 
 		 339 aa  175  9e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0686  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  33.64 
 
 		 329 aa  166  5.9999999999999996e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.910501 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1407  hypothetical protein  31.72 
 
 		 328 aa  165  8e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.909593  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2660  CobD/CbiB family protein  34.44 
 
 		 307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.95909  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2432  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.06 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0111605  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.62 
 
 		 302 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  32.77 
 
 		 302 aa  103  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  32.19 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.33 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  34.47 
 
 		 321 aa  96.3  6e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  30.96 
 
 		 301 aa  95.9  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  33.33 
 
 		 307 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  32.84 
 
 		 302 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  33.88 
 
 		 302 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  31.62 
 
 		 302 aa  92.8  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  30.67 
 
 		 331 aa  92.8  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  34.43 
 
 		 302 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  31.22 
 
 		 311 aa  92.4  9e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  29.79 
 
 		 317 aa  90.1  4e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  30.04 
 
 		 326 aa  89  9e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  32.74 
 
 		 314 aa  89  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  32.43 
 
 		 310 aa  88.6  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  28.63 
 
 		 313 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  29.89 
 
 		 304 aa  87  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  28.38 
 
 		 314 aa  87  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  31.07 
 
 		 311 aa  86.7  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  31.25 
 
 		 312 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  31.25 
 
 		 312 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  32.14 
 
 		 312 aa  86.7  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  31.25 
 
 		 312 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  32.14 
 
 		 314 aa  86.7  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  30.08 
 
 		 312 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  30.08 
 
 		 312 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  30.33 
 
 		 319 aa  84.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  29.27 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  31.36 
 
 		 326 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  33.52 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.47 
 
 		 330 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  30.95 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  33.59 
 
 		 310 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  33.59 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  33.59 
 
 		 310 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  33.59 
 
 		 310 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  33.59 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  33.59 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  33.59 
 
 		 310 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0638  signaling modulator of AmpD, AmpE  27.41 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  28.49 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  27.23 
 
 		 326 aa  68.9  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  27.96 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3419  regulatory protein AmpE  24.91 
 
 		 283 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535716  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  28.82 
 
 		 326 aa  65.9  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0422  regulatory protein AmpE  25.21 
 
 		 283 aa  62  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3858  regulatory protein AmpE  25 
 
 		 283 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000015429 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  24.14 
 
 		 344 aa  60.8  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3348  regulatory protein AmpE  23.08 
 
 		 270 aa  60.8  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  27.27 
 
 		 325 aa  59.7  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0373  regulatory protein AmpE  25 
 
 		 286 aa  59.7  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490103  hitchhiker  0.0000919241 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0517  cobalamin biosynthesis protein CbiB  25.32 
 
 		 298 aa  58.5  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.95 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1520  hypothetical protein  23.79 
 
 		 250 aa  57  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1463  hypothetical protein  23.42 
 
 		 250 aa  56.6  0.0000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0417  regulatory protein AmpE  24.05 
 
 		 282 aa  56.2  0.0000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0426  regulatory protein AmpE  28 
 
 		 283 aa  55.8  0.0000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>