297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2089 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  100 
 
 		 301 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  48.61 
 
 		 304 aa  261  8.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  50.18 
 
 		 302 aa  259  3e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  50 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  47.95 
 
 		 313 aa  256  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  48.49 
 
 		 321 aa  255  6e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.3 
 
 		 302 aa  255  6e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  51.55 
 
 		 302 aa  255  6e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  52.35 
 
 		 302 aa  253  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  50.35 
 
 		 307 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  48.39 
 
 		 331 aa  251  8.000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  47.37 
 
 		 326 aa  250  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  53.01 
 
 		 310 aa  250  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  50.35 
 
 		 302 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  49.65 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  48.04 
 
 		 326 aa  247  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  51.59 
 
 		 312 aa  246  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  49.3 
 
 		 302 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  51.24 
 
 		 312 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  48.32 
 
 		 317 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  48.24 
 
 		 311 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  50.36 
 
 		 300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  48.28 
 
 		 313 aa  232  5e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  46.34 
 
 		 311 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  46.64 
 
 		 319 aa  226  5.0000000000000005e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  47.45 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  47.45 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.59 
 
 		 330 aa  218  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  49.15 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  47.45 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  45.79 
 
 		 312 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  46.9 
 
 		 314 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  46.78 
 
 		 326 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.12 
 
 		 351 aa  209  4e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  43.82 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  44.8 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  45.59 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  46.92 
 
 		 314 aa  203  4e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  45.93 
 
 		 326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  46.85 
 
 		 310 aa  195  7e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  46.85 
 
 		 310 aa  195  7e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  46.85 
 
 		 310 aa  195  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  46.85 
 
 		 310 aa  195  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  45.77 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  45.77 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  45.77 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  38.11 
 
 		 344 aa  190  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  47.83 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17720  adenosylcobinamide-phosphate synthase  39.1 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.213248  normal  0.925164 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.71 
 
 		 325 aa  171  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2885  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40.15 
 
 		 291 aa  170  3e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2715  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.81 
 
 		 310 aa  168  9e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0872  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.3 
 
 		 315 aa  165  9e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  36.96 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  38.55 
 
 		 320 aa  162  7e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  40 
 
 		 315 aa  162  9e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6127  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.71 
 
 		 314 aa  160  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00302618  hitchhiker  0.00095084 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  36.96 
 
 		 333 aa  159  5e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  35.51 
 
 		 369 aa  158  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4864  cobalamin biosynthesis protein  37.59 
 
 		 332 aa  156  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0377956  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1119  cobalamin biosynthesis protein  37.46 
 
 		 317 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  35.81 
 
 		 325 aa  154  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2224  cobalamin biosynthesis protein  38.05 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.01 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  36.33 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0555  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.77 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  36.33 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  36.33 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0561  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.83 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.73 
 
 		 315 aa  153  4e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.2 
 
 		 295 aa  152  5e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  32.03 
 
 		 323 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  35.69 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.12 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  36.04 
 
 		 340 aa  151  1e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.49 
 
 		 323 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  30.74 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  37.16 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2604  cobalamin biosynthesis protein  35.82 
 
 		 366 aa  149  6e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0562249  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.54 
 
 		 319 aa  147  3e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.74 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1267  cobalamin biosynthesis protein  35.43 
 
 		 324 aa  146  4.0000000000000006e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  34.54 
 
 		 313 aa  145  6e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  30.1 
 
 		 315 aa  145  7.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1704  cobalamin biosynthesis protein  34.06 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.574312  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1019  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.1 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0757  cobalamin biosynthesis protein  36.95 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.463156  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0238  cobalamin biosynthesis protein  29.55 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1682  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.39 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1068  cobalamin biosynthesis protein  39.18 
 
 		 321 aa  143  3e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.882793  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2576  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.14 
 
 		 317 aa  143  3e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1266  cobalamin biosynthesis protein  36.63 
 
 		 319 aa  143  4e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.14 
 
 		 319 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  37.29 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.61 
 
 		 323 aa  141  9.999999999999999e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1847  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.79 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3102  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.36 
 
 		 330 aa  139  4.999999999999999e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0194792  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3744  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.62 
 
 		 323 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00858099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0706  cobalamin biosynthesis protein  29.7 
 
 		 311 aa  139  7.999999999999999e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.380522  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3624  cobalamin biosynthesis protein  38.39 
 
 		 317 aa  138  8.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69655  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>