232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0517 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0517  cobalamin biosynthesis protein CbiB  100 
 
 		 298 aa  609  1e-173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01626  adenosylcobinamide-phosphate synthase  35.91 
 
 		 314 aa  145  7.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4742  cobD/cbiB family protein  35.66 
 
 		 321 aa  133  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1114  cobalamin biosynthesis protein CbiB  31.53 
 
 		 327 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00922  adenosylcobinamide-phosphate synthase  28.62 
 
 		 331 aa  117  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  28.42 
 
 		 319 aa  105  7e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  29.52 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1958  adenosylcobinamide-phosphate synthase  30.77 
 
 		 317 aa  100  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004472  adenosylcobinamide-phosphate synthase  26.01 
 
 		 317 aa  100  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2967  CobD-related protein  29.58 
 
 		 335 aa  100  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1000  cobalamin biosynthesis protein CbiB  27.46 
 
 		 326 aa  99  8e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1216  cobalamin biosynthesis protein CbiB  27.54 
 
 		 328 aa  97.4  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0521775 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  25.17 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  25.78 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  26.74 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.34 
 
 		 300 aa  93.2  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  25.86 
 
 		 302 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.81 
 
 		 302 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  27.27 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  28.03 
 
 		 311 aa  91.7  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  30.2 
 
 		 317 aa  90.5  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  25.42 
 
 		 302 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2802  CobD-related protein  26.69 
 
 		 332 aa  89.7  5e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.294176  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  24.41 
 
 		 307 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3138  cobalamin biosynthesis protein CbiB  25.94 
 
 		 329 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.645518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  28.14 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  24.74 
 
 		 302 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1252  cobalamin biosynthesis protein CbiB  25.6 
 
 		 329 aa  86.3  5e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.196954 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0854  CobD-related protein  26.94 
 
 		 329 aa  86.3  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.411862 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  26.28 
 
 		 326 aa  85.9  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  26.24 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1321  CobD-related protein  27.87 
 
 		 329 aa  84  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2957  cobalamin biosynthesis protein CbiB  26.28 
 
 		 330 aa  84  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.948861  normal  0.0341254 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1219  cobalamin biosynthesis protein CbiB  26.05 
 
 		 329 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.51829  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1026  cobalamin biosynthesis protein CbiB  26.82 
 
 		 327 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.188551  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3053  cobalamin biosynthesis protein CbiB  27.05 
 
 		 329 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0327642 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2875  cobalamin biosynthesis protein CbiB  26.28 
 
 		 330 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0980593  hitchhiker  0.000833797 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  26.77 
 
 		 321 aa  80.5  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  26.52 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.34 
 
 		 351 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  25.09 
 
 		 312 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  25.47 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  26.26 
 
 		 331 aa  77  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  24.1 
 
 		 344 aa  76.6  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  23.79 
 
 		 326 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1133  cobalamin biosynthesis protein CbiB  26.74 
 
 		 329 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.339799  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2566  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25 
 
 		 317 aa  76.3  0.0000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000687479  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.56 
 
 		 330 aa  74.7  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  25.41 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  26.86 
 
 		 312 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  26.86 
 
 		 312 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  26.86 
 
 		 312 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.62 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.49 
 
 		 323 aa  72.8  0.000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2578  CobD/CbiB family protein  27.03 
 
 		 326 aa  72.8  0.000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2972  CobD/CbiB family protein  30.18 
 
 		 312 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.402163  normal  0.15784 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1011  CobD/CbiB family protein  30.18 
 
 		 312 aa  72  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322198  normal  0.895923 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  25.42 
 
 		 312 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  25.42 
 
 		 314 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  25.95 
 
 		 313 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  25.65 
 
 		 326 aa  71.6  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  26.47 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  26.47 
 
 		 314 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  26.47 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  24.9 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  26.47 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  26.47 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  26.47 
 
 		 314 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  26.47 
 
 		 314 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  24.91 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  27.22 
 
 		 314 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0903  CobD/CbiB family protein  27.75 
 
 		 331 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  29.54 
 
 		 314 aa  69.3  0.00000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1666  CobD/CbiB family protein  29.59 
 
 		 346 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.805294  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2912  CobD/CbiB family protein  29.59 
 
 		 329 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0396  CobD/CbiB family protein  29.59 
 
 		 312 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0206694  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0235  CobD/CbiB family protein  29.59 
 
 		 312 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2962  CobD/CbiB family protein  29.59 
 
 		 329 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1994  CobD/CbiB family protein  27.57 
 
 		 303 aa  69.3  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2539  CobD/CbiB family protein  29.59 
 
 		 312 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.207097  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0912  CobD/CbiB family protein  29.59 
 
 		 312 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2852  CobD/CbiB family protein  29.59 
 
 		 312 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  27.22 
 
 		 318 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3350  cobalamin biosynthesis protein CbiB  25.32 
 
 		 328 aa  67.4  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171722 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0774  CobD/CbiB family protein  28.4 
 
 		 312 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.219768 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4188  CobD/CbiB family protein  28.4 
 
 		 312 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5340  cobalamin biosynthesis protein CbiB  24.26 
 
 		 336 aa  66.6  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0954  CobD/CbiB family protein  28.4 
 
 		 312 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0950  CobD/CbiB family protein  28.4 
 
 		 312 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1033  CobD/CbiB family protein  27.91 
 
 		 312 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0595  CobD/CbiB family protein  27.91 
 
 		 312 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142416  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1074  CobD/CbiB family protein  27.91 
 
 		 312 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1119  cobalamin biosynthesis protein  26.26 
 
 		 317 aa  65.5  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1847  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.58 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2660  CobD/CbiB family protein  27.68 
 
 		 307 aa  64.3  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.95909  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2229  CobD/CbiB family protein  28.4 
 
 		 312 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1068  cobalamin biosynthesis protein  28.43 
 
 		 321 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.882793  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0320  cobalamin biosynthesis protein CbiB  26 
 
 		 338 aa  64.7  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  25.88 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.02 
 
 		 323 aa  63.9  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>