196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1026 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1026  cobalamin biosynthesis protein CbiB  100 
 
 		 327 aa  659    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.188551  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1114  cobalamin biosynthesis protein CbiB  53.11 
 
 		 327 aa  375  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1216  cobalamin biosynthesis protein CbiB  53.42 
 
 		 328 aa  351  1e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0521775 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1000  cobalamin biosynthesis protein CbiB  48.09 
 
 		 326 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1133  cobalamin biosynthesis protein CbiB  51.23 
 
 		 329 aa  315  6e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.339799  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2875  cobalamin biosynthesis protein CbiB  49.85 
 
 		 330 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0980593  hitchhiker  0.000833797 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2957  cobalamin biosynthesis protein CbiB  49.24 
 
 		 330 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.948861  normal  0.0341254 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1321  CobD-related protein  49.69 
 
 		 329 aa  302  4.0000000000000003e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3053  cobalamin biosynthesis protein CbiB  49.08 
 
 		 329 aa  302  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0327642 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1219  cobalamin biosynthesis protein CbiB  49.08 
 
 		 329 aa  295  6e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.51829  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0854  CobD-related protein  49.21 
 
 		 329 aa  294  1e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.411862 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3138  cobalamin biosynthesis protein CbiB  48.47 
 
 		 329 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.645518 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1252  cobalamin biosynthesis protein CbiB  48.77 
 
 		 329 aa  294  2e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.196954 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2802  CobD-related protein  45.71 
 
 		 332 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.294176  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2967  CobD-related protein  43.17 
 
 		 335 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  27.82 
 
 		 344 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.25 
 
 		 300 aa  95.1  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0517  cobalamin biosynthesis protein CbiB  26.82 
 
 		 298 aa  92.4  8e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  28.21 
 
 		 312 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  27.84 
 
 		 312 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00922  adenosylcobinamide-phosphate synthase  27.03 
 
 		 331 aa  90.9  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  27.61 
 
 		 310 aa  90.5  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.14 
 
 		 351 aa  89  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  26.22 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  25.35 
 
 		 302 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.48 
 
 		 308 aa  87.4  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  25.35 
 
 		 307 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  27.72 
 
 		 302 aa  86.3  7e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  24.3 
 
 		 302 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.3 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  26.37 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  27.57 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  24.91 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  25.52 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  25.28 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2566  adenosylcobinamide-phosphate synthase  22.19 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000687479  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  23.94 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  24.47 
 
 		 319 aa  82.8  0.000000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004472  adenosylcobinamide-phosphate synthase  26.49 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  24.19 
 
 		 326 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  27.73 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  24.1 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4742  cobD/cbiB family protein  25.95 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  25.17 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  25.35 
 
 		 326 aa  78.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  29.83 
 
 		 312 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1958  adenosylcobinamide-phosphate synthase  27.24 
 
 		 317 aa  79  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  25.76 
 
 		 317 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  26.89 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01626  adenosylcobinamide-phosphate synthase  28.01 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  26.89 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  26.89 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  29.28 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  27.06 
 
 		 330 aa  76.6  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  25.5 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  29.7 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.27 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  25 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  24.48 
 
 		 331 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  23.57 
 
 		 326 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  26.11 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  26.11 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  26.11 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  24.05 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  25.99 
 
 		 319 aa  72.4  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  26.11 
 
 		 319 aa  72.4  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  26.52 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  25.58 
 
 		 321 aa  70.5  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3857  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.89 
 
 		 327 aa  70.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.932338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  25.32 
 
 		 314 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  25.6 
 
 		 324 aa  70.1  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0042  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.08 
 
 		 328 aa  69.7  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3805  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.44 
 
 		 327 aa  69.3  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.15 
 
 		 313 aa  69.3  0.00000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.49 
 
 		 320 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.9 
 
 		 320 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  25.61 
 
 		 326 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1267  cobalamin biosynthesis protein  25.4 
 
 		 324 aa  68.2  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.23 
 
 		 313 aa  68.2  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.48 
 
 		 315 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  25.67 
 
 		 313 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  23.75 
 
 		 305 aa  67.4  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  27.11 
 
 		 314 aa  67  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2178  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.45 
 
 		 316 aa  67  0.0000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  23.41 
 
 		 316 aa  66.6  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3127  cobalamin biosynthesis protein  28.41 
 
 		 320 aa  66.2  0.0000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.42 
 
 		 323 aa  65.5  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  23.58 
 
 		 323 aa  64.3  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  24.91 
 
 		 333 aa  63.9  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.29 
 
 		 322 aa  63.2  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  22.69 
 
 		 306 aa  62.8  0.000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  27.24 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  24.31 
 
 		 320 aa  62.8  0.000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  21.4 
 
 		 315 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  27.35 
 
 		 315 aa  62  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.01 
 
 		 319 aa  61.6  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1861  cobalamin biosynthesis protein  27.27 
 
 		 330 aa  61.6  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.130243 
 
 
-
 
NC_004310  BR1294  cobalamin biosynthesis protein  25.71 
 
 		 331 aa  60.8  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.27 
 
 		 323 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  24.21 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>