More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1753 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  100 
 
 		 302 aa  595  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  76.35 
 
 		 302 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  75 
 
 		 302 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  73.65 
 
 		 302 aa  417  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  72.64 
 
 		 302 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  72.97 
 
 		 307 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  73.31 
 
 		 302 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  75.99 
 
 		 302 aa  410  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  76.14 
 
 		 312 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  75.79 
 
 		 312 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  72.39 
 
 		 302 aa  363  2e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  57.54 
 
 		 304 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  61.48 
 
 		 310 aa  307  1.0000000000000001e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  58.48 
 
 		 326 aa  296  2e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  55.86 
 
 		 311 aa  295  6e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  58.82 
 
 		 326 aa  295  7e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  55.02 
 
 		 313 aa  293  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  57.09 
 
 		 331 aa  293  3e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  55.17 
 
 		 311 aa  291  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  58.59 
 
 		 321 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  53.77 
 
 		 317 aa  271  1e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  54.24 
 
 		 300 aa  269  5e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  51.99 
 
 		 319 aa  268  5.9999999999999995e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  55.82 
 
 		 326 aa  263  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  54.95 
 
 		 312 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  54.95 
 
 		 312 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  54.95 
 
 		 312 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  56.52 
 
 		 314 aa  258  7e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  52.31 
 
 		 301 aa  258  1e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  53.79 
 
 		 313 aa  257  2e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  56.01 
 
 		 326 aa  256  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.04 
 
 		 330 aa  255  5e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  54.48 
 
 		 314 aa  253  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  52.57 
 
 		 312 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  53.14 
 
 		 310 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  53.14 
 
 		 310 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  52 
 
 		 314 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  53.14 
 
 		 310 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  53.14 
 
 		 310 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  52.81 
 
 		 314 aa  249  5e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  53.31 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  53.31 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  53.31 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  52.3 
 
 		 311 aa  242  7e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  44.88 
 
 		 306 aa  216  4e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.43 
 
 		 351 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  52.33 
 
 		 308 aa  210  2e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  39.22 
 
 		 344 aa  207  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  41.55 
 
 		 369 aa  190  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.9 
 
 		 325 aa  186  4e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  45.79 
 
 		 333 aa  185  9e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17720  adenosylcobinamide-phosphate synthase  42.35 
 
 		 332 aa  182  7e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.213248  normal  0.925164 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  44.11 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  40.5 
 
 		 314 aa  179  4.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1119  cobalamin biosynthesis protein  42.34 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.23 
 
 		 316 aa  176  6e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0872  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.81 
 
 		 315 aa  175  9e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  39.6 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2715  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.28 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.15 
 
 		 315 aa  172  5e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6127  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.94 
 
 		 314 aa  172  6.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00302618  hitchhiker  0.00095084 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  40.99 
 
 		 344 aa  172  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  40.99 
 
 		 344 aa  172  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  40.99 
 
 		 344 aa  172  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  41.78 
 
 		 340 aa  169  6e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0757  cobalamin biosynthesis protein  39.35 
 
 		 321 aa  168  1e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.463156  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2576  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.48 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.96 
 
 		 319 aa  166  5e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.29 
 
 		 319 aa  166  5e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  33.33 
 
 		 315 aa  166  5e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1266  cobalamin biosynthesis protein  40.15 
 
 		 319 aa  165  8e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2224  cobalamin biosynthesis protein  41.79 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  40.34 
 
 		 324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  32.98 
 
 		 315 aa  163  4.0000000000000004e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  42.16 
 
 		 303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0555  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.59 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.05 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.67 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.14 
 
 		 315 aa  159  5e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  41.83 
 
 		 316 aa  159  5e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3624  cobalamin biosynthesis protein  40.7 
 
 		 317 aa  158  9e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.19 
 
 		 313 aa  158  9e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4864  cobalamin biosynthesis protein  42.03 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0377956  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.79 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2604  cobalamin biosynthesis protein  38.87 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0562249  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.58 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  38.58 
 
 		 325 aa  155  6e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0370  cobalamin biosynthesis protein  43.51 
 
 		 319 aa  155  6e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2885  adenosylcobinamide-phosphate synthase  41.48 
 
 		 291 aa  155  7e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1138  cobalamin biosynthesis protein  37.87 
 
 		 320 aa  155  8e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.34 
 
 		 320 aa  155  1e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1068  cobalamin biosynthesis protein  38.2 
 
 		 321 aa  154  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.882793  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40.21 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.5 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3092  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.5 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.423715  hitchhiker  0.00432553 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.62 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0042  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.67 
 
 		 328 aa  153  4e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0538  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.12 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.404725  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  36.16 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.86 
 
 		 311 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>