More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2496 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  100 
 
 		 312 aa  590  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  99.04 
 
 		 314 aa  587  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  94.23 
 
 		 314 aa  494  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  93.27 
 
 		 312 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  93.59 
 
 		 312 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  93.59 
 
 		 312 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  90.38 
 
 		 314 aa  431  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  71.86 
 
 		 311 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  72.88 
 
 		 311 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  71.67 
 
 		 313 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  81.03 
 
 		 314 aa  395  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  83.6 
 
 		 314 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  83.6 
 
 		 314 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  83.6 
 
 		 314 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  81.35 
 
 		 310 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  81.35 
 
 		 310 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  81.35 
 
 		 310 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  81.35 
 
 		 310 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  59.93 
 
 		 326 aa  325  5e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  61.07 
 
 		 326 aa  323  3e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  62.59 
 
 		 331 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  57.57 
 
 		 304 aa  311  1e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  63.07 
 
 		 326 aa  306  3e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  61.15 
 
 		 326 aa  306  3e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  55.03 
 
 		 302 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  55.25 
 
 		 302 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  55.81 
 
 		 307 aa  300  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  57.09 
 
 		 302 aa  301  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  56.15 
 
 		 302 aa  300  1e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  55.52 
 
 		 302 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  55.15 
 
 		 302 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  62.83 
 
 		 310 aa  298  1e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  55.92 
 
 		 317 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  57.49 
 
 		 302 aa  287  2e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  53.77 
 
 		 312 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  53.42 
 
 		 312 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  56.86 
 
 		 321 aa  280  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  52.19 
 
 		 302 aa  276  3e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  52.76 
 
 		 319 aa  271  1e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  52 
 
 		 300 aa  261  1e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  49 
 
 		 330 aa  258  7e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  54.2 
 
 		 311 aa  252  7e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  51.17 
 
 		 313 aa  251  1e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  47.52 
 
 		 301 aa  229  3e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  46.1 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.29 
 
 		 351 aa  209  4e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.63 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  37.41 
 
 		 344 aa  194  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  43.45 
 
 		 333 aa  179  4.999999999999999e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  44.4 
 
 		 332 aa  176  3e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.76 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17720  adenosylcobinamide-phosphate synthase  43.21 
 
 		 332 aa  169  4e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.213248  normal  0.925164 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.52 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0872  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.82 
 
 		 315 aa  162  7e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.12 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  41.73 
 
 		 344 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  41.73 
 
 		 344 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  41.73 
 
 		 344 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1743  cobalamin biosynthesis protein  38.65 
 
 		 317 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  0.192923 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  40.07 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4864  cobalamin biosynthesis protein  42.75 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0377956  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  42.59 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.38 
 
 		 322 aa  156  3e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  41.28 
 
 		 340 aa  156  4e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.96 
 
 		 316 aa  155  7e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2224  cobalamin biosynthesis protein  40.07 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.08 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.9 
 
 		 319 aa  153  4e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0561  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.44 
 
 		 318 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  33.22 
 
 		 323 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  38.08 
 
 		 314 aa  152  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  39.48 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  36.46 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  38.13 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.07 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  30.11 
 
 		 315 aa  151  2e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3102  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.94 
 
 		 330 aa  149  4e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0194792  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0555  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.16 
 
 		 311 aa  149  6e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.46 
 
 		 301 aa  148  9e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3624  cobalamin biosynthesis protein  42.27 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69655  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.21 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  29.75 
 
 		 315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.26 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2576  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.96 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6127  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.21 
 
 		 314 aa  147  3e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00302618  hitchhiker  0.00095084 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2715  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.16 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.79 
 
 		 320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1267  cobalamin biosynthesis protein  37.99 
 
 		 324 aa  145  6e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0165  cobalamin biosynthesis protein  41.25 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.890938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  36.54 
 
 		 316 aa  144  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1704  cobalamin biosynthesis protein  33.22 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.574312  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  36.01 
 
 		 369 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.2 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  37.05 
 
 		 325 aa  143  3e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.59 
 
 		 315 aa  143  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.85 
 
 		 321 aa  143  4e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0370  cobalamin biosynthesis protein  40.53 
 
 		 319 aa  142  5e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0735  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.51 
 
 		 323 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.43 
 
 		 311 aa  142  9e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.77 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>