250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1743 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1743  cobalamin biosynthesis protein  100 
 
 		 317 aa  628  1e-179  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  0.192923 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2121  cobalamin biosynthesis protein  62.99 
 
 		 326 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373169  hitchhiker  0.00319539 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2363  cobalamin biosynthesis protein  62.66 
 
 		 326 aa  363  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.764656  normal  0.0402118 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2621  cobalamin biosynthesis protein  60.56 
 
 		 323 aa  337  1.9999999999999998e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246707  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  53.95 
 
 		 323 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  51.59 
 
 		 323 aa  292  5e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1294  cobalamin biosynthesis protein  53.51 
 
 		 331 aa  289  4e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1256  cobalamin biosynthesis protein  53.51 
 
 		 331 aa  287  2e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.252791  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3744  cobalamin biosynthesis protein CobD  52.29 
 
 		 323 aa  281  9e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00858099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0735  cobalamin biosynthesis protein CobD  51.94 
 
 		 323 aa  278  6e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1891  cobalamin biosynthesis protein  50.5 
 
 		 327 aa  269  5e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3382  adenosylcobinamide-phosphate synthase  52.17 
 
 		 336 aa  262  6e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0114495  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0370  cobalamin biosynthesis protein  49.66 
 
 		 319 aa  252  5.000000000000001e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5724  cobalamin biosynthesis protein CobD  52.72 
 
 		 330 aa  248  7e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.571029 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4724  cobalamin biosynthesis protein CobD  49.84 
 
 		 333 aa  246  4e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0822126  normal  0.571798 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3137  adenosylcobinamide-phosphate synthase  46.84 
 
 		 323 aa  243  3e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5191  cobalamin biosynthesis protein CobD  49.01 
 
 		 333 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.683033 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1854  cobalamin biosynthesis protein CobD  51.7 
 
 		 329 aa  242  5e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  46.98 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5263  cobalamin biosynthesis protein CobD  50.17 
 
 		 333 aa  236  4e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.758113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3273  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.48 
 
 		 330 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284027 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0165  cobalamin biosynthesis protein  47.39 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.890938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  47.84 
 
 		 311 aa  228  8e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  47.84 
 
 		 311 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  46.05 
 
 		 316 aa  227  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1475  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.55 
 
 		 331 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311979  hitchhiker  0.000015122 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0388  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.77 
 
 		 337 aa  219  6e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.32 
 
 		 311 aa  218  7e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3631  cobalamin biosynthesis protein CobD  47.7 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0416966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3779  cobalamin biosynthesis protein CobD  46.51 
 
 		 323 aa  216  4e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.975904  normal  0.744686 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1351  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.57 
 
 		 328 aa  207  2e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4869  cobalamin biosynthesis protein CobD  50.17 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.30299 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.81 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  39.86 
 
 		 323 aa  188  9e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  43.75 
 
 		 333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  42.91 
 
 		 318 aa  180  2e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  38.19 
 
 		 324 aa  180  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  37.13 
 
 		 320 aa  179  7e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.75 
 
 		 319 aa  178  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40.48 
 
 		 369 aa  178  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.56 
 
 		 317 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1267  cobalamin biosynthesis protein  39.46 
 
 		 324 aa  175  8e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.7 
 
 		 320 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0042  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.49 
 
 		 328 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.26 
 
 		 315 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  38.69 
 
 		 314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1468  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.41 
 
 		 318 aa  172  6.999999999999999e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  40 
 
 		 319 aa  171  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0870  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.23 
 
 		 323 aa  171  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2741  cobalamin biosynthesis protein CobD  40 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0957714 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  41.7 
 
 		 332 aa  170  3e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  37.74 
 
 		 319 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.07 
 
 		 325 aa  169  4e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  37.74 
 
 		 319 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.1 
 
 		 321 aa  169  5e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1266  cobalamin biosynthesis protein  38.43 
 
 		 319 aa  169  5e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  37.74 
 
 		 319 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  37.74 
 
 		 319 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.05 
 
 		 313 aa  169  7e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  34.92 
 
 		 315 aa  169  7e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  34.92 
 
 		 315 aa  169  8e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  37.74 
 
 		 319 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.25 
 
 		 320 aa  167  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2576  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.34 
 
 		 317 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.96 
 
 		 316 aa  166  4e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1159  cobalamin biosynthesis protein CbiB  36.31 
 
 		 336 aa  166  5e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0872  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.8 
 
 		 315 aa  165  8e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1019  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.84 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.64 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.82 
 
 		 321 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.46 
 
 		 295 aa  162  7e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  40.07 
 
 		 313 aa  160  4e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  41.04 
 
 		 340 aa  159  5e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0757  cobalamin biosynthesis protein  36.84 
 
 		 321 aa  159  8e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.463156  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.93 
 
 		 315 aa  159  8e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2604  cobalamin biosynthesis protein  49.46 
 
 		 366 aa  158  1e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0562249  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17720  adenosylcobinamide-phosphate synthase  39.93 
 
 		 332 aa  156  3e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.213248  normal  0.925164 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0561  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.4 
 
 		 318 aa  156  4e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.22 
 
 		 319 aa  156  4e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3092  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.15 
 
 		 336 aa  155  7e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.423715  hitchhiker  0.00432553 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1119  cobalamin biosynthesis protein  39.01 
 
 		 317 aa  155  7e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.51 
 
 		 323 aa  155  8e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0555  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.77 
 
 		 311 aa  155  8e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.74 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1068  cobalamin biosynthesis protein  37.38 
 
 		 321 aa  155  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.882793  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.75 
 
 		 322 aa  154  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  35.23 
 
 		 325 aa  155  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2389  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.53 
 
 		 357 aa  154  2e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  40.91 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  38.06 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  40.91 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  40.91 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  36.76 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  36.4 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1138  cobalamin biosynthesis protein  37.41 
 
 		 320 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0940  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.48 
 
 		 324 aa  152  5.9999999999999996e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  36.62 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  36.03 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2885  adenosylcobinamide-phosphate synthase  38.91 
 
 		 291 aa  151  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  38.69 
 
 		 314 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>