288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1131 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  100 
 
 		 351 aa  715    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  46.88 
 
 		 344 aa  283  2.0000000000000002e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  44.08 
 
 		 302 aa  227  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  41.12 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  42.58 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  42.76 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  43.12 
 
 		 321 aa  216  5e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  44.41 
 
 		 312 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  42.35 
 
 		 326 aa  216  7e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  42.26 
 
 		 302 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  41.88 
 
 		 326 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  44.08 
 
 		 312 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.38 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  41.51 
 
 		 317 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  41.14 
 
 		 311 aa  212  9e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  42.11 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  41.2 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  42.48 
 
 		 302 aa  211  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  43.17 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  41.91 
 
 		 319 aa  209  4e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.58 
 
 		 330 aa  209  7e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  41.12 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  39.74 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  40.26 
 
 		 331 aa  204  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  41.75 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.39 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  39.87 
 
 		 313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  43.88 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  40.12 
 
 		 326 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  38.03 
 
 		 312 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  39.63 
 
 		 313 aa  189  4e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  38.74 
 
 		 312 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  40.59 
 
 		 326 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  38.74 
 
 		 312 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  38.74 
 
 		 312 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  42.68 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.31 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  38.82 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  38.44 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  44.02 
 
 		 314 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  37.03 
 
 		 314 aa  169  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  37.69 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  37.69 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  37.69 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  37.69 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  37.69 
 
 		 314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  37.69 
 
 		 314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  37.69 
 
 		 314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.39 
 
 		 315 aa  155  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17720  adenosylcobinamide-phosphate synthase  35.02 
 
 		 332 aa  152  5.9999999999999996e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.213248  normal  0.925164 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  30.92 
 
 		 315 aa  152  8.999999999999999e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  37.65 
 
 		 324 aa  151  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.53 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.76 
 
 		 319 aa  150  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1119  cobalamin biosynthesis protein  35.2 
 
 		 317 aa  150  4e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  30.28 
 
 		 315 aa  150  5e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  33.22 
 
 		 332 aa  149  6e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.81 
 
 		 318 aa  149  8e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.82 
 
 		 313 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.78 
 
 		 321 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.29 
 
 		 313 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0757  cobalamin biosynthesis protein  34.82 
 
 		 321 aa  146  5e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.463156  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  33.88 
 
 		 369 aa  145  7.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.37 
 
 		 320 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.77 
 
 		 325 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.75 
 
 		 320 aa  144  3e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  32.46 
 
 		 333 aa  144  3e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.54 
 
 		 295 aa  143  6e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0042  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.43 
 
 		 328 aa  142  9e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  34.32 
 
 		 344 aa  139  6e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  34.32 
 
 		 344 aa  139  6e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  34.32 
 
 		 344 aa  139  6e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40.93 
 
 		 320 aa  139  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1019  cobalamin biosynthesis protein CobD  29 
 
 		 308 aa  139  1e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  37.34 
 
 		 319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  37.34 
 
 		 319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.05 
 
 		 315 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.11 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  37.34 
 
 		 319 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6127  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.19 
 
 		 314 aa  136  7.000000000000001e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00302618  hitchhiker  0.00095084 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  36.91 
 
 		 319 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  30.85 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.77 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0561  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.54 
 
 		 318 aa  134  3e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  33.33 
 
 		 313 aa  134  3e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  36.91 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0555  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.73 
 
 		 311 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  29.52 
 
 		 319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.71 
 
 		 322 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1583  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.01 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2576  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.22 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1682  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.48 
 
 		 330 aa  130  4.0000000000000003e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3624  cobalamin biosynthesis protein  36.87 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1138  cobalamin biosynthesis protein  31.48 
 
 		 320 aa  129  9.000000000000001e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.06 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.69 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1266  cobalamin biosynthesis protein  33.01 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1267  cobalamin biosynthesis protein  38.32 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  33.66 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.23 
 
 		 323 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>