299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3678 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  100 
 
 		 302 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  95.03 
 
 		 302 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  90.18 
 
 		 302 aa  527  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  81.46 
 
 		 307 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  82.21 
 
 		 302 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  81.46 
 
 		 302 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  81.13 
 
 		 302 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  76.35 
 
 		 302 aa  422  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  73.79 
 
 		 312 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  74.48 
 
 		 312 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  70.28 
 
 		 302 aa  388  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  62.22 
 
 		 310 aa  327  1.0000000000000001e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  53.72 
 
 		 304 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  55.05 
 
 		 313 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  56.1 
 
 		 311 aa  305  7e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  58.5 
 
 		 326 aa  302  5.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  57.04 
 
 		 326 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  54.7 
 
 		 311 aa  295  7e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  57.28 
 
 		 321 aa  291  6e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  55.36 
 
 		 331 aa  292  6e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  58.56 
 
 		 326 aa  291  9e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  57.25 
 
 		 312 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  57.25 
 
 		 312 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  57.25 
 
 		 312 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  53.63 
 
 		 319 aa  278  7e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  56.08 
 
 		 300 aa  278  1e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  56.66 
 
 		 326 aa  275  6e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  54.27 
 
 		 317 aa  275  9e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  57.42 
 
 		 314 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  53.71 
 
 		 311 aa  270  2e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  54.18 
 
 		 312 aa  269  4e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  54.95 
 
 		 314 aa  268  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  50 
 
 		 330 aa  266  2.9999999999999995e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  53.93 
 
 		 314 aa  265  5e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  55.97 
 
 		 314 aa  263  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  52.05 
 
 		 313 aa  261  1e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  52.99 
 
 		 314 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  52.99 
 
 		 314 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  52.99 
 
 		 314 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  53.18 
 
 		 310 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  53.18 
 
 		 310 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  53.18 
 
 		 310 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  53.18 
 
 		 310 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  51.64 
 
 		 301 aa  253  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.08 
 
 		 351 aa  227  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  45.49 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  52.69 
 
 		 308 aa  226  5.0000000000000005e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  37.58 
 
 		 344 aa  201  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.71 
 
 		 325 aa  196  5.000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40.28 
 
 		 369 aa  191  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  44.04 
 
 		 333 aa  189  5e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  43.32 
 
 		 332 aa  189  5.999999999999999e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17720  adenosylcobinamide-phosphate synthase  43.17 
 
 		 332 aa  180  2e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.213248  normal  0.925164 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0757  cobalamin biosynthesis protein  38.56 
 
 		 321 aa  172  7.999999999999999e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.463156  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1119  cobalamin biosynthesis protein  40.14 
 
 		 317 aa  171  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0872  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.57 
 
 		 315 aa  170  3e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2715  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.96 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  40.47 
 
 		 314 aa  168  8e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.89 
 
 		 319 aa  168  9e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.36 
 
 		 311 aa  168  9e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.19 
 
 		 313 aa  168  9e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  42.36 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  43.12 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6127  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.73 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00302618  hitchhiker  0.00095084 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  41.76 
 
 		 313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  33.46 
 
 		 315 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.55 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2224  cobalamin biosynthesis protein  39.93 
 
 		 322 aa  166  5e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.93 
 
 		 321 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.56 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  40.28 
 
 		 340 aa  163  3e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.97 
 
 		 311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.22 
 
 		 315 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.58 
 
 		 316 aa  162  6e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  36.84 
 
 		 323 aa  162  7e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0370  cobalamin biosynthesis protein  41.98 
 
 		 319 aa  162  8.000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527036  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2576  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.55 
 
 		 317 aa  162  9e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  32.35 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.65 
 
 		 319 aa  160  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.07 
 
 		 319 aa  160  3e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2604  cobalamin biosynthesis protein  39.36 
 
 		 366 aa  159  5e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0562249  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  39.85 
 
 		 344 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0538  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.54 
 
 		 299 aa  157  1e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.404725  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  39.85 
 
 		 344 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  39.85 
 
 		 344 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  34.54 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4864  cobalamin biosynthesis protein  40.73 
 
 		 332 aa  156  3e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0377956  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  38.58 
 
 		 324 aa  156  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.14 
 
 		 315 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  37.54 
 
 		 325 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.3 
 
 		 295 aa  155  7e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2885  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40.78 
 
 		 291 aa  155  8e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0561  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.79 
 
 		 318 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0555  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.33 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1266  cobalamin biosynthesis protein  41.11 
 
 		 319 aa  152  5e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3624  cobalamin biosynthesis protein  38.18 
 
 		 317 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1068  cobalamin biosynthesis protein  36.43 
 
 		 321 aa  151  1e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.882793  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1138  cobalamin biosynthesis protein  37.96 
 
 		 320 aa  151  1e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.42 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.33 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>