283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3555 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  100 
 
 		 333 aa  627  1e-178  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  87.09 
 
 		 332 aa  523  1e-147  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0561  cobalamin biosynthesis protein CobD  66.3 
 
 		 318 aa  317  2e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  60.34 
 
 		 369 aa  317  2e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  62.02 
 
 		 325 aa  302  7.000000000000001e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2576  cobalamin biosynthesis protein CobD  65.31 
 
 		 317 aa  297  2e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2224  cobalamin biosynthesis protein  62.38 
 
 		 322 aa  292  7e-78  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  60.56 
 
 		 316 aa  291  1e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  59.52 
 
 		 295 aa  282  7.000000000000001e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0872  cobalamin biosynthesis protein CobD  59.11 
 
 		 315 aa  281  1e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17720  adenosylcobinamide-phosphate synthase  55.78 
 
 		 332 aa  280  3e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.213248  normal  0.925164 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6127  cobalamin biosynthesis protein CobD  58.16 
 
 		 314 aa  273  2.0000000000000002e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00302618  hitchhiker  0.00095084 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2715  cobalamin biosynthesis protein CobD  58.02 
 
 		 310 aa  267  2e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  56.27 
 
 		 340 aa  265  8.999999999999999e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4864  cobalamin biosynthesis protein  57.09 
 
 		 332 aa  262  8e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0377956  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3624  cobalamin biosynthesis protein  56.05 
 
 		 317 aa  261  8e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2604  cobalamin biosynthesis protein  55.52 
 
 		 366 aa  259  3e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0562249  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  57.25 
 
 		 344 aa  256  3e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  57.25 
 
 		 344 aa  256  3e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  57.25 
 
 		 344 aa  256  3e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2885  adenosylcobinamide-phosphate synthase  55.07 
 
 		 291 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  49.02 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  49.64 
 
 		 320 aa  217  2e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3102  cobalamin biosynthesis protein CobD  52.72 
 
 		 330 aa  213  3.9999999999999995e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0194792  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.96 
 
 		 313 aa  212  5.999999999999999e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  47.43 
 
 		 319 aa  211  2e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  47.12 
 
 		 319 aa  209  6e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  33.88 
 
 		 315 aa  208  9e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  33.22 
 
 		 315 aa  206  4e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  45.76 
 
 		 318 aa  204  2e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0538  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.51 
 
 		 299 aa  202  8e-51  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.404725  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.79 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06900  cobalamin biosynthesis protein cobD/CbiB  47.57 
 
 		 326 aa  200  1.9999999999999998e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.056091 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.16 
 
 		 315 aa  198  9e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0870  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.27 
 
 		 323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  46.07 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0042  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.97 
 
 		 328 aa  193  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  46.07 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  45.71 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  44.64 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  45.71 
 
 		 302 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.34 
 
 		 323 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  44.79 
 
 		 312 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  45.14 
 
 		 312 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.29 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.81 
 
 		 323 aa  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  42.95 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  43.52 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.68 
 
 		 323 aa  184  2.0000000000000003e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1743  cobalamin biosynthesis protein  43.75 
 
 		 317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  0.192923 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  44.85 
 
 		 304 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  43.43 
 
 		 317 aa  182  6e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3631  cobalamin biosynthesis protein CobD  46.05 
 
 		 310 aa  182  6e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0416966  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  39.1 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.7 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  43.17 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  43.93 
 
 		 316 aa  180  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  45.52 
 
 		 311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3744  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.25 
 
 		 323 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00858099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  43.86 
 
 		 326 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  42.7 
 
 		 311 aa  178  9e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  42.22 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  46.86 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  43.48 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  42.36 
 
 		 319 aa  177  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  45.04 
 
 		 326 aa  176  6e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  42.46 
 
 		 326 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1019  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.99 
 
 		 308 aa  175  9.999999999999999e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.61 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  41.97 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.27 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0735  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.36 
 
 		 323 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  46.57 
 
 		 302 aa  173  5e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.6 
 
 		 317 aa  172  6.999999999999999e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.79 
 
 		 320 aa  172  1e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0940  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.45 
 
 		 324 aa  171  1e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.55 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  43.14 
 
 		 331 aa  170  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  45.32 
 
 		 314 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  45.32 
 
 		 314 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  45.32 
 
 		 314 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1468  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.5 
 
 		 318 aa  170  4e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3092  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.54 
 
 		 336 aa  169  5e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.423715  hitchhiker  0.00432553 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3382  adenosylcobinamide-phosphate synthase  42.59 
 
 		 336 aa  168  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0114495  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  45.02 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  45.02 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  45.02 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  44.79 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  43.07 
 
 		 314 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.11 
 
 		 315 aa  166  4e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  43.17 
 
 		 313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  35.5 
 
 		 319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  36.48 
 
 		 319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2741  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.66 
 
 		 304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0957714 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  41.83 
 
 		 326 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.72 
 
 		 330 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  35.5 
 
 		 319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  44.94 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  42.01 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  37.23 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>