More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2200 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  100 
 
 		 326 aa  620  1e-176  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  87.12 
 
 		 326 aa  525  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  73.63 
 
 		 331 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  59.34 
 
 		 304 aa  315  5e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  58.67 
 
 		 302 aa  311  1e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  58.94 
 
 		 311 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  57.58 
 
 		 313 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  57.81 
 
 		 311 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  62.17 
 
 		 326 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  56.67 
 
 		 302 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  57.81 
 
 		 302 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  60.73 
 
 		 326 aa  301  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  58.8 
 
 		 302 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  58.14 
 
 		 307 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  59.22 
 
 		 302 aa  300  2e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  57.81 
 
 		 302 aa  299  3e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  60.99 
 
 		 312 aa  295  8e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  60.99 
 
 		 312 aa  295  8e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  60.99 
 
 		 312 aa  295  8e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  58.39 
 
 		 312 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  58.39 
 
 		 312 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  58.48 
 
 		 302 aa  289  4e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  62.32 
 
 		 314 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  57.91 
 
 		 302 aa  286  4e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  62.77 
 
 		 312 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  58.59 
 
 		 314 aa  281  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  58.03 
 
 		 310 aa  279  6e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  59.57 
 
 		 314 aa  278  1e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  57.34 
 
 		 317 aa  276  5e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  55.48 
 
 		 321 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  59.87 
 
 		 314 aa  265  5e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  52.28 
 
 		 319 aa  264  2e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  55.03 
 
 		 310 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  55.03 
 
 		 310 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  55.03 
 
 		 310 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  55.03 
 
 		 310 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  55.37 
 
 		 314 aa  255  7e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  55.37 
 
 		 314 aa  255  7e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  55.37 
 
 		 314 aa  255  7e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  52.67 
 
 		 311 aa  251  2e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  47.37 
 
 		 301 aa  250  3e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  47.85 
 
 		 330 aa  248  1e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  51.53 
 
 		 313 aa  246  3e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.81 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.44 
 
 		 351 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  46.1 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  39.39 
 
 		 344 aa  213  4.9999999999999996e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  49.47 
 
 		 308 aa  206  3e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17720  adenosylcobinamide-phosphate synthase  41.78 
 
 		 332 aa  176  6e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.213248  normal  0.925164 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  41.23 
 
 		 333 aa  171  2e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2715  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.79 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  39.67 
 
 		 332 aa  170  4e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  31.58 
 
 		 315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.9 
 
 		 313 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  31.35 
 
 		 315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  39.52 
 
 		 369 aa  165  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.07 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  34.29 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6127  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.56 
 
 		 314 aa  162  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00302618  hitchhiker  0.00095084 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.96 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  41.4 
 
 		 344 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  41.4 
 
 		 344 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  41.4 
 
 		 344 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.3 
 
 		 325 aa  160  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.56 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0757  cobalamin biosynthesis protein  37 
 
 		 321 aa  159  5e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.463156  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  38.23 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2885  adenosylcobinamide-phosphate synthase  38.57 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  37.7 
 
 		 324 aa  156  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  40.13 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.54 
 
 		 320 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  34.73 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0940  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.6 
 
 		 324 aa  152  5e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4864  cobalamin biosynthesis protein  39.08 
 
 		 332 aa  151  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0377956  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40.07 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0561  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.49 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0042  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.86 
 
 		 328 aa  150  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  41.32 
 
 		 340 aa  151  2e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.04 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2576  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.67 
 
 		 317 aa  149  5e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0370  cobalamin biosynthesis protein  40.26 
 
 		 319 aa  149  5e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0872  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.68 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2224  cobalamin biosynthesis protein  38.91 
 
 		 322 aa  149  8e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  38 
 
 		 314 aa  149  9e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3631  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.56 
 
 		 310 aa  149  9e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0416966  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.1 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3624  cobalamin biosynthesis protein  41.41 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1267  cobalamin biosynthesis protein  36.51 
 
 		 324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.66 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  29.3 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  39.33 
 
 		 311 aa  146  6e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  38.81 
 
 		 316 aa  146  6e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1119  cobalamin biosynthesis protein  38.83 
 
 		 317 aa  145  9e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1068  cobalamin biosynthesis protein  35.37 
 
 		 321 aa  145  1e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.882793  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.14 
 
 		 319 aa  145  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1138  cobalamin biosynthesis protein  36.25 
 
 		 320 aa  145  1e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  37.04 
 
 		 325 aa  144  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.33 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1743  cobalamin biosynthesis protein  34.78 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  0.192923 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.44 
 
 		 319 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>