More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2658 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  100 
 
 		 326 aa  628  1e-179  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  87.62 
 
 		 326 aa  519  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  72.35 
 
 		 331 aa  419  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  58.59 
 
 		 304 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  62.17 
 
 		 326 aa  310  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  60.86 
 
 		 326 aa  310  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  56.58 
 
 		 302 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  58.14 
 
 		 311 aa  309  4e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  57.14 
 
 		 311 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  55.78 
 
 		 313 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  55.26 
 
 		 302 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  58.25 
 
 		 302 aa  301  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  59.57 
 
 		 312 aa  296  5e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  59.57 
 
 		 312 aa  296  5e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  59.57 
 
 		 312 aa  296  5e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  56.21 
 
 		 307 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  61.13 
 
 		 314 aa  294  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  56.72 
 
 		 302 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  57.62 
 
 		 302 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  57 
 
 		 302 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  58.48 
 
 		 302 aa  288  8e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  60.94 
 
 		 314 aa  287  1e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  57.58 
 
 		 302 aa  287  2e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  57.58 
 
 		 312 aa  286  4e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  57.58 
 
 		 312 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  61.21 
 
 		 312 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  56.34 
 
 		 314 aa  278  1e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  55.24 
 
 		 321 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  56.57 
 
 		 310 aa  272  5.000000000000001e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  54.48 
 
 		 317 aa  268  8e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  59.06 
 
 		 314 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  51.58 
 
 		 319 aa  261  1e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  52.35 
 
 		 313 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  55.37 
 
 		 310 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  55.37 
 
 		 310 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  55.37 
 
 		 310 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  55.37 
 
 		 310 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  58.05 
 
 		 314 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  58.05 
 
 		 314 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  58.05 
 
 		 314 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  53.67 
 
 		 311 aa  254  2.0000000000000002e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  48.04 
 
 		 301 aa  246  4e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.81 
 
 		 330 aa  242  6e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  49.32 
 
 		 300 aa  232  6e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.99 
 
 		 351 aa  218  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  51.06 
 
 		 308 aa  210  2e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  44.07 
 
 		 306 aa  205  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  37.67 
 
 		 344 aa  198  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2715  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.96 
 
 		 310 aa  177  1e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17720  adenosylcobinamide-phosphate synthase  41.41 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.213248  normal  0.925164 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  42.96 
 
 		 333 aa  174  9.999999999999999e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6127  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.61 
 
 		 314 aa  172  7.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00302618  hitchhiker  0.00095084 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.3 
 
 		 325 aa  172  9e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  31.58 
 
 		 315 aa  170  3e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  31.58 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  40.13 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  40.2 
 
 		 313 aa  166  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.27 
 
 		 316 aa  161  2e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  39.86 
 
 		 369 aa  161  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4864  cobalamin biosynthesis protein  40.7 
 
 		 332 aa  160  3e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0377956  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.22 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0561  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.86 
 
 		 318 aa  158  1e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2224  cobalamin biosynthesis protein  39.55 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  41.05 
 
 		 344 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  42.36 
 
 		 340 aa  156  4e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  41.05 
 
 		 344 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  41.05 
 
 		 344 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  38.49 
 
 		 324 aa  155  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3631  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.58 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0416966  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  34.82 
 
 		 323 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40.91 
 
 		 316 aa  154  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0872  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.21 
 
 		 315 aa  154  2.9999999999999998e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.58 
 
 		 322 aa  153  4e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.67 
 
 		 313 aa  153  5e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.14 
 
 		 295 aa  152  7e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1267  cobalamin biosynthesis protein  36.93 
 
 		 324 aa  152  8.999999999999999e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.27 
 
 		 317 aa  152  8.999999999999999e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  38.64 
 
 		 303 aa  152  8.999999999999999e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2885  adenosylcobinamide-phosphate synthase  38.21 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.44 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.97 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2576  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.3 
 
 		 317 aa  149  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.98 
 
 		 320 aa  149  6e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0940  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.45 
 
 		 324 aa  149  8e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.57 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  38 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.22 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0757  cobalamin biosynthesis protein  36.07 
 
 		 321 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.463156  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  38.74 
 
 		 311 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.08 
 
 		 311 aa  145  9e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  38.46 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.12 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3624  cobalamin biosynthesis protein  40.92 
 
 		 317 aa  144  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  36.15 
 
 		 325 aa  145  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0388  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.85 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  36.78 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.58 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1138  cobalamin biosynthesis protein  37.09 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0370  cobalamin biosynthesis protein  39.61 
 
 		 319 aa  144  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.56 
 
 		 321 aa  142  6e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>