168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1321 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1321  CobD-related protein  100 
 
 		 329 aa  662    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3053  cobalamin biosynthesis protein CbiB  95.74 
 
 		 329 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0327642 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2875  cobalamin biosynthesis protein CbiB  94.85 
 
 		 330 aa  592  1e-168  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0980593  hitchhiker  0.000833797 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2957  cobalamin biosynthesis protein CbiB  94.24 
 
 		 330 aa  589  1e-167  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.948861  normal  0.0341254 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3138  cobalamin biosynthesis protein CbiB  86.02 
 
 		 329 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.645518 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1133  cobalamin biosynthesis protein CbiB  84.8 
 
 		 329 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.339799  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1252  cobalamin biosynthesis protein CbiB  86.32 
 
 		 329 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.196954 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1219  cobalamin biosynthesis protein CbiB  85.41 
 
 		 329 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.51829  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1114  cobalamin biosynthesis protein CbiB  53.35 
 
 		 327 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0854  CobD-related protein  57.62 
 
 		 329 aa  365  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.411862 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1216  cobalamin biosynthesis protein CbiB  55.05 
 
 		 328 aa  363  2e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0521775 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1000  cobalamin biosynthesis protein CbiB  50 
 
 		 326 aa  317  2e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1026  cobalamin biosynthesis protein CbiB  49.69 
 
 		 327 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.188551  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2967  CobD-related protein  46.97 
 
 		 335 aa  300  3e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2802  CobD-related protein  48.65 
 
 		 332 aa  290  2e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.294176  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00922  adenosylcobinamide-phosphate synthase  29.02 
 
 		 331 aa  110  5e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004472  adenosylcobinamide-phosphate synthase  29.12 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.08 
 
 		 300 aa  100  5e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  28.62 
 
 		 317 aa  96.7  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1958  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.25 
 
 		 317 aa  96.7  5e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  30.11 
 
 		 310 aa  91.7  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  25.78 
 
 		 307 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  25.99 
 
 		 302 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  26.23 
 
 		 344 aa  90.1  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  27.93 
 
 		 319 aa  89.7  6e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  26.39 
 
 		 302 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  27.4 
 
 		 304 aa  88.6  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  25.69 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4742  cobD/cbiB family protein  27.68 
 
 		 321 aa  87.8  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25.9 
 
 		 320 aa  88.2  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0517  cobalamin biosynthesis protein CbiB  27.82 
 
 		 298 aa  86.3  7e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01626  adenosylcobinamide-phosphate synthase  26.57 
 
 		 314 aa  86.3  7e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  26.06 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  25.09 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  30.94 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.09 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2566  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25.59 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000687479  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  28.68 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  28.67 
 
 		 312 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  27.69 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  26.91 
 
 		 312 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.87 
 
 		 351 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  26.35 
 
 		 311 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  25.36 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  25.68 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.9 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  29.3 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.17 
 
 		 321 aa  73.6  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.28 
 
 		 308 aa  73.6  0.000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  26.29 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  26.29 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  26.29 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  26.29 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  27.78 
 
 		 313 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  24.67 
 
 		 316 aa  72.4  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  26.29 
 
 		 319 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  25.99 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25.81 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.75 
 
 		 330 aa  69.7  0.00000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  30.69 
 
 		 312 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  25.25 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  27.3 
 
 		 311 aa  67.8  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  27.34 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  27.34 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  27.34 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  30.2 
 
 		 314 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.39 
 
 		 321 aa  67  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.95 
 
 		 317 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.98 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  27.27 
 
 		 326 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  26.28 
 
 		 326 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  25.25 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  25.11 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  23.99 
 
 		 306 aa  64.3  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0940  cobalamin biosynthesis protein CobD  27.93 
 
 		 324 aa  63.9  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_002936  DET0654  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.19 
 
 		 308 aa  63.2  0.000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0688  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.19 
 
 		 308 aa  63.2  0.000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  24.66 
 
 		 315 aa  62.8  0.000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  24.91 
 
 		 331 aa  62  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  25 
 
 		 320 aa  61.2  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.19 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_592  adenosylcobinamide-phosphate synthase  27.78 
 
 		 308 aa  60.8  0.00000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0624  adenosylcobinamide-phosphate synthase  30.95 
 
 		 308 aa  60.5  0.00000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.373431  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  25 
 
 		 313 aa  60.1  0.00000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  27.09 
 
 		 344 aa  59.7  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  27.09 
 
 		 344 aa  59.7  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  27.09 
 
 		 344 aa  59.7  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  30.34 
 
 		 314 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1294  cobalamin biosynthesis protein  23.94 
 
 		 331 aa  57.8  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  24.06 
 
 		 323 aa  58.2  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1256  cobalamin biosynthesis protein  24.84 
 
 		 331 aa  57.4  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.252791  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  24.21 
 
 		 313 aa  56.6  0.0000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25.36 
 
 		 369 aa  56.6  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  28.06 
 
 		 310 aa  55.5  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  26.67 
 
 		 318 aa  55.8  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  26.85 
 
 		 314 aa  55.5  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  28.06 
 
 		 310 aa  55.5  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  28.06 
 
 		 310 aa  55.5  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  28.06 
 
 		 310 aa  55.5  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1682  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.62 
 
 		 330 aa  55.1  0.000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>