161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1216 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1216  cobalamin biosynthesis protein CbiB  100 
 
 		 328 aa  664    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0521775 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1114  cobalamin biosynthesis protein CbiB  66.36 
 
 		 327 aa  461  1e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1000  cobalamin biosynthesis protein CbiB  53.68 
 
 		 326 aa  369  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1133  cobalamin biosynthesis protein CbiB  54.43 
 
 		 329 aa  350  1e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.339799  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1321  CobD-related protein  54.88 
 
 		 329 aa  349  4e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2957  cobalamin biosynthesis protein CbiB  54.15 
 
 		 330 aa  349  4e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.948861  normal  0.0341254 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3053  cobalamin biosynthesis protein CbiB  53.96 
 
 		 329 aa  346  3e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0327642 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1252  cobalamin biosynthesis protein CbiB  55.05 
 
 		 329 aa  345  5e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.196954 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2875  cobalamin biosynthesis protein CbiB  53.54 
 
 		 330 aa  342  4e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0980593  hitchhiker  0.000833797 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1219  cobalamin biosynthesis protein CbiB  54.43 
 
 		 329 aa  341  8e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.51829  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3138  cobalamin biosynthesis protein CbiB  54.13 
 
 		 329 aa  341  9e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.645518 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1026  cobalamin biosynthesis protein CbiB  53.42 
 
 		 327 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.188551  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0854  CobD-related protein  52.92 
 
 		 329 aa  333  3e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.411862 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2967  CobD-related protein  46.97 
 
 		 335 aa  298  8e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2802  CobD-related protein  45.62 
 
 		 332 aa  296  4e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.294176  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00922  adenosylcobinamide-phosphate synthase  28.48 
 
 		 331 aa  108  9.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004472  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25.87 
 
 		 317 aa  99  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0517  cobalamin biosynthesis protein CbiB  27.54 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  26.17 
 
 		 344 aa  97.4  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  25 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.64 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  24.29 
 
 		 302 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  23.67 
 
 		 302 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  26.64 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  26.49 
 
 		 310 aa  89.7  6e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  22.74 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  26.52 
 
 		 312 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  26.16 
 
 		 312 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  23.57 
 
 		 302 aa  87  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  22.41 
 
 		 302 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2566  adenosylcobinamide-phosphate synthase  24.83 
 
 		 317 aa  85.5  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000687479  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4742  cobD/cbiB family protein  29.73 
 
 		 321 aa  84.7  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  22.41 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.56 
 
 		 351 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  25.24 
 
 		 317 aa  82.4  0.000000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  26.34 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01626  adenosylcobinamide-phosphate synthase  26.42 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  22.54 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1958  adenosylcobinamide-phosphate synthase  30.15 
 
 		 317 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  25.58 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  22.15 
 
 		 304 aa  78.6  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  24.25 
 
 		 326 aa  76.6  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  21.53 
 
 		 311 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  24.41 
 
 		 319 aa  75.5  0.000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  23.43 
 
 		 313 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  21.45 
 
 		 331 aa  73.2  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  26.47 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  26.47 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  26.47 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  27.62 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  26.7 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  21.88 
 
 		 326 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.2 
 
 		 320 aa  70.5  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  23.47 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  27.49 
 
 		 308 aa  70.5  0.00000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  20.07 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  24.49 
 
 		 314 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  24.33 
 
 		 321 aa  67.4  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  24.07 
 
 		 313 aa  67  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  21.6 
 
 		 306 aa  66.6  0.0000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  23.44 
 
 		 320 aa  65.1  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.32 
 
 		 321 aa  64.7  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.93 
 
 		 330 aa  63.9  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  23.25 
 
 		 324 aa  62.4  0.000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.89 
 
 		 313 aa  62  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  25.7 
 
 		 326 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  20.21 
 
 		 326 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1110  cobalamin biosynthesis protein CobD  21.77 
 
 		 339 aa  61.6  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  22.04 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  22.04 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  22.04 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  21.13 
 
 		 316 aa  59.7  0.00000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  25 
 
 		 323 aa  59.3  0.00000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0940  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.58 
 
 		 324 aa  57.8  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  23.38 
 
 		 305 aa  58.5  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  23.22 
 
 		 315 aa  57.4  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  22.71 
 
 		 312 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  22.6 
 
 		 295 aa  57  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3127  cobalamin biosynthesis protein  22.96 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  22.39 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  22.71 
 
 		 314 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.22 
 
 		 313 aa  56.2  0.0000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  22.75 
 
 		 315 aa  55.5  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.37 
 
 		 315 aa  55.8  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0872  cobalamin biosynthesis protein CobD  22.66 
 
 		 315 aa  54.7  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0538  cobalamin biosynthesis protein CobD  25 
 
 		 299 aa  54.3  0.000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.404725  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0555  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.54 
 
 		 311 aa  54.3  0.000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  23.49 
 
 		 314 aa  53.9  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1068  cobalamin biosynthesis protein  23.79 
 
 		 321 aa  53.9  0.000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.882793  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3857  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.79 
 
 		 327 aa  53.5  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.932338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  22.53 
 
 		 369 aa  53.1  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  21.72 
 
 		 323 aa  53.1  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  24.86 
 
 		 318 aa  52.8  0.000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  21.62 
 
 		 313 aa  52.8  0.000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1294  cobalamin biosynthesis protein  25 
 
 		 331 aa  52.4  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3805  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.45 
 
 		 327 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1256  cobalamin biosynthesis protein  25 
 
 		 331 aa  52.4  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.252791  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1019  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.56 
 
 		 308 aa  52.4  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1891  cobalamin biosynthesis protein  24.22 
 
 		 327 aa  51.2  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3092  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.19 
 
 		 336 aa  50.8  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.423715  hitchhiker  0.00432553 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>