171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0880 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0880  CobD/CbiB family protein  100 
 
 		 313 aa  629  1e-179  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.910898 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0809  CobD/CbiB family protein  100 
 
 		 313 aa  629  1e-179  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.37142  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0938  CobD/CbiB family protein  89.78 
 
 		 324 aa  529  1e-149  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0164662 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2578  CobD/CbiB family protein  67.79 
 
 		 326 aa  449  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0903  CobD/CbiB family protein  67.3 
 
 		 331 aa  421  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1011  CobD/CbiB family protein  62.94 
 
 		 312 aa  391  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322198  normal  0.895923 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2972  CobD/CbiB family protein  63.26 
 
 		 312 aa  382  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.402163  normal  0.15784 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0396  CobD/CbiB family protein  62.5 
 
 		 312 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0206694  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2962  CobD/CbiB family protein  62.5 
 
 		 329 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2539  CobD/CbiB family protein  62.5 
 
 		 312 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.207097  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0912  CobD/CbiB family protein  62.5 
 
 		 312 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2852  CobD/CbiB family protein  62.5 
 
 		 312 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2912  CobD/CbiB family protein  62.5 
 
 		 329 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0235  CobD/CbiB family protein  62.5 
 
 		 312 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1666  CobD/CbiB family protein  62.18 
 
 		 346 aa  371  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.805294  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0774  CobD/CbiB family protein  61.54 
 
 		 312 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.219768 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4188  CobD/CbiB family protein  59.94 
 
 		 312 aa  361  9e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0950  CobD/CbiB family protein  59.94 
 
 		 312 aa  360  2e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0954  CobD/CbiB family protein  59.94 
 
 		 312 aa  360  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2229  CobD/CbiB family protein  59.94 
 
 		 312 aa  359  3e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0595  CobD/CbiB family protein  59.62 
 
 		 312 aa  358  7e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142416  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1074  CobD/CbiB family protein  59.62 
 
 		 312 aa  358  7e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1033  CobD/CbiB family protein  59.62 
 
 		 312 aa  358  7e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0522  cobalamin biosynthesis protein CbiB  43.87 
 
 		 319 aa  263  3e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1279  cobalamin biosynthesis protein CbiB  44.88 
 
 		 319 aa  261  6.999999999999999e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00447148  normal  0.925435 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3350  cobalamin biosynthesis protein CbiB  43.29 
 
 		 328 aa  250  2e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171722 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1478  cobalamin biosynthesis protein CbiB  42.28 
 
 		 333 aa  249  4e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0686  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  45.05 
 
 		 329 aa  245  6.999999999999999e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.910501 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2698  cobalamin biosynthesis protein CbiB  42.99 
 
 		 328 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1695  hypothetical protein  43.5 
 
 		 342 aa  244  1.9999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.93045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5340  cobalamin biosynthesis protein CbiB  42.22 
 
 		 336 aa  239  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0320  cobalamin biosynthesis protein CbiB  44.2 
 
 		 338 aa  238  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1466  hypothetical protein  44.04 
 
 		 339 aa  233  3e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1109  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  45.43 
 
 		 329 aa  229  4e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1889  hypothetical protein  41.25 
 
 		 334 aa  227  2e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00289969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1994  CobD/CbiB family protein  43.67 
 
 		 303 aa  223  2e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3023  CobD/CbiB family protein  42.42 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.473012  normal  0.958188 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1407  hypothetical protein  41.46 
 
 		 328 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.909593  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  39.05 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2660  CobD/CbiB family protein  40.88 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.95909  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2432  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.19 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0111605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  32.74 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.84 
 
 		 302 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  28.99 
 
 		 331 aa  112  9e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  28.78 
 
 		 302 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  28.71 
 
 		 326 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  29.08 
 
 		 313 aa  106  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  32.89 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  28.52 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  29.55 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  29.62 
 
 		 326 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  30.68 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  30.18 
 
 		 311 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  30.66 
 
 		 302 aa  102  9e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  29.32 
 
 		 307 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  28.2 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  32.55 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  27.11 
 
 		 304 aa  97.1  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.25 
 
 		 300 aa  96.3  6e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  32.16 
 
 		 314 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.52 
 
 		 330 aa  94.7  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  31.51 
 
 		 311 aa  94.4  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  30.59 
 
 		 319 aa  94.7  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  29.96 
 
 		 321 aa  94  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  32.95 
 
 		 314 aa  87.4  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  33.08 
 
 		 326 aa  86.3  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  31.43 
 
 		 312 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  31.43 
 
 		 312 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  31.43 
 
 		 312 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  26.84 
 
 		 301 aa  86.7  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  32.08 
 
 		 312 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  31.79 
 
 		 314 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  31.76 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  31.6 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  31.76 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  28.02 
 
 		 317 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  31.48 
 
 		 313 aa  79.3  0.00000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  31.36 
 
 		 326 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  31.79 
 
 		 310 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  31.79 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  31.79 
 
 		 310 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  31.79 
 
 		 310 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  31.79 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  31.79 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  31.79 
 
 		 310 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1823  cobalamin biosynthesis protein CbiB  24.26 
 
 		 325 aa  69.3  0.00000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  1.8692500000000003e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  28.26 
 
 		 306 aa  68.6  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0638  signaling modulator of AmpD, AmpE  24.22 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0517  cobalamin biosynthesis protein CbiB  27.04 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3433  regulatory protein AmpE  25.28 
 
 		 283 aa  64.3  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.483045  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.32 
 
 		 351 aa  61.2  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004472  adenosylcobinamide-phosphate synthase  23.83 
 
 		 317 aa  61.6  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3419  regulatory protein AmpE  22.68 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535716  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00922  adenosylcobinamide-phosphate synthase  26.82 
 
 		 331 aa  60.5  0.00000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1958  adenosylcobinamide-phosphate synthase  29.11 
 
 		 317 aa  59.7  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  19.78 
 
 		 344 aa  56.2  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3150  adenosylcobinamide-phosphate synthase  29.44 
 
 		 351 aa  56.6  0.0000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000125584  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2566  adenosylcobinamide-phosphate synthase  21.66 
 
 		 317 aa  55.1  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000687479  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0422  regulatory protein AmpE  21.59 
 
 		 283 aa  54.3  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  27.37 
 
 		 322 aa  54.3  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>