94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3433 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3433  regulatory protein AmpE  100 
 
 		 283 aa  570  1.0000000000000001e-162  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.483045  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0317  regulatory protein AmpE  70.21 
 
 		 284 aa  410  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.810004 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0429  regulatory protein AmpE  68.79 
 
 		 283 aa  384  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000942425 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3419  regulatory protein AmpE  60.64 
 
 		 283 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535716  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0417  regulatory protein AmpE  57.45 
 
 		 282 aa  349  3e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3858  regulatory protein AmpE  58.87 
 
 		 283 aa  349  4e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000015429 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0422  regulatory protein AmpE  57.45 
 
 		 283 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3936  regulatory protein AmpE  59.57 
 
 		 283 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.501947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4056  regulatory protein AmpE  59.22 
 
 		 283 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000497634  normal  0.464654 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3915  regulatory protein AmpE  58.87 
 
 		 283 aa  330  1e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.370917  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0424  regulatory protein AmpE  56.74 
 
 		 283 aa  323  3e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0508582  normal  0.052266 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3601  regulatory protein AmpE  56.54 
 
 		 283 aa  322  3e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3779  regulatory protein AmpE  54.96 
 
 		 283 aa  322  4e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0426  regulatory protein AmpE  55.83 
 
 		 283 aa  321  9.000000000000001e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0373  regulatory protein AmpE  52.8 
 
 		 286 aa  300  2e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490103  hitchhiker  0.0000919241 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3385  regulatory protein AmpE  46.63 
 
 		 327 aa  254  8e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3348  regulatory protein AmpE  28.62 
 
 		 270 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03227  regulatory protein AmpE  30.71 
 
 		 289 aa  119  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0544057  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0631  regulatory protein AmpE  32.31 
 
 		 284 aa  98.6  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4810  regulatory protein AmpE  26.53 
 
 		 311 aa  95.5  9e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3571  regulatory protein AmpE  29.45 
 
 		 284 aa  90.9  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0780  regulatory protein AmpE  27.15 
 
 		 284 aa  88.6  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.29134 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0655  regulatory protein AmpE  25.42 
 
 		 284 aa  87  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0161  regulatory protein AmpE  25.42 
 
 		 284 aa  85.5  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.667372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0160  regulatory protein AmpE  25.42 
 
 		 284 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0164  regulatory protein AmpE  25.42 
 
 		 284 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.320883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0159  regulatory protein AmpE  25.42 
 
 		 284 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0167  regulatory protein AmpE  25.08 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.762774  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3757  regulatory protein AmpE  30.93 
 
 		 284 aa  80.9  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.118765  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1038  regulatory protein AmpE  26.8 
 
 		 284 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.363864 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3367  regulatory protein AmpE  26.8 
 
 		 284 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.470719  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3495  regulatory protein AmpE  26.8 
 
 		 284 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0117  regulatory protein AmpE  26.69 
 
 		 284 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0149146  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00110  predicted inner membrane protein  26.35 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0643086  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0115  regulatory protein AmpE  26.35 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000121424  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0113  regulatory protein AmpE  26.35 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000149419  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3548  regulatory protein AmpE  26.35 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782358  hitchhiker  0.00499322 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00109  hypothetical protein  26.35 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.147668  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3491  signaling modulator of AmpD, AmpE  26.35 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0114  regulatory protein AmpE  26.35 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.363052 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0104  regulatory protein AmpE  26.35 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.325186  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0670  regulatory protein AmpE  29.18 
 
 		 284 aa  76.3  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1033  CobD/CbiB family protein  25.82 
 
 		 312 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1074  CobD/CbiB family protein  25.82 
 
 		 312 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0595  CobD/CbiB family protein  25.82 
 
 		 312 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142416  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2229  CobD/CbiB family protein  25.82 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0774  CobD/CbiB family protein  27.54 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.219768 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0954  CobD/CbiB family protein  25.41 
 
 		 312 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1011  CobD/CbiB family protein  27 
 
 		 312 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322198  normal  0.895923 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0950  CobD/CbiB family protein  25.41 
 
 		 312 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4188  CobD/CbiB family protein  24.59 
 
 		 312 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2962  CobD/CbiB family protein  26.23 
 
 		 329 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2539  CobD/CbiB family protein  26.23 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.207097  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0396  CobD/CbiB family protein  26.23 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0206694  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0912  CobD/CbiB family protein  26.23 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2852  CobD/CbiB family protein  26.23 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0235  CobD/CbiB family protein  26.23 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2912  CobD/CbiB family protein  26.23 
 
 		 329 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2578  CobD/CbiB family protein  23.68 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0903  CobD/CbiB family protein  23.19 
 
 		 331 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1666  CobD/CbiB family protein  25.41 
 
 		 346 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.805294  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2972  CobD/CbiB family protein  26.58 
 
 		 312 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.402163  normal  0.15784 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1109  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  24.82 
 
 		 329 aa  56.6  0.0000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0880  CobD/CbiB family protein  30.56 
 
 		 313 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.910898 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0809  CobD/CbiB family protein  30.56 
 
 		 313 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.37142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0522  cobalamin biosynthesis protein CbiB  23.74 
 
 		 319 aa  55.1  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0951  ampE protein  27.15 
 
 		 278 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0788  AmpE  26.26 
 
 		 277 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689986  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4404  signaling modulator of AmpD, AmpE  25.36 
 
 		 276 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0638  signaling modulator of AmpD, AmpE  29.22 
 
 		 296 aa  50.8  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1889  hypothetical protein  24.29 
 
 		 334 aa  50.4  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00289969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0781  signaling modulator of AmpD, AmpE  25.79 
 
 		 277 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0568  hypothetical protein  31.48 
 
 		 258 aa  48.5  0.0001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000159703  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0813  signaling modulator of AmpD, AmpE  26.19 
 
 		 276 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.17689 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1615  beta-lactamase induction protein  31.48 
 
 		 258 aa  48.5  0.0001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0562539  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0790  signaling modulator of AmpD, AmpE  26.19 
 
 		 276 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0824  signaling modulator of AmpD, AmpE  26.05 
 
 		 276 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0686  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  25.91 
 
 		 329 aa  47.4  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.910501 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0320  cobalamin biosynthesis protein CbiB  23.48 
 
 		 338 aa  47.4  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0818  ampE protein  26.32 
 
 		 278 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.927721  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  23.77 
 
 		 305 aa  47  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1994  CobD/CbiB family protein  24.43 
 
 		 303 aa  46.6  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1279  cobalamin biosynthesis protein CbiB  20.68 
 
 		 319 aa  46.6  0.0005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00447148  normal  0.925435 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0938  CobD/CbiB family protein  33.73 
 
 		 324 aa  45.8  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0164662 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3350  cobalamin biosynthesis protein CbiB  24.7 
 
 		 328 aa  45.4  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0877  signaling modulator of AmpD, AmpE  22.89 
 
 		 281 aa  44.3  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0027178  normal  0.0245194 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1478  cobalamin biosynthesis protein CbiB  33.33 
 
 		 333 aa  44.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  34.48 
 
 		 319 aa  45.1  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1407  hypothetical protein  22.45 
 
 		 328 aa  43.9  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.909593  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1466  hypothetical protein  33.8 
 
 		 339 aa  43.5  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3023  CobD/CbiB family protein  25.7 
 
 		 307 aa  43.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.473012  normal  0.958188 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2698  cobalamin biosynthesis protein CbiB  35.62 
 
 		 328 aa  43.1  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  54.05 
 
 		 317 aa  42.4  0.008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2660  CobD/CbiB family protein  20.83 
 
 		 307 aa  42.4  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.95909  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>