114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03227 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03227  regulatory protein AmpE  100 
 
 		 289 aa  593  1e-169  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0544057  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3348  regulatory protein AmpE  40.14 
 
 		 270 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4810  regulatory protein AmpE  31.49 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3433  regulatory protein AmpE  31.16 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.483045  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0417  regulatory protein AmpE  30.8 
 
 		 282 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3419  regulatory protein AmpE  32.42 
 
 		 283 aa  125  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535716  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3779  regulatory protein AmpE  31.74 
 
 		 283 aa  125  9e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0317  regulatory protein AmpE  31.53 
 
 		 284 aa  119  7e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.810004 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0426  regulatory protein AmpE  31.4 
 
 		 283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3601  regulatory protein AmpE  31.74 
 
 		 283 aa  116  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0373  regulatory protein AmpE  31.03 
 
 		 286 aa  116  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490103  hitchhiker  0.0000919241 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3858  regulatory protein AmpE  30.48 
 
 		 283 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000015429 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0424  regulatory protein AmpE  31.4 
 
 		 283 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0508582  normal  0.052266 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0429  regulatory protein AmpE  32.23 
 
 		 283 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000942425 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0422  regulatory protein AmpE  30.27 
 
 		 283 aa  110  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3936  regulatory protein AmpE  31.06 
 
 		 283 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.501947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4056  regulatory protein AmpE  30.82 
 
 		 283 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000497634  normal  0.464654 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3915  regulatory protein AmpE  30.82 
 
 		 283 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.370917  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0780  regulatory protein AmpE  26.94 
 
 		 284 aa  95.1  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.29134 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3367  regulatory protein AmpE  25.57 
 
 		 284 aa  94.7  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.470719  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1038  regulatory protein AmpE  25.57 
 
 		 284 aa  94.7  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.363864 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3495  regulatory protein AmpE  25.57 
 
 		 284 aa  94.7  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0631  regulatory protein AmpE  28.52 
 
 		 284 aa  93.6  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3571  regulatory protein AmpE  27.21 
 
 		 284 aa  85.1  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0670  regulatory protein AmpE  27.36 
 
 		 284 aa  84  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0655  regulatory protein AmpE  25.5 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3757  regulatory protein AmpE  29.95 
 
 		 284 aa  79.7  0.00000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.118765  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3385  regulatory protein AmpE  26.1 
 
 		 327 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0160  regulatory protein AmpE  26.54 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0164  regulatory protein AmpE  26.54 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.320883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0159  regulatory protein AmpE  26.54 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0161  regulatory protein AmpE  26.54 
 
 		 284 aa  75.9  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.667372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0167  regulatory protein AmpE  26.07 
 
 		 284 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.762774  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00110  predicted inner membrane protein  24.75 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0643086  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3491  signaling modulator of AmpD, AmpE  24.75 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00109  hypothetical protein  24.75 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.147668  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0115  regulatory protein AmpE  24.75 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000121424  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0113  regulatory protein AmpE  24.75 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000149419  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3548  regulatory protein AmpE  24.75 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782358  hitchhiker  0.00499322 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0117  regulatory protein AmpE  24.75 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0149146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0104  regulatory protein AmpE  24.75 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.325186  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0114  regulatory protein AmpE  24.41 
 
 		 284 aa  72.4  0.000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.363052 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  30.6 
 
 		 302 aa  59.7  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.11 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  22.84 
 
 		 302 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  23.85 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  25 
 
 		 331 aa  55.1  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0788  AmpE  26.97 
 
 		 277 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689986  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4188  CobD/CbiB family protein  24.21 
 
 		 312 aa  55.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0950  CobD/CbiB family protein  24.6 
 
 		 312 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0954  CobD/CbiB family protein  24.6 
 
 		 312 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164316  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0396  CobD/CbiB family protein  22.63 
 
 		 312 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0206694  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  24.37 
 
 		 326 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2962  CobD/CbiB family protein  22.63 
 
 		 329 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2539  CobD/CbiB family protein  22.63 
 
 		 312 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.207097  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0912  CobD/CbiB family protein  22.63 
 
 		 312 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2852  CobD/CbiB family protein  22.63 
 
 		 312 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2912  CobD/CbiB family protein  22.63 
 
 		 329 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0235  CobD/CbiB family protein  22.63 
 
 		 312 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  23.35 
 
 		 302 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  23.35 
 
 		 302 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1666  CobD/CbiB family protein  23.05 
 
 		 346 aa  53.1  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.805294  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0595  CobD/CbiB family protein  23.81 
 
 		 312 aa  53.1  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142416  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1074  CobD/CbiB family protein  23.81 
 
 		 312 aa  53.1  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.54 
 
 		 300 aa  53.1  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1033  CobD/CbiB family protein  23.81 
 
 		 312 aa  53.1  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  22.84 
 
 		 307 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0951  ampE protein  23.22 
 
 		 278 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2229  CobD/CbiB family protein  23.81 
 
 		 312 aa  52.8  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1011  CobD/CbiB family protein  23.05 
 
 		 312 aa  51.6  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322198  normal  0.895923 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0774  CobD/CbiB family protein  22.22 
 
 		 312 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.219768 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0781  signaling modulator of AmpD, AmpE  30.64 
 
 		 277 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0818  ampE protein  23.94 
 
 		 278 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.927721  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  25.97 
 
 		 313 aa  49.7  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  22.34 
 
 		 302 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1695  hypothetical protein  23.86 
 
 		 342 aa  49.3  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.93045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  26.14 
 
 		 302 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  23.77 
 
 		 301 aa  47.8  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2972  CobD/CbiB family protein  29.55 
 
 		 312 aa  47.8  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.402163  normal  0.15784 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  26.45 
 
 		 312 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  29.73 
 
 		 312 aa  47.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  26.45 
 
 		 312 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  26.45 
 
 		 312 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  34.52 
 
 		 326 aa  47.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  34.15 
 
 		 314 aa  47  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  23.71 
 
 		 314 aa  46.6  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0638  signaling modulator of AmpD, AmpE  25.45 
 
 		 296 aa  46.2  0.0006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1109  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  23.94 
 
 		 329 aa  46.2  0.0006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5340  cobalamin biosynthesis protein CbiB  24.71 
 
 		 336 aa  45.8  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  32.93 
 
 		 314 aa  45.8  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  23.21 
 
 		 326 aa  45.4  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1520  hypothetical protein  26.58 
 
 		 250 aa  44.3  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  25.76 
 
 		 310 aa  44.3  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  26.14 
 
 		 306 aa  44.7  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5138  hypothetical protein  30.83 
 
 		 278 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0824  signaling modulator of AmpD, AmpE  27.59 
 
 		 276 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4404  signaling modulator of AmpD, AmpE  25.73 
 
 		 276 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1463  hypothetical protein  27.62 
 
 		 250 aa  43.9  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  32.14 
 
 		 312 aa  43.9  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12130  Inner membrane protein  25.16 
 
 		 280 aa  43.9  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.567702  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>