51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3491 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_3491  signaling modulator of AmpD, AmpE  100 
 
 		 284 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00109  hypothetical protein  100 
 
 		 284 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.147668  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0117  regulatory protein AmpE  99.65 
 
 		 284 aa  570  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0149146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0115  regulatory protein AmpE  100 
 
 		 284 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000121424  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0113  regulatory protein AmpE  100 
 
 		 284 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000149419  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00110  predicted inner membrane protein  100 
 
 		 284 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0643086  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3548  regulatory protein AmpE  100 
 
 		 284 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782358  hitchhiker  0.00499322 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0114  regulatory protein AmpE  99.3 
 
 		 284 aa  570  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.363052 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0104  regulatory protein AmpE  98.94 
 
 		 284 aa  567  1e-161  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.325186  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0160  regulatory protein AmpE  84.86 
 
 		 284 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0161  regulatory protein AmpE  84.51 
 
 		 284 aa  482  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.667372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0164  regulatory protein AmpE  84.86 
 
 		 284 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.320883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0167  regulatory protein AmpE  84.51 
 
 		 284 aa  481  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.762774  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0159  regulatory protein AmpE  84.86 
 
 		 284 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0655  regulatory protein AmpE  80.28 
 
 		 284 aa  480  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3495  regulatory protein AmpE  64.44 
 
 		 284 aa  365  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1038  regulatory protein AmpE  64.44 
 
 		 284 aa  365  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.363864 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3367  regulatory protein AmpE  64.44 
 
 		 284 aa  365  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.470719  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0780  regulatory protein AmpE  65.85 
 
 		 284 aa  363  1e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.29134 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3571  regulatory protein AmpE  65.49 
 
 		 284 aa  362  4e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3757  regulatory protein AmpE  64.47 
 
 		 284 aa  338  4e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.118765  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0631  regulatory protein AmpE  60.56 
 
 		 284 aa  325  4.0000000000000003e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0670  regulatory protein AmpE  63.03 
 
 		 284 aa  310  2e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0317  regulatory protein AmpE  28.14 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.810004 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0417  regulatory protein AmpE  27.24 
 
 		 282 aa  103  4e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3419  regulatory protein AmpE  27.99 
 
 		 283 aa  102  9e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535716  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0422  regulatory protein AmpE  28.81 
 
 		 283 aa  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3348  regulatory protein AmpE  27.49 
 
 		 270 aa  97.4  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0373  regulatory protein AmpE  27 
 
 		 286 aa  95.9  7e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490103  hitchhiker  0.0000919241 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0424  regulatory protein AmpE  27.12 
 
 		 283 aa  95.5  9e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0508582  normal  0.052266 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0426  regulatory protein AmpE  27.12 
 
 		 283 aa  93.6  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3779  regulatory protein AmpE  26.46 
 
 		 283 aa  93.2  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3601  regulatory protein AmpE  26.42 
 
 		 283 aa  93.2  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3858  regulatory protein AmpE  27.7 
 
 		 283 aa  92.4  7e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000015429 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3936  regulatory protein AmpE  26.69 
 
 		 283 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.501947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4056  regulatory protein AmpE  26.69 
 
 		 283 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000497634  normal  0.464654 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3915  regulatory protein AmpE  27.03 
 
 		 283 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.370917  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3433  regulatory protein AmpE  26.35 
 
 		 283 aa  87.8  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.483045  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0429  regulatory protein AmpE  28.68 
 
 		 283 aa  85.5  9e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000942425 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4810  regulatory protein AmpE  27.15 
 
 		 311 aa  79  0.00000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03227  regulatory protein AmpE  25.11 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0544057  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3385  regulatory protein AmpE  25.53 
 
 		 327 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2578  CobD/CbiB family protein  25 
 
 		 326 aa  53.1  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0638  signaling modulator of AmpD, AmpE  25.94 
 
 		 296 aa  51.6  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  32.09 
 
 		 326 aa  51.2  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  28.57 
 
 		 331 aa  48.9  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0903  CobD/CbiB family protein  23.71 
 
 		 331 aa  47  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0788  AmpE  27.27 
 
 		 277 aa  45.1  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689986  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12130  Inner membrane protein  27.07 
 
 		 280 aa  42.7  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.567702  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0818  ampE protein  30.82 
 
 		 278 aa  42.4  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.927721  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  41.56 
 
 		 326 aa  42.4  0.01  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>