59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3571 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3571  regulatory protein AmpE  100 
 
 		 284 aa  568  1e-161  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3757  regulatory protein AmpE  95.26 
 
 		 284 aa  504  9.999999999999999e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.118765  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0631  regulatory protein AmpE  75.35 
 
 		 284 aa  412  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0780  regulatory protein AmpE  71.83 
 
 		 284 aa  408  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.29134 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0670  regulatory protein AmpE  75.35 
 
 		 284 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3495  regulatory protein AmpE  69.72 
 
 		 284 aa  391  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1038  regulatory protein AmpE  69.72 
 
 		 284 aa  391  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.363864 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3367  regulatory protein AmpE  69.72 
 
 		 284 aa  391  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.470719  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0117  regulatory protein AmpE  65.85 
 
 		 284 aa  368  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0149146  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3491  signaling modulator of AmpD, AmpE  65.49 
 
 		 284 aa  366  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3548  regulatory protein AmpE  65.49 
 
 		 284 aa  366  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782358  hitchhiker  0.00499322 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00110  predicted inner membrane protein  65.49 
 
 		 284 aa  366  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0643086  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0113  regulatory protein AmpE  65.49 
 
 		 284 aa  366  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000149419  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0115  regulatory protein AmpE  65.49 
 
 		 284 aa  366  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000121424  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0114  regulatory protein AmpE  65.49 
 
 		 284 aa  365  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.363052 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00109  hypothetical protein  65.49 
 
 		 284 aa  366  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.147668  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0655  regulatory protein AmpE  61.97 
 
 		 284 aa  364  1e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0104  regulatory protein AmpE  65.14 
 
 		 284 aa  362  3e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.325186  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0167  regulatory protein AmpE  63.03 
 
 		 284 aa  358  7e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.762774  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0160  regulatory protein AmpE  62.68 
 
 		 284 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0159  regulatory protein AmpE  62.68 
 
 		 284 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0164  regulatory protein AmpE  62.68 
 
 		 284 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.320883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0161  regulatory protein AmpE  62.68 
 
 		 284 aa  355  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.667372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0417  regulatory protein AmpE  32.19 
 
 		 282 aa  125  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0317  regulatory protein AmpE  31.29 
 
 		 284 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.810004 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0426  regulatory protein AmpE  30.51 
 
 		 283 aa  112  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0373  regulatory protein AmpE  31.27 
 
 		 286 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490103  hitchhiker  0.0000919241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3601  regulatory protein AmpE  30.17 
 
 		 283 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0424  regulatory protein AmpE  29.9 
 
 		 283 aa  109  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0508582  normal  0.052266 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3419  regulatory protein AmpE  31.19 
 
 		 283 aa  109  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535716  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0422  regulatory protein AmpE  29.55 
 
 		 283 aa  107  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3858  regulatory protein AmpE  30.82 
 
 		 283 aa  105  7e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000015429 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3936  regulatory protein AmpE  29.93 
 
 		 283 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.501947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4056  regulatory protein AmpE  29.9 
 
 		 283 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000497634  normal  0.464654 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3915  regulatory protein AmpE  29.9 
 
 		 283 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.370917  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0429  regulatory protein AmpE  30.94 
 
 		 283 aa  101  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000942425 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3433  regulatory protein AmpE  29.45 
 
 		 283 aa  101  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.483045  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3348  regulatory protein AmpE  29.45 
 
 		 270 aa  99  8e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3779  regulatory protein AmpE  28.28 
 
 		 283 aa  97.1  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03227  regulatory protein AmpE  30.7 
 
 		 289 aa  91.3  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0544057  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4810  regulatory protein AmpE  27.56 
 
 		 311 aa  90.1  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3385  regulatory protein AmpE  24.6 
 
 		 327 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12130  Inner membrane protein  30.2 
 
 		 280 aa  58.5  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.567702  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0638  signaling modulator of AmpD, AmpE  27.31 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3699  signaling modulator of AmpD, AmpE  29.32 
 
 		 295 aa  55.1  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0788  AmpE  25.83 
 
 		 277 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689986  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0818  ampE protein  26.11 
 
 		 278 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.927721  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.17 
 
 		 300 aa  44.3  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0824  signaling modulator of AmpD, AmpE  24.67 
 
 		 276 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0781  signaling modulator of AmpD, AmpE  27.52 
 
 		 277 aa  43.9  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  28.93 
 
 		 331 aa  44.3  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1109  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  27.37 
 
 		 329 aa  43.5  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1463  hypothetical protein  25.45 
 
 		 250 aa  43.5  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0813  signaling modulator of AmpD, AmpE  24.67 
 
 		 276 aa  43.5  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.17689 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  28.57 
 
 		 326 aa  43.1  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0951  ampE protein  24.84 
 
 		 278 aa  43.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1520  hypothetical protein  22.9 
 
 		 250 aa  42.7  0.007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0790  signaling modulator of AmpD, AmpE  24.67 
 
 		 276 aa  42.7  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  28.99 
 
 		 302 aa  42.4  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>