53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0159 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A0159  regulatory protein AmpE  100 
 
 		 284 aa  575  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0167  regulatory protein AmpE  99.65 
 
 		 284 aa  573  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.762774  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0164  regulatory protein AmpE  100 
 
 		 284 aa  575  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.320883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0160  regulatory protein AmpE  100 
 
 		 284 aa  575  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0161  regulatory protein AmpE  99.65 
 
 		 284 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.667372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0655  regulatory protein AmpE  83.45 
 
 		 284 aa  492  9.999999999999999e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3491  signaling modulator of AmpD, AmpE  84.86 
 
 		 284 aa  483  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00109  hypothetical protein  84.86 
 
 		 284 aa  483  1e-135  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.147668  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0117  regulatory protein AmpE  84.51 
 
 		 284 aa  480  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0149146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3548  regulatory protein AmpE  84.86 
 
 		 284 aa  483  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782358  hitchhiker  0.00499322 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0113  regulatory protein AmpE  84.86 
 
 		 284 aa  483  1e-135  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000149419  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0115  regulatory protein AmpE  84.86 
 
 		 284 aa  483  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000121424  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00110  predicted inner membrane protein  84.86 
 
 		 284 aa  483  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0643086  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0104  regulatory protein AmpE  84.51 
 
 		 284 aa  479  1e-134  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.325186  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0114  regulatory protein AmpE  84.15 
 
 		 284 aa  480  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.363052 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0780  regulatory protein AmpE  66.2 
 
 		 284 aa  373  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.29134 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3495  regulatory protein AmpE  63.03 
 
 		 284 aa  365  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1038  regulatory protein AmpE  63.03 
 
 		 284 aa  365  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.363864 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3367  regulatory protein AmpE  63.03 
 
 		 284 aa  365  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.470719  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3571  regulatory protein AmpE  62.68 
 
 		 284 aa  347  1e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0631  regulatory protein AmpE  60.92 
 
 		 284 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3757  regulatory protein AmpE  62.5 
 
 		 284 aa  335  5.999999999999999e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.118765  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0670  regulatory protein AmpE  63.38 
 
 		 284 aa  323  2e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0317  regulatory protein AmpE  27.99 
 
 		 284 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.810004 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0417  regulatory protein AmpE  27.59 
 
 		 282 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3419  regulatory protein AmpE  29.35 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535716  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0422  regulatory protein AmpE  28.67 
 
 		 283 aa  106  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0426  regulatory protein AmpE  27.36 
 
 		 283 aa  105  6e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3858  regulatory protein AmpE  28.52 
 
 		 283 aa  105  8e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000015429 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0424  regulatory protein AmpE  26.87 
 
 		 283 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0508582  normal  0.052266 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3601  regulatory protein AmpE  27.03 
 
 		 283 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3348  regulatory protein AmpE  27.93 
 
 		 270 aa  103  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0373  regulatory protein AmpE  27.12 
 
 		 286 aa  102  9e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490103  hitchhiker  0.0000919241 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3936  regulatory protein AmpE  26.46 
 
 		 283 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.501947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4056  regulatory protein AmpE  26.46 
 
 		 283 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000497634  normal  0.464654 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0429  regulatory protein AmpE  29 
 
 		 283 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000942425 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3915  regulatory protein AmpE  26.46 
 
 		 283 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.370917  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3779  regulatory protein AmpE  24.65 
 
 		 283 aa  98.6  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3433  regulatory protein AmpE  25.76 
 
 		 283 aa  94  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.483045  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4810  regulatory protein AmpE  26.77 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03227  regulatory protein AmpE  26.42 
 
 		 289 aa  76.6  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0544057  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3385  regulatory protein AmpE  26.45 
 
 		 327 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0638  signaling modulator of AmpD, AmpE  26.45 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0903  CobD/CbiB family protein  27.23 
 
 		 331 aa  52.8  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2578  CobD/CbiB family protein  25.42 
 
 		 326 aa  51.2  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  29.06 
 
 		 331 aa  47.8  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0818  ampE protein  29.27 
 
 		 278 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.927721  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12130  Inner membrane protein  26.67 
 
 		 280 aa  45.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.567702  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  32.43 
 
 		 305 aa  44.3  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4188  CobD/CbiB family protein  26.61 
 
 		 312 aa  43.1  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  30.19 
 
 		 326 aa  42.7  0.008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0951  ampE protein  27.35 
 
 		 278 aa  42.4  0.009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0790  signaling modulator of AmpD, AmpE  24.16 
 
 		 276 aa  42.4  0.01  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>