73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3385 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3385  regulatory protein AmpE  100 
 
 		 327 aa  663    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3779  regulatory protein AmpE  56.88 
 
 		 283 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3858  regulatory protein AmpE  53.66 
 
 		 283 aa  335  7e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000015429 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3419  regulatory protein AmpE  50.76 
 
 		 283 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535716  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0422  regulatory protein AmpE  50.46 
 
 		 283 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4056  regulatory protein AmpE  52.58 
 
 		 283 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000497634  normal  0.464654 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3936  regulatory protein AmpE  52.58 
 
 		 283 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.501947  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3915  regulatory protein AmpE  52.28 
 
 		 283 aa  316  4e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.370917  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0424  regulatory protein AmpE  50.61 
 
 		 283 aa  312  3.9999999999999997e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0508582  normal  0.052266 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0426  regulatory protein AmpE  50.91 
 
 		 283 aa  311  1e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3601  regulatory protein AmpE  50.3 
 
 		 283 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0373  regulatory protein AmpE  46.36 
 
 		 286 aa  294  1e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490103  hitchhiker  0.0000919241 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0417  regulatory protein AmpE  48.32 
 
 		 282 aa  289  6e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0317  regulatory protein AmpE  45.26 
 
 		 284 aa  285  7e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.810004 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0429  regulatory protein AmpE  49.24 
 
 		 283 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000942425 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3433  regulatory protein AmpE  46.63 
 
 		 283 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.483045  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3348  regulatory protein AmpE  29.13 
 
 		 270 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4810  regulatory protein AmpE  26.81 
 
 		 311 aa  107  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03227  regulatory protein AmpE  26.33 
 
 		 289 aa  95.9  7e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0544057  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0780  regulatory protein AmpE  26.97 
 
 		 284 aa  83.6  0.000000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.29134 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0655  regulatory protein AmpE  23.95 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3571  regulatory protein AmpE  26.59 
 
 		 284 aa  83.6  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1038  regulatory protein AmpE  25.61 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.363864 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3495  regulatory protein AmpE  25.61 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0160  regulatory protein AmpE  24.92 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0164  regulatory protein AmpE  24.92 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.320883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3367  regulatory protein AmpE  25.61 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.470719  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0159  regulatory protein AmpE  24.92 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0161  regulatory protein AmpE  24.92 
 
 		 284 aa  77.4  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.667372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0631  regulatory protein AmpE  26.91 
 
 		 284 aa  76.6  0.0000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0167  regulatory protein AmpE  24.62 
 
 		 284 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.762774  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3757  regulatory protein AmpE  26.26 
 
 		 284 aa  75.5  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.118765  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0104  regulatory protein AmpE  24.01 
 
 		 284 aa  71.6  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.325186  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00110  predicted inner membrane protein  24.01 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0643086  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0115  regulatory protein AmpE  24.01 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000121424  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0113  regulatory protein AmpE  24.01 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000149419  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0114  regulatory protein AmpE  24.01 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.363052 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3491  signaling modulator of AmpD, AmpE  24.01 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00109  hypothetical protein  24.01 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.147668  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3548  regulatory protein AmpE  24.01 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782358  hitchhiker  0.00499322 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0117  regulatory protein AmpE  23.71 
 
 		 284 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0149146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0638  signaling modulator of AmpD, AmpE  25.97 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0774  CobD/CbiB family protein  25.66 
 
 		 312 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.219768 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1011  CobD/CbiB family protein  23.89 
 
 		 312 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322198  normal  0.895923 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0670  regulatory protein AmpE  25.38 
 
 		 284 aa  54.3  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2962  CobD/CbiB family protein  24.44 
 
 		 329 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0396  CobD/CbiB family protein  24.44 
 
 		 312 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0206694  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2539  CobD/CbiB family protein  24.44 
 
 		 312 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.207097  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0912  CobD/CbiB family protein  24.44 
 
 		 312 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2852  CobD/CbiB family protein  24.44 
 
 		 312 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2912  CobD/CbiB family protein  24.44 
 
 		 329 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0235  CobD/CbiB family protein  24.44 
 
 		 312 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0522  cobalamin biosynthesis protein CbiB  22.19 
 
 		 319 aa  52.8  0.000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2972  CobD/CbiB family protein  22.78 
 
 		 312 aa  52.8  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.402163  normal  0.15784 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1666  CobD/CbiB family protein  23.87 
 
 		 346 aa  51.6  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.805294  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0954  CobD/CbiB family protein  24.12 
 
 		 312 aa  50.8  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0686  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  24.01 
 
 		 329 aa  50.8  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.910501 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0950  CobD/CbiB family protein  24.12 
 
 		 312 aa  50.8  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4188  CobD/CbiB family protein  22.01 
 
 		 312 aa  50.4  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2578  CobD/CbiB family protein  22.82 
 
 		 326 aa  50.1  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1033  CobD/CbiB family protein  24.84 
 
 		 312 aa  49.7  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1074  CobD/CbiB family protein  24.84 
 
 		 312 aa  49.7  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0595  CobD/CbiB family protein  24.84 
 
 		 312 aa  49.7  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142416  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0903  CobD/CbiB family protein  22.41 
 
 		 331 aa  48.9  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2229  CobD/CbiB family protein  24.19 
 
 		 312 aa  48.5  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3350  cobalamin biosynthesis protein CbiB  23.96 
 
 		 328 aa  47.4  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171722 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1109  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  25.81 
 
 		 329 aa  47  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1520  hypothetical protein  23.11 
 
 		 250 aa  46.6  0.0006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1463  hypothetical protein  23.9 
 
 		 250 aa  45.8  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1478  cobalamin biosynthesis protein CbiB  24.01 
 
 		 333 aa  44.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1279  cobalamin biosynthesis protein CbiB  21.54 
 
 		 319 aa  45.1  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00447148  normal  0.925435 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0938  CobD/CbiB family protein  20.73 
 
 		 324 aa  44.3  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0164662 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2698  cobalamin biosynthesis protein CbiB  23.68 
 
 		 328 aa  43.5  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>