190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1478 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1478  cobalamin biosynthesis protein CbiB  100 
 
 		 333 aa  662    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3350  cobalamin biosynthesis protein CbiB  67.75 
 
 		 328 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171722 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2698  cobalamin biosynthesis protein CbiB  67.46 
 
 		 328 aa  427  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1889  hypothetical protein  66.46 
 
 		 334 aa  410  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00289969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0320  cobalamin biosynthesis protein CbiB  65.85 
 
 		 338 aa  406  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1695  hypothetical protein  63.25 
 
 		 342 aa  397  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.93045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5340  cobalamin biosynthesis protein CbiB  64.09 
 
 		 336 aa  393  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1466  hypothetical protein  63.22 
 
 		 339 aa  387  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1407  hypothetical protein  60 
 
 		 328 aa  379  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.909593  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1109  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  55 
 
 		 329 aa  330  1e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0686  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  52.83 
 
 		 329 aa  308  8e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.910501 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1011  CobD/CbiB family protein  46.67 
 
 		 312 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322198  normal  0.895923 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2972  CobD/CbiB family protein  46.67 
 
 		 312 aa  275  8e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.402163  normal  0.15784 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1666  CobD/CbiB family protein  47.27 
 
 		 346 aa  272  6e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.805294  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2962  CobD/CbiB family protein  46.36 
 
 		 329 aa  269  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2912  CobD/CbiB family protein  46.36 
 
 		 329 aa  269  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0396  CobD/CbiB family protein  46.36 
 
 		 312 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0206694  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2539  CobD/CbiB family protein  46.36 
 
 		 312 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.207097  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0912  CobD/CbiB family protein  46.36 
 
 		 312 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2852  CobD/CbiB family protein  46.36 
 
 		 312 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0235  CobD/CbiB family protein  46.36 
 
 		 312 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0774  CobD/CbiB family protein  45.43 
 
 		 312 aa  267  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.219768 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1033  CobD/CbiB family protein  45.74 
 
 		 312 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0595  CobD/CbiB family protein  45.74 
 
 		 312 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142416  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1074  CobD/CbiB family protein  45.74 
 
 		 312 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4188  CobD/CbiB family protein  46.06 
 
 		 312 aa  263  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2229  CobD/CbiB family protein  45.11 
 
 		 312 aa  261  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0954  CobD/CbiB family protein  45.43 
 
 		 312 aa  259  4e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0950  CobD/CbiB family protein  45.43 
 
 		 312 aa  259  4e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2578  CobD/CbiB family protein  41.35 
 
 		 326 aa  251  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0880  CobD/CbiB family protein  42.86 
 
 		 313 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.910898 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0809  CobD/CbiB family protein  42.86 
 
 		 313 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.37142  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0938  CobD/CbiB family protein  43.24 
 
 		 324 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0164662 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0903  CobD/CbiB family protein  42.07 
 
 		 331 aa  239  6.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0522  cobalamin biosynthesis protein CbiB  35.88 
 
 		 319 aa  203  3e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1279  cobalamin biosynthesis protein CbiB  34.71 
 
 		 319 aa  193  4e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00447148  normal  0.925435 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3023  CobD/CbiB family protein  37.54 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.473012  normal  0.958188 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  34.95 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1994  CobD/CbiB family protein  35.87 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2660  CobD/CbiB family protein  32.8 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.95909  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2432  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.44 
 
 		 304 aa  135  8e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0111605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  30.53 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  28.96 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  29.33 
 
 		 301 aa  99  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.33 
 
 		 300 aa  99  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  30.81 
 
 		 312 aa  95.9  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  30.81 
 
 		 312 aa  95.9  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  30.81 
 
 		 312 aa  95.9  8e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  29.25 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  33.69 
 
 		 310 aa  94.4  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  31.36 
 
 		 302 aa  93.2  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  30.92 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.84 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  29.22 
 
 		 326 aa  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  30.52 
 
 		 321 aa  91.3  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  30.49 
 
 		 331 aa  90.9  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  28.22 
 
 		 302 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  28.57 
 
 		 302 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  28.77 
 
 		 326 aa  90.1  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  30.3 
 
 		 302 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  30.37 
 
 		 317 aa  89.4  8e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  29.75 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  30.58 
 
 		 302 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  30.48 
 
 		 312 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  30.48 
 
 		 314 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  31.11 
 
 		 314 aa  86.7  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  30.91 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  32.66 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  28.93 
 
 		 311 aa  84  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  28.65 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  30.89 
 
 		 312 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  30.49 
 
 		 312 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  30.29 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  27.96 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  30 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  30 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  30 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  30 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  30 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  30 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  30 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  29.13 
 
 		 326 aa  73.6  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.51 
 
 		 330 aa  70.1  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  30.23 
 
 		 326 aa  70.1  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25.51 
 
 		 306 aa  67.4  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  28.65 
 
 		 313 aa  67  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  27.82 
 
 		 324 aa  63.9  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  28.5 
 
 		 325 aa  63.5  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  30.35 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  28.89 
 
 		 332 aa  60.1  0.00000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0561  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.81 
 
 		 318 aa  59.3  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0517  cobalamin biosynthesis protein CbiB  25.62 
 
 		 298 aa  58.5  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  29.21 
 
 		 333 aa  58.9  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3348  regulatory protein AmpE  28.02 
 
 		 270 aa  58.2  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.49 
 
 		 315 aa  57.4  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1068  cobalamin biosynthesis protein  27.31 
 
 		 321 aa  57.4  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.882793  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2885  adenosylcobinamide-phosphate synthase  28.49 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1119  cobalamin biosynthesis protein  27.88 
 
 		 317 aa  56.2  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.26 
 
 		 351 aa  55.8  0.0000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.09 
 
 		 308 aa  55.8  0.0000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>