194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0938 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0938  CobD/CbiB family protein  100 
 
 		 324 aa  647    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0164662 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0880  CobD/CbiB family protein  89.78 
 
 		 313 aa  524  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.910898 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0809  CobD/CbiB family protein  89.78 
 
 		 313 aa  524  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.37142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2578  CobD/CbiB family protein  69.94 
 
 		 326 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0903  CobD/CbiB family protein  67.3 
 
 		 331 aa  411  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1011  CobD/CbiB family protein  62.3 
 
 		 312 aa  381  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322198  normal  0.895923 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2972  CobD/CbiB family protein  62.82 
 
 		 312 aa  372  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.402163  normal  0.15784 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0396  CobD/CbiB family protein  62.5 
 
 		 312 aa  368  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0206694  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2962  CobD/CbiB family protein  62.5 
 
 		 329 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2539  CobD/CbiB family protein  62.5 
 
 		 312 aa  368  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.207097  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0912  CobD/CbiB family protein  62.5 
 
 		 312 aa  368  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2852  CobD/CbiB family protein  62.5 
 
 		 312 aa  368  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2912  CobD/CbiB family protein  62.5 
 
 		 329 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0235  CobD/CbiB family protein  62.5 
 
 		 312 aa  368  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1666  CobD/CbiB family protein  62.5 
 
 		 346 aa  367  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.805294  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0774  CobD/CbiB family protein  60.58 
 
 		 312 aa  361  1e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.219768 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4188  CobD/CbiB family protein  60.58 
 
 		 312 aa  358  8e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0954  CobD/CbiB family protein  60.58 
 
 		 312 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0950  CobD/CbiB family protein  60.58 
 
 		 312 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2229  CobD/CbiB family protein  60.58 
 
 		 312 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0595  CobD/CbiB family protein  60.26 
 
 		 312 aa  355  5e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142416  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1074  CobD/CbiB family protein  60.26 
 
 		 312 aa  355  5e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1033  CobD/CbiB family protein  60.26 
 
 		 312 aa  355  5e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0522  cobalamin biosynthesis protein CbiB  46.65 
 
 		 319 aa  261  8.999999999999999e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1279  cobalamin biosynthesis protein CbiB  46.39 
 
 		 319 aa  258  1e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00447148  normal  0.925435 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3350  cobalamin biosynthesis protein CbiB  44.88 
 
 		 328 aa  256  4e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171722 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2698  cobalamin biosynthesis protein CbiB  45.18 
 
 		 328 aa  250  2e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1478  cobalamin biosynthesis protein CbiB  42.68 
 
 		 333 aa  244  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1695  hypothetical protein  42.42 
 
 		 342 aa  241  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.93045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0686  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  43.35 
 
 		 329 aa  238  1e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.910501 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0320  cobalamin biosynthesis protein CbiB  44.06 
 
 		 338 aa  238  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5340  cobalamin biosynthesis protein CbiB  42.22 
 
 		 336 aa  234  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1466  hypothetical protein  42.51 
 
 		 339 aa  233  3e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1109  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  45.48 
 
 		 329 aa  229  3e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1889  hypothetical protein  41.56 
 
 		 334 aa  227  2e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00289969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1407  hypothetical protein  41.46 
 
 		 328 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.909593  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3023  CobD/CbiB family protein  43.43 
 
 		 307 aa  218  8.999999999999998e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.473012  normal  0.958188 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1994  CobD/CbiB family protein  42.81 
 
 		 303 aa  209  3e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  39.05 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2660  CobD/CbiB family protein  40.82 
 
 		 307 aa  198  9e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.95909  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2432  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.5 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0111605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  29.5 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  30.13 
 
 		 313 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.03 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  32.73 
 
 		 311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  30.4 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  31.54 
 
 		 331 aa  109  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  34.2 
 
 		 302 aa  109  7.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  31.07 
 
 		 302 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  29.47 
 
 		 326 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  27.18 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  30.22 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  31.72 
 
 		 302 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  29.04 
 
 		 326 aa  102  8e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  33.91 
 
 		 314 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  30 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  31.11 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  34.43 
 
 		 310 aa  99.8  6e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  31.36 
 
 		 302 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.08 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  33.09 
 
 		 326 aa  95.1  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  34.68 
 
 		 314 aa  95.5  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  33.71 
 
 		 312 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  33.71 
 
 		 312 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  33.71 
 
 		 312 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  32.61 
 
 		 321 aa  94.4  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  31.65 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.62 
 
 		 330 aa  93.2  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  30.22 
 
 		 314 aa  93.2  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  30.64 
 
 		 317 aa  92  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  34.1 
 
 		 312 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  34.68 
 
 		 314 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  30.98 
 
 		 319 aa  90.9  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  29.06 
 
 		 301 aa  87  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  32.18 
 
 		 326 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  33.49 
 
 		 312 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  33.02 
 
 		 312 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  33.53 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  33.53 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  33.53 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  33.53 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  33.53 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  33.53 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  33.53 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  33.64 
 
 		 313 aa  80.1  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  28.76 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0517  cobalamin biosynthesis protein CbiB  26.86 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3419  regulatory protein AmpE  25.4 
 
 		 283 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535716  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004472  adenosylcobinamide-phosphate synthase  26.27 
 
 		 317 aa  65.5  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1823  cobalamin biosynthesis protein CbiB  21.89 
 
 		 325 aa  64.7  0.000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  1.8692500000000003e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.9 
 
 		 322 aa  63.9  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.12 
 
 		 351 aa  63.2  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.79 
 
 		 319 aa  63.2  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.79 
 
 		 319 aa  60.5  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1857  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.23 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2566  adenosylcobinamide-phosphate synthase  21.21 
 
 		 317 aa  58.2  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000687479  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  26.25 
 
 		 314 aa  58.2  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00922  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25.91 
 
 		 331 aa  57  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1143  putative cobalamin biosynthesis protein D  21.45 
 
 		 344 aa  56.6  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0638  signaling modulator of AmpD, AmpE  22.67 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>