137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0686 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0686  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  100 
 
 		 329 aa  654    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.910501 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1109  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  68.69 
 
 		 329 aa  428  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1466  hypothetical protein  54.74 
 
 		 339 aa  341  1e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1695  hypothetical protein  53.17 
 
 		 342 aa  340  2e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.93045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3350  cobalamin biosynthesis protein CbiB  53.59 
 
 		 328 aa  338  7e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171722 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2698  cobalamin biosynthesis protein CbiB  53.89 
 
 		 328 aa  335  7e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1478  cobalamin biosynthesis protein CbiB  52.8 
 
 		 333 aa  330  3e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1889  hypothetical protein  53.89 
 
 		 334 aa  329  3e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00289969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1407  hypothetical protein  49.06 
 
 		 328 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.909593  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5340  cobalamin biosynthesis protein CbiB  51.27 
 
 		 336 aa  300  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0320  cobalamin biosynthesis protein CbiB  50.31 
 
 		 338 aa  299  4e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2578  CobD/CbiB family protein  44.74 
 
 		 326 aa  263  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1011  CobD/CbiB family protein  46.55 
 
 		 312 aa  261  1e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322198  normal  0.895923 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2972  CobD/CbiB family protein  46.85 
 
 		 312 aa  258  9e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.402163  normal  0.15784 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0774  CobD/CbiB family protein  44.76 
 
 		 312 aa  256  5e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.219768 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1666  CobD/CbiB family protein  45.25 
 
 		 346 aa  255  6e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.805294  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2962  CobD/CbiB family protein  45.25 
 
 		 329 aa  255  7e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2912  CobD/CbiB family protein  45.25 
 
 		 329 aa  255  7e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0396  CobD/CbiB family protein  45.25 
 
 		 312 aa  255  9e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0206694  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2539  CobD/CbiB family protein  45.25 
 
 		 312 aa  255  9e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.207097  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0912  CobD/CbiB family protein  45.25 
 
 		 312 aa  255  9e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2852  CobD/CbiB family protein  45.25 
 
 		 312 aa  255  9e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0235  CobD/CbiB family protein  45.25 
 
 		 312 aa  255  9e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0903  CobD/CbiB family protein  47.53 
 
 		 331 aa  252  7e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0880  CobD/CbiB family protein  46.46 
 
 		 313 aa  247  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.910898 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0809  CobD/CbiB family protein  46.46 
 
 		 313 aa  247  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.37142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4188  CobD/CbiB family protein  43.49 
 
 		 312 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0954  CobD/CbiB family protein  44.3 
 
 		 312 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0950  CobD/CbiB family protein  44.3 
 
 		 312 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1033  CobD/CbiB family protein  43.17 
 
 		 312 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0595  CobD/CbiB family protein  43.17 
 
 		 312 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142416  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1074  CobD/CbiB family protein  43.17 
 
 		 312 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2229  CobD/CbiB family protein  42.95 
 
 		 312 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29279  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0938  CobD/CbiB family protein  44.82 
 
 		 324 aa  239  4e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0164662 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1279  cobalamin biosynthesis protein CbiB  35.69 
 
 		 319 aa  180  2e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00447148  normal  0.925435 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0522  cobalamin biosynthesis protein CbiB  34.22 
 
 		 319 aa  179  7e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3023  CobD/CbiB family protein  35.78 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.473012  normal  0.958188 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  33.74 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2660  CobD/CbiB family protein  35.48 
 
 		 307 aa  159  9e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.95909  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1994  CobD/CbiB family protein  31.85 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2432  adenosylcobinamide-phosphate synthase  31.94 
 
 		 304 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0111605  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  31.03 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.91 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.73 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.96 
 
 		 302 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  29.58 
 
 		 313 aa  96.7  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  28.42 
 
 		 302 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  29.15 
 
 		 302 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  30.49 
 
 		 302 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  30.04 
 
 		 307 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  28.25 
 
 		 331 aa  93.2  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  31.66 
 
 		 317 aa  92.8  8e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  29.04 
 
 		 321 aa  92  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  29.86 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  31.32 
 
 		 302 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  28.21 
 
 		 326 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  28.95 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  30.05 
 
 		 304 aa  89.7  7e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  26.76 
 
 		 311 aa  89  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  28.02 
 
 		 301 aa  87  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  27.98 
 
 		 326 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  29.17 
 
 		 311 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  34.03 
 
 		 326 aa  81.3  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  30.39 
 
 		 312 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  30.39 
 
 		 312 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  30.39 
 
 		 312 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  29.44 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  31.07 
 
 		 312 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  31.07 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  28.49 
 
 		 312 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  28.49 
 
 		 312 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  31.07 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  30.51 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  31.07 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.2 
 
 		 330 aa  75.5  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  31.07 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  31.07 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  31.07 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  31.07 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  31.07 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  31.07 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  31.07 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  27.32 
 
 		 306 aa  71.6  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  29.78 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  28.57 
 
 		 313 aa  68.9  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  28.34 
 
 		 326 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004472  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25.93 
 
 		 317 aa  67  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3858  regulatory protein AmpE  26.42 
 
 		 283 aa  67  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000015429 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0638  signaling modulator of AmpD, AmpE  28.5 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0422  regulatory protein AmpE  27.42 
 
 		 283 aa  59.7  0.00000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0061  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25.47 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00552046  hitchhiker  0.00179506 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3419  regulatory protein AmpE  24.72 
 
 		 283 aa  57  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535716  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3601  regulatory protein AmpE  27.24 
 
 		 283 aa  56.6  0.0000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3936  regulatory protein AmpE  26.02 
 
 		 283 aa  56.6  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.501947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4056  regulatory protein AmpE  26.02 
 
 		 283 aa  56.6  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000497634  normal  0.464654 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.17 
 
 		 351 aa  56.2  0.0000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00922  adenosylcobinamide-phosphate synthase  24.28 
 
 		 331 aa  56.2  0.0000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  28.45 
 
 		 314 aa  55.1  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0424  regulatory protein AmpE  27.24 
 
 		 283 aa  55.5  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0508582  normal  0.052266 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0417  regulatory protein AmpE  24.6 
 
 		 282 aa  55.8  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>