127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1466 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1466  hypothetical protein  100 
 
 		 339 aa  671    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1695  hypothetical protein  80.78 
 
 		 342 aa  530  1e-149  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.93045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3350  cobalamin biosynthesis protein CbiB  61.92 
 
 		 328 aa  409  1e-113  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171722 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1478  cobalamin biosynthesis protein CbiB  63.83 
 
 		 333 aa  404  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2698  cobalamin biosynthesis protein CbiB  61.92 
 
 		 328 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0320  cobalamin biosynthesis protein CbiB  62.69 
 
 		 338 aa  386  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5340  cobalamin biosynthesis protein CbiB  60.74 
 
 		 336 aa  378  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1889  hypothetical protein  59.94 
 
 		 334 aa  372  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00289969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1407  hypothetical protein  58.01 
 
 		 328 aa  370  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.909593  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0686  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  54.49 
 
 		 329 aa  335  7.999999999999999e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.910501 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1109  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  55.11 
 
 		 329 aa  331  1e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1011  CobD/CbiB family protein  46.27 
 
 		 312 aa  263  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322198  normal  0.895923 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2972  CobD/CbiB family protein  46.27 
 
 		 312 aa  260  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.402163  normal  0.15784 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0595  CobD/CbiB family protein  46.58 
 
 		 312 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142416  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1074  CobD/CbiB family protein  46.58 
 
 		 312 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1033  CobD/CbiB family protein  46.58 
 
 		 312 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2578  CobD/CbiB family protein  42.86 
 
 		 326 aa  257  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1666  CobD/CbiB family protein  45.97 
 
 		 346 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.805294  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2229  CobD/CbiB family protein  45.96 
 
 		 312 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0950  CobD/CbiB family protein  45.65 
 
 		 312 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0954  CobD/CbiB family protein  45.65 
 
 		 312 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4188  CobD/CbiB family protein  45.34 
 
 		 312 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0774  CobD/CbiB family protein  45.87 
 
 		 312 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.219768 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2962  CobD/CbiB family protein  45.37 
 
 		 329 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2912  CobD/CbiB family protein  45.37 
 
 		 329 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0396  CobD/CbiB family protein  45.37 
 
 		 312 aa  250  3e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0206694  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2539  CobD/CbiB family protein  45.37 
 
 		 312 aa  250  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.207097  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0912  CobD/CbiB family protein  45.37 
 
 		 312 aa  250  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2852  CobD/CbiB family protein  45.37 
 
 		 312 aa  250  3e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0235  CobD/CbiB family protein  45.37 
 
 		 312 aa  250  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0903  CobD/CbiB family protein  41.69 
 
 		 331 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0938  CobD/CbiB family protein  43.07 
 
 		 324 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0164662 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0809  CobD/CbiB family protein  44.54 
 
 		 313 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.37142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0880  CobD/CbiB family protein  44.54 
 
 		 313 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.910898 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0522  cobalamin biosynthesis protein CbiB  35.73 
 
 		 319 aa  192  7e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1279  cobalamin biosynthesis protein CbiB  35.73 
 
 		 319 aa  189  4e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00447148  normal  0.925435 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3023  CobD/CbiB family protein  35.6 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.473012  normal  0.958188 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  32.84 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2660  CobD/CbiB family protein  32.71 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.95909  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1994  CobD/CbiB family protein  35.19 
 
 		 303 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2432  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.46 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0111605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  29.45 
 
 		 313 aa  86.3  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  26.21 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  27.41 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  28.22 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  28 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  27.6 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  27.6 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  28.46 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  29.5 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  28.15 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  26.56 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  28.05 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  25.25 
 
 		 331 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.21 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  27.75 
 
 		 326 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  29.01 
 
 		 321 aa  71.2  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  25.32 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  24.44 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  26.32 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  29.49 
 
 		 312 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  30 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  28.36 
 
 		 312 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  28.36 
 
 		 312 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1823  cobalamin biosynthesis protein CbiB  23.48 
 
 		 325 aa  67.4  0.0000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  1.8692500000000003e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  28.36 
 
 		 312 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  26.24 
 
 		 317 aa  64.7  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  28.72 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0638  signaling modulator of AmpD, AmpE  27.34 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  27.31 
 
 		 311 aa  63.2  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  28.04 
 
 		 312 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  23.31 
 
 		 330 aa  62.4  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  27.23 
 
 		 314 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3150  adenosylcobinamide-phosphate synthase  25.55 
 
 		 351 aa  60.1  0.00000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000125584  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  26.37 
 
 		 302 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  26.94 
 
 		 326 aa  59.3  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  26.98 
 
 		 314 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  28.22 
 
 		 326 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  25.65 
 
 		 314 aa  55.5  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0417  regulatory protein AmpE  26.14 
 
 		 282 aa  55.5  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  25.48 
 
 		 313 aa  55.1  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  24.88 
 
 		 306 aa  53.9  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3348  regulatory protein AmpE  24.15 
 
 		 270 aa  52.8  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3858  regulatory protein AmpE  24.51 
 
 		 283 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000015429 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  25.68 
 
 		 319 aa  52.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0517  cobalamin biosynthesis protein CbiB  23.67 
 
 		 298 aa  51.6  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0854  CobD-related protein  29.63 
 
 		 329 aa  51.6  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.411862 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  26.6 
 
 		 310 aa  50.8  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  26.6 
 
 		 314 aa  50.8  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  26.6 
 
 		 310 aa  50.8  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  26.6 
 
 		 310 aa  50.8  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  26.6 
 
 		 314 aa  50.8  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  26.6 
 
 		 314 aa  50.8  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  26.6 
 
 		 310 aa  50.8  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4056  regulatory protein AmpE  30.23 
 
 		 283 aa  50.1  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000497634  normal  0.464654 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004472  adenosylcobinamide-phosphate synthase  22.6 
 
 		 317 aa  49.7  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00922  adenosylcobinamide-phosphate synthase  22.42 
 
 		 331 aa  49.7  0.00008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12130  Inner membrane protein  26.63 
 
 		 280 aa  48.5  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.567702  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3779  regulatory protein AmpE  36.99 
 
 		 283 aa  48.9  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3419  regulatory protein AmpE  23.74 
 
 		 283 aa  48.5  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535716  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>