144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1407 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1407  hypothetical protein  100 
 
 		 328 aa  654    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.909593  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3350  cobalamin biosynthesis protein CbiB  60.06 
 
 		 328 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171722 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2698  cobalamin biosynthesis protein CbiB  60.06 
 
 		 328 aa  389  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1478  cobalamin biosynthesis protein CbiB  60 
 
 		 333 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1889  hypothetical protein  59.62 
 
 		 334 aa  377  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00289969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0320  cobalamin biosynthesis protein CbiB  60.63 
 
 		 338 aa  377  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1695  hypothetical protein  58.38 
 
 		 342 aa  369  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.93045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1466  hypothetical protein  58.72 
 
 		 339 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5340  cobalamin biosynthesis protein CbiB  56.6 
 
 		 336 aa  351  8e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0686  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  48.57 
 
 		 329 aa  291  1e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.910501 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1109  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  48.89 
 
 		 329 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1011  CobD/CbiB family protein  43.41 
 
 		 312 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322198  normal  0.895923 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2972  CobD/CbiB family protein  43.41 
 
 		 312 aa  240  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.402163  normal  0.15784 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2578  CobD/CbiB family protein  39.7 
 
 		 326 aa  225  9e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0774  CobD/CbiB family protein  43.41 
 
 		 312 aa  223  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.219768 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1666  CobD/CbiB family protein  44 
 
 		 346 aa  222  6e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.805294  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2962  CobD/CbiB family protein  43.38 
 
 		 329 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2912  CobD/CbiB family protein  43.38 
 
 		 329 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0396  CobD/CbiB family protein  43.38 
 
 		 312 aa  219  5e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0206694  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2539  CobD/CbiB family protein  43.38 
 
 		 312 aa  219  5e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.207097  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0912  CobD/CbiB family protein  43.38 
 
 		 312 aa  219  5e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2852  CobD/CbiB family protein  43.38 
 
 		 312 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0235  CobD/CbiB family protein  43.38 
 
 		 312 aa  219  5e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0938  CobD/CbiB family protein  42.38 
 
 		 324 aa  218  8.999999999999998e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0164662 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0595  CobD/CbiB family protein  42.63 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142416  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1074  CobD/CbiB family protein  42.63 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1033  CobD/CbiB family protein  42.63 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4188  CobD/CbiB family protein  42.95 
 
 		 312 aa  217  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0809  CobD/CbiB family protein  42.38 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.37142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0880  CobD/CbiB family protein  42.38 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.910898 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0903  CobD/CbiB family protein  41.05 
 
 		 331 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0954  CobD/CbiB family protein  42.63 
 
 		 312 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0950  CobD/CbiB family protein  42.63 
 
 		 312 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2229  CobD/CbiB family protein  42.31 
 
 		 312 aa  216  5e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1279  cobalamin biosynthesis protein CbiB  34.32 
 
 		 319 aa  176  4e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00447148  normal  0.925435 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0522  cobalamin biosynthesis protein CbiB  33.43 
 
 		 319 aa  176  6e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3023  CobD/CbiB family protein  37.5 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.473012  normal  0.958188 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  33.33 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1994  CobD/CbiB family protein  34.63 
 
 		 303 aa  159  8e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2660  CobD/CbiB family protein  34.3 
 
 		 307 aa  150  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.95909  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2432  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.93 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0111605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  29.58 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  26.57 
 
 		 311 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  28.52 
 
 		 302 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  27.27 
 
 		 302 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  26.83 
 
 		 311 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  28.52 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  33.33 
 
 		 310 aa  90.9  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  29.79 
 
 		 312 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  29.79 
 
 		 312 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  29.79 
 
 		 312 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.74 
 
 		 302 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  28.16 
 
 		 307 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  27.75 
 
 		 301 aa  89  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  30.64 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  29.6 
 
 		 321 aa  87.8  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  30.92 
 
 		 326 aa  86.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  26.18 
 
 		 302 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  26.5 
 
 		 304 aa  85.9  9e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  29.31 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  29.05 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  29.36 
 
 		 314 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  29.84 
 
 		 331 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  32.13 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  32.76 
 
 		 314 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.95 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  29.05 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  29 
 
 		 317 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.3 
 
 		 330 aa  77  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  30.63 
 
 		 312 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  28.4 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  31.08 
 
 		 312 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0663  cobalamin biosynthesis protein  27.9 
 
 		 326 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0842  cobalamin biosynthesis protein  30.85 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.98695  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  28.39 
 
 		 311 aa  72.8  0.000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  28.76 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  26.42 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0695  cobalamin biosynthesis protein  30.64 
 
 		 310 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1198  cobalamin biosynthesis protein  30.64 
 
 		 314 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2318  cobalamin biosynthesis protein  30.64 
 
 		 310 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0401808  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2969  cobalamin biosynthesis protein  30.64 
 
 		 310 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1037  cobalamin biosynthesis protein  30.64 
 
 		 314 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1043  cobalamin biosynthesis protein  30.64 
 
 		 314 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110651  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1630  cobalamin biosynthesis protein  30.64 
 
 		 310 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.187303  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2780  cobalamin biosynthesis protein  28.57 
 
 		 326 aa  65.5  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0845124  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  25.22 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0638  signaling modulator of AmpD, AmpE  31.01 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0007  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.92 
 
 		 314 aa  60.5  0.00000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1615  beta-lactamase induction protein  22.33 
 
 		 258 aa  57  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0562539  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0568  hypothetical protein  22.33 
 
 		 258 aa  57  0.0000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000159703  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0517  cobalamin biosynthesis protein CbiB  23.2 
 
 		 298 aa  56.6  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3699  signaling modulator of AmpD, AmpE  30.73 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1958  adenosylcobinamide-phosphate synthase  33.33 
 
 		 317 aa  55.1  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3779  regulatory protein AmpE  22.12 
 
 		 283 aa  53.1  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1131  cobalamin biosynthesis protein CobD  24.76 
 
 		 351 aa  52.4  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3419  regulatory protein AmpE  26.17 
 
 		 283 aa  52  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535716  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1823  cobalamin biosynthesis protein CbiB  24 
 
 		 325 aa  52.4  0.00001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  1.8692500000000003e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  26.84 
 
 		 314 aa  51.2  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0854  CobD-related protein  26.63 
 
 		 329 aa  50.8  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.411862 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004472  adenosylcobinamide-phosphate synthase  23.05 
 
 		 317 aa  50.8  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>