106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4404 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_4404  signaling modulator of AmpD, AmpE  100 
 
 		 276 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0824  signaling modulator of AmpD, AmpE  91.3 
 
 		 276 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0813  signaling modulator of AmpD, AmpE  90.94 
 
 		 276 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.17689 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0790  signaling modulator of AmpD, AmpE  90.22 
 
 		 276 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0788  AmpE  67.75 
 
 		 277 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689986  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0781  signaling modulator of AmpD, AmpE  64.98 
 
 		 277 aa  318  9e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0818  ampE protein  66.91 
 
 		 278 aa  309  4e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.927721  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0951  ampE protein  63.54 
 
 		 278 aa  293  3e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58660  hypothetical protein  59.34 
 
 		 278 aa  242  5e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12130  Inner membrane protein  54.18 
 
 		 280 aa  233  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.567702  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5138  hypothetical protein  58.24 
 
 		 278 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0877  signaling modulator of AmpD, AmpE  28.92 
 
 		 281 aa  84.7  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0027178  normal  0.0245194 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3348  regulatory protein AmpE  28.81 
 
 		 270 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1463  hypothetical protein  27.89 
 
 		 250 aa  82.4  0.000000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1520  hypothetical protein  27.89 
 
 		 250 aa  81.6  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0955  signaling modulator of AmpD, AmpE  30.39 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0638  signaling modulator of AmpD, AmpE  28.7 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0317  regulatory protein AmpE  22.22 
 
 		 284 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.810004 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0417  regulatory protein AmpE  21.51 
 
 		 282 aa  63.2  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0424  regulatory protein AmpE  26.84 
 
 		 283 aa  62.8  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0508582  normal  0.052266 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1109  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  30.6 
 
 		 329 aa  61.6  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.805383 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0422  regulatory protein AmpE  25.1 
 
 		 283 aa  60.5  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0373  regulatory protein AmpE  26.29 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490103  hitchhiker  0.0000919241 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5340  cobalamin biosynthesis protein CbiB  29.07 
 
 		 336 aa  58.9  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2578  CobD/CbiB family protein  28.64 
 
 		 326 aa  58.9  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3601  regulatory protein AmpE  25.79 
 
 		 283 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3350  cobalamin biosynthesis protein CbiB  30.57 
 
 		 328 aa  58.5  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171722 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1695  hypothetical protein  28.82 
 
 		 342 aa  57.4  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.93045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3915  regulatory protein AmpE  25.14 
 
 		 283 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.370917  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3433  regulatory protein AmpE  24.37 
 
 		 283 aa  57.4  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.483045  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4056  regulatory protein AmpE  25.14 
 
 		 283 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000497634  normal  0.464654 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3858  regulatory protein AmpE  24.9 
 
 		 283 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000015429 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1478  cobalamin biosynthesis protein CbiB  29.39 
 
 		 333 aa  57  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3936  regulatory protein AmpE  25.14 
 
 		 283 aa  56.6  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.501947  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3699  signaling modulator of AmpD, AmpE  31.47 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0426  regulatory protein AmpE  24.21 
 
 		 283 aa  55.5  0.0000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3779  regulatory protein AmpE  23.36 
 
 		 283 aa  54.3  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2698  cobalamin biosynthesis protein CbiB  30.57 
 
 		 328 aa  54.3  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1889  hypothetical protein  28.45 
 
 		 334 aa  53.1  0.000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00289969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3419  regulatory protein AmpE  21.2 
 
 		 283 aa  53.1  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.535716  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0903  CobD/CbiB family protein  28.25 
 
 		 331 aa  51.6  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3571  regulatory protein AmpE  23.53 
 
 		 284 aa  50.8  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0429  regulatory protein AmpE  22.54 
 
 		 283 aa  51.2  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000942425 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0686  putative cobalamin biosynthesis transmembrane protein  29.8 
 
 		 329 aa  51.2  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.910501 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3757  regulatory protein AmpE  24.12 
 
 		 284 aa  51.2  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.118765  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1466  hypothetical protein  29.07 
 
 		 339 aa  50.1  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03227  regulatory protein AmpE  25.73 
 
 		 289 aa  50.1  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0544057  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0320  cobalamin biosynthesis protein CbiB  28.81 
 
 		 338 aa  50.1  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.167497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0780  regulatory protein AmpE  26.36 
 
 		 284 aa  49.7  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.29134 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0670  regulatory protein AmpE  27.92 
 
 		 284 aa  49.7  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4188  CobD/CbiB family protein  26.36 
 
 		 312 aa  49.3  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0950  CobD/CbiB family protein  26.82 
 
 		 312 aa  49.7  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0954  CobD/CbiB family protein  26.82 
 
 		 312 aa  49.7  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0595  CobD/CbiB family protein  26.48 
 
 		 312 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142416  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1074  CobD/CbiB family protein  26.48 
 
 		 312 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1033  CobD/CbiB family protein  26.48 
 
 		 312 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0631  regulatory protein AmpE  27.33 
 
 		 284 aa  47.8  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0522  cobalamin biosynthesis protein CbiB  26.67 
 
 		 319 aa  48.1  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2229  CobD/CbiB family protein  26.48 
 
 		 312 aa  48.1  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3367  regulatory protein AmpE  26.24 
 
 		 284 aa  47  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.470719  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1038  regulatory protein AmpE  26.24 
 
 		 284 aa  47  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.363864 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3495  regulatory protein AmpE  26.24 
 
 		 284 aa  47  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4810  regulatory protein AmpE  21.52 
 
 		 311 aa  46.2  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3385  regulatory protein AmpE  24.15 
 
 		 327 aa  46.6  0.0005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02953  transmembrane protein  28.83 
 
 		 296 aa  46.6  0.0005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2660  CobD/CbiB family protein  31.51 
 
 		 307 aa  46.2  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.95909  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0994  signaling modulator of AmpD, AmpE  30.95 
 
 		 297 aa  46.2  0.0006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1279  cobalamin biosynthesis protein CbiB  25.83 
 
 		 319 aa  46.2  0.0006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00447148  normal  0.925435 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2972  CobD/CbiB family protein  31.08 
 
 		 312 aa  46.2  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.402163  normal  0.15784 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0774  CobD/CbiB family protein  31.08 
 
 		 312 aa  45.4  0.0009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.219768 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0161  regulatory protein AmpE  22.91 
 
 		 284 aa  45.4  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.667372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3023  CobD/CbiB family protein  29.13 
 
 		 307 aa  45.4  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.473012  normal  0.958188 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1994  CobD/CbiB family protein  36.62 
 
 		 303 aa  45.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1407  hypothetical protein  33.6 
 
 		 328 aa  45.4  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.909593  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1011  CobD/CbiB family protein  31.08 
 
 		 312 aa  45.4  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322198  normal  0.895923 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1615  beta-lactamase induction protein  29.87 
 
 		 258 aa  45.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0562539  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0568  hypothetical protein  29.87 
 
 		 258 aa  45.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000159703  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0873  signaling modulator of AmpD, AmpE  28.64 
 
 		 297 aa  45.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.62468  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0104  regulatory protein AmpE  24.14 
 
 		 284 aa  45.4  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.325186  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0809  CobD/CbiB family protein  29.01 
 
 		 313 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.37142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0880  CobD/CbiB family protein  29.01 
 
 		 313 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.910898 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0396  CobD/CbiB family protein  32.43 
 
 		 312 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0206694  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2962  CobD/CbiB family protein  32.43 
 
 		 329 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1666  CobD/CbiB family protein  32.43 
 
 		 346 aa  44.3  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.805294  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2539  CobD/CbiB family protein  32.43 
 
 		 312 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.207097  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0912  CobD/CbiB family protein  32.43 
 
 		 312 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2852  CobD/CbiB family protein  32.43 
 
 		 312 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2912  CobD/CbiB family protein  32.43 
 
 		 329 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0235  CobD/CbiB family protein  32.43 
 
 		 312 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0114  regulatory protein AmpE  24.14 
 
 		 284 aa  44.3  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.363052 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00110  predicted inner membrane protein  24.14 
 
 		 284 aa  43.9  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0643086  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3491  signaling modulator of AmpD, AmpE  24.14 
 
 		 284 aa  43.9  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0115  regulatory protein AmpE  24.14 
 
 		 284 aa  43.9  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000121424  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0113  regulatory protein AmpE  24.14 
 
 		 284 aa  43.9  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000149419  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3548  regulatory protein AmpE  24.14 
 
 		 284 aa  43.9  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782358  hitchhiker  0.00499322 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0160  regulatory protein AmpE  22.35 
 
 		 284 aa  43.9  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0164  regulatory protein AmpE  22.35 
 
 		 284 aa  43.9  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.320883  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00109  hypothetical protein  24.14 
 
 		 284 aa  43.9  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.147668  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0159  regulatory protein AmpE  22.35 
 
 		 284 aa  43.9  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0655  regulatory protein AmpE  22.5 
 
 		 284 aa  43.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>