52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0877 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0877  signaling modulator of AmpD, AmpE  100 
 
 		 281 aa  570  1.0000000000000001e-162  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0027178  normal  0.0245194 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0781  signaling modulator of AmpD, AmpE  29.25 
 
 		 277 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0818  ampE protein  31.31 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.927721  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0951  ampE protein  31.31 
 
 		 278 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0788  AmpE  29.13 
 
 		 277 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689986  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58660  hypothetical protein  29.56 
 
 		 278 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0638  signaling modulator of AmpD, AmpE  25.75 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12130  Inner membrane protein  28.97 
 
 		 280 aa  63.2  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.567702  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4404  signaling modulator of AmpD, AmpE  28.91 
 
 		 276 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0955  signaling modulator of AmpD, AmpE  23.59 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0824  signaling modulator of AmpD, AmpE  28.11 
 
 		 276 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0790  signaling modulator of AmpD, AmpE  28.11 
 
 		 276 aa  57  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0813  signaling modulator of AmpD, AmpE  26.28 
 
 		 276 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.17689 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5138  hypothetical protein  35.42 
 
 		 278 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02953  transmembrane protein  31.37 
 
 		 296 aa  52  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2962  CobD/CbiB family protein  27.66 
 
 		 329 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2912  CobD/CbiB family protein  27.66 
 
 		 329 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3699  signaling modulator of AmpD, AmpE  33.33 
 
 		 295 aa  50.1  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0235  CobD/CbiB family protein  27.66 
 
 		 312 aa  49.7  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2852  CobD/CbiB family protein  27.66 
 
 		 312 aa  49.7  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0912  CobD/CbiB family protein  27.66 
 
 		 312 aa  49.7  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2539  CobD/CbiB family protein  27.66 
 
 		 312 aa  49.7  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.207097  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0396  CobD/CbiB family protein  27.66 
 
 		 312 aa  49.7  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0206694  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2229  CobD/CbiB family protein  27.66 
 
 		 312 aa  48.5  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1011  CobD/CbiB family protein  25.98 
 
 		 312 aa  48.9  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322198  normal  0.895923 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2972  CobD/CbiB family protein  28.17 
 
 		 312 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.402163  normal  0.15784 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4188  CobD/CbiB family protein  27.66 
 
 		 312 aa  48.5  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1033  CobD/CbiB family protein  28.07 
 
 		 312 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1074  CobD/CbiB family protein  28.07 
 
 		 312 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0950  CobD/CbiB family protein  28.07 
 
 		 312 aa  47.8  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0954  CobD/CbiB family protein  28.07 
 
 		 312 aa  47.8  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0595  CobD/CbiB family protein  28.07 
 
 		 312 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142416  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1666  CobD/CbiB family protein  28.49 
 
 		 346 aa  47.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.805294  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0774  CobD/CbiB family protein  26.74 
 
 		 312 aa  47  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.219768 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1697  signaling modulator of AmpD, AmpE  30.19 
 
 		 337 aa  47.4  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0373  regulatory protein AmpE  22.47 
 
 		 286 aa  45.8  0.0008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490103  hitchhiker  0.0000919241 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0417  regulatory protein AmpE  22.52 
 
 		 282 aa  45.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0424  regulatory protein AmpE  24.17 
 
 		 283 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0508582  normal  0.052266 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2660  CobD/CbiB family protein  24.14 
 
 		 307 aa  45.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.95909  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1463  hypothetical protein  20 
 
 		 250 aa  44.3  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3433  regulatory protein AmpE  22.89 
 
 		 283 aa  44.3  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.483045  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2578  CobD/CbiB family protein  25.37 
 
 		 326 aa  43.9  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1520  hypothetical protein  20.35 
 
 		 250 aa  44.3  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3858  regulatory protein AmpE  23.31 
 
 		 283 aa  43.9  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000015429 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0903  CobD/CbiB family protein  24.27 
 
 		 331 aa  43.9  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1994  CobD/CbiB family protein  23.2 
 
 		 303 aa  43.9  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1615  beta-lactamase induction protein  26.21 
 
 		 258 aa  43.1  0.004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0562539  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0568  hypothetical protein  26.21 
 
 		 258 aa  43.5  0.004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000159703  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3936  regulatory protein AmpE  23.6 
 
 		 283 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.501947  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1044  CobD/CbiB family protein  25.53 
 
 		 305 aa  42.4  0.009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211721 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3601  regulatory protein AmpE  23.22 
 
 		 283 aa  42.4  0.009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0422  regulatory protein AmpE  22.86 
 
 		 283 aa  42  0.01  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>