122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2126 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2929  carboxynorspermidine decarboxylase  97.53 
 
 
365 aa  744    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0987  carboxynorspermidine decarboxylase  89.32 
 
 
365 aa  692    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.728912  hitchhiker  0.0000164001 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2763  carboxynorspermidine decarboxylase  97.53 
 
 
365 aa  744    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.327061  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2843  carboxynorspermidine decarboxylase  97.81 
 
 
365 aa  748    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.239369 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2126  carboxynorspermidine decarboxylase  100 
 
 
365 aa  760    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.934479  normal  0.236457 
 
 
-
 
NC_004310  BR0334  carboxynorspermidine decarboxylase  76.71 
 
 
365 aa  604  9.999999999999999e-173  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.47731  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0351  carboxynorspermidine decarboxylase  76.71 
 
 
365 aa  605  9.999999999999999e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1381  carboxynorspermidine decarboxylase  75.89 
 
 
365 aa  602  1.0000000000000001e-171  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000914545  normal  0.67918 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0437  carboxynorspermidine decarboxylase  76.44 
 
 
389 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378018  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5843  carboxynorspermidine decarboxylase  72.05 
 
 
365 aa  577  1e-164  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.883697  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4156  carboxynorspermidine decarboxylase  72.05 
 
 
365 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0736127  normal  0.854388 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0029  carboxynorspermidine decarboxylase  65.48 
 
 
365 aa  511  1e-144  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2883  carboxynorspermidine decarboxylase  68.13 
 
 
365 aa  511  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1474  putative carboxynorspermidine decarboxylase protein  67.03 
 
 
365 aa  508  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0125  carboxynorspermidine decarboxylase  67.31 
 
 
365 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.416541 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2956  carboxynorspermidine decarboxylase  62.57 
 
 
368 aa  491  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.64779  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1716  carboxynorspermidine decarboxylase  55.94 
 
 
379 aa  432  1e-120  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171564  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0913  pyridoxal-dependent decarboxylase  53.77 
 
 
417 aa  430  1e-119  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1502  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.38 
 
 
414 aa  425  1e-118  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1230  carboxynorspermidine decarboxylase  50.41 
 
 
387 aa  377  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000654114  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2136  carboxynorspermidine decarboxylase  51.5 
 
 
381 aa  375  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0231313  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02739  hypothetical protein  49.86 
 
 
377 aa  363  3e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003103  carboxynorspermidine decarboxylase putative  49.59 
 
 
377 aa  363  4e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0984903  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2290  carboxynorspermidine decarboxylase  47.81 
 
 
376 aa  352  5e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1596  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.76 
 
 
387 aa  299  5e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00157002  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1921  carboxynorspermidine decarboxylase  41.67 
 
 
378 aa  297  2e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.380806  hitchhiker  0.00337134 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6505  carboxynorspermidine decarboxylase  42.78 
 
 
399 aa  297  2e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.136453  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2538  carboxynorspermidine decarboxylase  40.64 
 
 
400 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1180  carboxynorspermidine decarboxylase  40.21 
 
 
382 aa  283  4.0000000000000003e-75  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.477804  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0903  carboxynorspermidine decarboxylase  40.64 
 
 
384 aa  280  3e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000370822 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1308  carboxynorspermidine decarboxylase  40.64 
 
 
384 aa  278  9e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000618886 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2319  carboxynorspermidine decarboxylase  38.89 
 
 
389 aa  277  2e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1129  carboxynorspermidine decarboxylase  38.44 
 
 
382 aa  277  2e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0396  carboxynorspermidine decarboxylase  40.16 
 
 
380 aa  276  4e-73  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000394285  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0573  carboxynorspermidine decarboxylase  38.52 
 
 
391 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2917  carboxynorspermidine decarboxylase  40.37 
 
 
384 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2515  carboxynorspermidine decarboxylase  39.1 
 
 
390 aa  273  3e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721977  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0982  carboxynorspermidine decarboxylase  39.04 
 
 
384 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2609  carboxynorspermidine decarboxylase  38.9 
 
 
392 aa  272  7e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1677  carboxynorspermidine decarboxylase  39.3 
 
 
384 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000607636  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2141  carboxynorspermidine decarboxylase  39.84 
 
 
379 aa  270  4e-71  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2096  carboxynorspermidine decarboxylase  39.84 
 
 
397 aa  269  7e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1556  carboxynorspermidine decarboxylase  39.36 
 
 
376 aa  267  2e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000119518  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1317  carboxynorspermidine decarboxylase  37.37 
 
 
408 aa  266  4e-70  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1532  carboxynorspermidine decarboxylase  37.85 
 
 
405 aa  263  2e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3051  carboxynorspermidine decarboxylase  39.14 
 
 
379 aa  261  1e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1688  carboxynorspermidine decarboxylase  37.77 
 
 
382 aa  259  5.0000000000000005e-68  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0811745  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1507  carboxynorspermidine decarboxylase  37.77 
 
 
382 aa  259  5.0000000000000005e-68  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03352  Carboxynorspermidine decarboxylase  40 
 
 
376 aa  258  9e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.16649  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2140  carboxynorspermidine decarboxylase  40.27 
 
 
380 aa  257  2e-67  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1867  carboxynorspermidine decarboxylase  37.77 
 
 
382 aa  257  2e-67  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0354  carboxynorspermidine decarboxylase  38.17 
 
 
387 aa  249  4e-65  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.434135  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3524  carboxynorspermidine decarboxylase  37.1 
 
 
386 aa  247  2e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0747  carboxynorspermidine decarboxylase  36.66 
 
 
375 aa  246  6e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1153  carboxynorspermidine decarboxylase  36.32 
 
 
385 aa  245  9.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.214517  normal  0.177678 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0124  carboxynorspermidine decarboxylase  35.84 
 
 
406 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0338  carboxynorspermidine decarboxylase  35.23 
 
 
377 aa  242  7.999999999999999e-63  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1657  carboxynorspermidine decarboxylase  37.19 
 
 
400 aa  233  5e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0238429 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1792  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.82 
 
 
399 aa  231  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1198  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.67 
 
 
390 aa  228  1e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1082  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.08 
 
 
390 aa  228  1e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.177671 
 
 
-
 
NC_002950  PG0152  carboxynorspermidine decarboxylase  34.22 
 
 
378 aa  222  7e-57  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0118  carboxynorspermidine decarboxylase  35.75 
 
 
408 aa  221  9.999999999999999e-57  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4441  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.96 
 
 
390 aa  219  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0795  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.65 
 
 
1055 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0479  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.65 
 
 
1076 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.303637  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0661  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.65 
 
 
1086 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1615  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.65 
 
 
1058 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.374514  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0550  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.65 
 
 
1113 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1968  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.65 
 
 
1134 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.278028  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2063  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.82 
 
 
1110 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2593  carboxynorspermidine decarboxylase  33.15 
 
 
375 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  28.82 
 
 
432 aa  57.8  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  22.74 
 
 
447 aa  55.8  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  22.63 
 
 
406 aa  55.1  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1641  diaminopimelate decarboxylase  24.81 
 
 
420 aa  51.6  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  22.11 
 
 
421 aa  51.6  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  22.11 
 
 
421 aa  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  23.13 
 
 
416 aa  51.6  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4745  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  23.48 
 
 
582 aa  51.2  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0440633  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  28.06 
 
 
420 aa  50.4  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  26.77 
 
 
400 aa  48.9  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  21.64 
 
 
430 aa  48.5  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  21.45 
 
 
421 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  22.81 
 
 
394 aa  48.5  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  29.94 
 
 
416 aa  48.1  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  22.35 
 
 
418 aa  47.8  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  26.4 
 
 
418 aa  47.4  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28310  Diaminopimelate decarboxylase  19.41 
 
 
471 aa  47.4  0.0004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0114023  hitchhiker  0.00277036 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  22.14 
 
 
440 aa  47  0.0005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  28.71 
 
 
420 aa  45.8  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3440  diaminopimelate decarboxylase  25.32 
 
 
427 aa  45.8  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3606  diaminopimelate decarboxylase  28.49 
 
 
420 aa  45.8  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00198954  hitchhiker  0.0000000450016 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  22.56 
 
 
416 aa  45.1  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  24.31 
 
 
430 aa  45.4  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  21.94 
 
 
410 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  24.34 
 
 
417 aa  45.1  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  23.57 
 
 
416 aa  45.1  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  21.66 
 
 
406 aa  44.7  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  20.66 
 
 
421 aa  44.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>