167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1532 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_1532  carboxynorspermidine decarboxylase  100 
 
 
405 aa  828    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2515  carboxynorspermidine decarboxylase  78.77 
 
 
390 aa  663    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721977  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0573  carboxynorspermidine decarboxylase  67.82 
 
 
391 aa  547  1e-154  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0124  carboxynorspermidine decarboxylase  62.29 
 
 
406 aa  508  1e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2319  carboxynorspermidine decarboxylase  61.52 
 
 
389 aa  505  9.999999999999999e-143  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1921  carboxynorspermidine decarboxylase  58.59 
 
 
378 aa  461  9.999999999999999e-129  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.380806  hitchhiker  0.00337134 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6505  carboxynorspermidine decarboxylase  58.19 
 
 
399 aa  448  1e-125  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.136453  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2538  carboxynorspermidine decarboxylase  56.67 
 
 
400 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0903  carboxynorspermidine decarboxylase  56.92 
 
 
384 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000370822 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2609  carboxynorspermidine decarboxylase  56.92 
 
 
392 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1677  carboxynorspermidine decarboxylase  55.38 
 
 
384 aa  441  1e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000607636  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2096  carboxynorspermidine decarboxylase  55.64 
 
 
397 aa  435  1e-121  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1596  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.79 
 
 
387 aa  437  1e-121  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00157002  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1556  carboxynorspermidine decarboxylase  53.28 
 
 
376 aa  434  1e-120  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000119518  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1308  carboxynorspermidine decarboxylase  53.59 
 
 
384 aa  432  1e-120  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000618886 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0982  carboxynorspermidine decarboxylase  54.36 
 
 
384 aa  434  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2917  carboxynorspermidine decarboxylase  52.82 
 
 
384 aa  430  1e-119  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1129  carboxynorspermidine decarboxylase  52.02 
 
 
382 aa  431  1e-119  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3051  carboxynorspermidine decarboxylase  48.37 
 
 
379 aa  415  9.999999999999999e-116  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1317  carboxynorspermidine decarboxylase  50.85 
 
 
408 aa  394  1e-108  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03352  Carboxynorspermidine decarboxylase  48.73 
 
 
376 aa  370  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.16649  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3524  carboxynorspermidine decarboxylase  47.7 
 
 
386 aa  367  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0747  carboxynorspermidine decarboxylase  45.84 
 
 
375 aa  359  6e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1180  carboxynorspermidine decarboxylase  45.18 
 
 
382 aa  355  5.999999999999999e-97  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.477804  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1153  carboxynorspermidine decarboxylase  45.19 
 
 
385 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.214517  normal  0.177678 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1792  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.41 
 
 
399 aa  352  5.9999999999999994e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0396  carboxynorspermidine decarboxylase  42.13 
 
 
380 aa  350  3e-95  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000394285  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1198  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.23 
 
 
390 aa  348  1e-94  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2141  carboxynorspermidine decarboxylase  42.49 
 
 
379 aa  341  1e-92  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2140  carboxynorspermidine decarboxylase  46.29 
 
 
380 aa  338  9e-92  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1657  carboxynorspermidine decarboxylase  46.39 
 
 
400 aa  331  1e-89  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0238429 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4441  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.78 
 
 
390 aa  330  3e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1082  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.04 
 
 
390 aa  323  4e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.177671 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0338  carboxynorspermidine decarboxylase  39.95 
 
 
377 aa  321  1.9999999999999998e-86  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0118  carboxynorspermidine decarboxylase  39.29 
 
 
408 aa  313  3.9999999999999997e-84  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1688  carboxynorspermidine decarboxylase  37.66 
 
 
382 aa  304  1.0000000000000001e-81  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0811745  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0354  carboxynorspermidine decarboxylase  38.75 
 
 
387 aa  301  1e-80  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.434135  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1867  carboxynorspermidine decarboxylase  37.41 
 
 
382 aa  300  3e-80  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1507  carboxynorspermidine decarboxylase  37.16 
 
 
382 aa  298  1e-79  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0152  carboxynorspermidine decarboxylase  40.3 
 
 
378 aa  290  4e-77  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1381  carboxynorspermidine decarboxylase  37.85 
 
 
365 aa  268  1e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000914545  normal  0.67918 
 
 
-
 
NC_004310  BR0334  carboxynorspermidine decarboxylase  39.49 
 
 
365 aa  267  2.9999999999999995e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.47731  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0351  carboxynorspermidine decarboxylase  39.23 
 
 
365 aa  266  5e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2126  carboxynorspermidine decarboxylase  38.01 
 
 
365 aa  266  7e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.934479  normal  0.236457 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2929  carboxynorspermidine decarboxylase  37.85 
 
 
365 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2763  carboxynorspermidine decarboxylase  37.85 
 
 
365 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.327061  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2843  carboxynorspermidine decarboxylase  37.85 
 
 
365 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.239369 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0437  carboxynorspermidine decarboxylase  38.21 
 
 
389 aa  262  6.999999999999999e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378018  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0987  carboxynorspermidine decarboxylase  37.08 
 
 
365 aa  260  3e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.728912  hitchhiker  0.0000164001 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1716  carboxynorspermidine decarboxylase  37.56 
 
 
379 aa  258  2e-67  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171564  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0125  carboxynorspermidine decarboxylase  39.79 
 
 
365 aa  255  8e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.416541 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1474  putative carboxynorspermidine decarboxylase protein  39.53 
 
 
365 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2883  carboxynorspermidine decarboxylase  39.79 
 
 
365 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1230  carboxynorspermidine decarboxylase  36.15 
 
 
387 aa  253  5.000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000654114  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2956  carboxynorspermidine decarboxylase  40.31 
 
 
368 aa  250  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.64779  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5843  carboxynorspermidine decarboxylase  37.44 
 
 
365 aa  250  3e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.883697  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4156  carboxynorspermidine decarboxylase  37.95 
 
 
365 aa  248  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0736127  normal  0.854388 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1502  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.93 
 
 
414 aa  246  4.9999999999999997e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0913  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.93 
 
 
417 aa  244  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2136  carboxynorspermidine decarboxylase  33.92 
 
 
381 aa  243  3e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0231313  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2290  carboxynorspermidine decarboxylase  34.51 
 
 
376 aa  235  8e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02739  hypothetical protein  33.5 
 
 
377 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003103  carboxynorspermidine decarboxylase putative  33.5 
 
 
377 aa  233  6e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0984903  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0029  carboxynorspermidine decarboxylase  35.38 
 
 
365 aa  232  9e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2063  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  37.18 
 
 
1110 aa  222  8e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0661  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  37.11 
 
 
1086 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0795  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  37.11 
 
 
1055 aa  219  5e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0550  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  37.11 
 
 
1113 aa  219  5e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1615  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  37.11 
 
 
1058 aa  219  5e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.374514  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0479  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  37.11 
 
 
1076 aa  219  7e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.303637  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1968  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  37.11 
 
 
1134 aa  219  7e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.278028  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2593  carboxynorspermidine decarboxylase  33.93 
 
 
375 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1495  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.43 
 
 
401 aa  62.4  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1791  diaminopimelate decarboxylase  27.49 
 
 
423 aa  62  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  25.98 
 
 
415 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  25.72 
 
 
415 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  25.72 
 
 
415 aa  57  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1109  pyridoxal-dependent family decarboxylase  25.71 
 
 
389 aa  55.1  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  28.4 
 
 
422 aa  54.7  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_475  diaminopimelate decarboxylase  27.17 
 
 
434 aa  53.9  0.000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0534  diaminopimelate decarboxylase  27.17 
 
 
434 aa  53.5  0.000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2991  diaminopimelate decarboxylase  22.54 
 
 
435 aa  53.1  0.000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000347646  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  23.36 
 
 
434 aa  52.8  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0510  diaminopimelate decarboxylase  27.56 
 
 
434 aa  52.8  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  24.87 
 
 
451 aa  52.4  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  22.08 
 
 
430 aa  51.6  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1746  diaminopimelate decarboxylase  21.57 
 
 
435 aa  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.147436  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  24.3 
 
 
421 aa  50.8  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  26.67 
 
 
415 aa  50.8  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  24.05 
 
 
386 aa  50.8  0.00004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  25.17 
 
 
386 aa  50.8  0.00005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  27.84 
 
 
415 aa  50.1  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  22.93 
 
 
429 aa  50.1  0.00007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  25 
 
 
432 aa  50.1  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  24.61 
 
 
434 aa  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  26.95 
 
 
400 aa  50.1  0.00008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  24.79 
 
 
394 aa  49.3  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  24.81 
 
 
414 aa  49.3  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  23.41 
 
 
421 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  22.88 
 
 
414 aa  49.3  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>