More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1588 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2077  diaminopimelate decarboxylase  96.34 
 
 		 410 aa  810    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0728152 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3663  diaminopimelate decarboxylase  96.83 
 
 		 410 aa  814    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.555835  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 410 aa  840    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  62.28 
 
 		 412 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0973  diaminopimelate decarboxylase  63.2 
 
 		 420 aa  503  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  63.2 
 
 		 420 aa  503  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  63.2 
 
 		 420 aa  503  1e-141  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  61.68 
 
 		 420 aa  499  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  62.12 
 
 		 420 aa  494  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  59.45 
 
 		 412 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  59.45 
 
 		 412 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  59.7 
 
 		 412 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5726  diaminopimelate decarboxylase  60.84 
 
 		 416 aa  491  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  62.69 
 
 		 420 aa  490  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  59.2 
 
 		 412 aa  491  1e-137  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  62.18 
 
 		 420 aa  491  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  59.2 
 
 		 412 aa  491  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  59.9 
 
 		 416 aa  486  1e-136  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4766  diaminopimelate decarboxylase  60.05 
 
 		 414 aa  485  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.646953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  59.6 
 
 		 420 aa  483  1e-135  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  59.6 
 
 		 420 aa  481  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  59.6 
 
 		 420 aa  481  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  59.13 
 
 		 420 aa  482  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  58.71 
 
 		 412 aa  484  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0753  diaminopimelate decarboxylase  61.62 
 
 		 420 aa  481  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0244926  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  58.72 
 
 		 417 aa  484  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  59.6 
 
 		 420 aa  481  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  59.43 
 
 		 420 aa  481  1e-134  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  59.43 
 
 		 420 aa  481  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  59.34 
 
 		 420 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  59.43 
 
 		 420 aa  481  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  59.43 
 
 		 420 aa  481  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  59.43 
 
 		 420 aa  481  1e-134  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  59.34 
 
 		 420 aa  478  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  59.13 
 
 		 420 aa  480  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  59.13 
 
 		 420 aa  480  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  59.17 
 
 		 420 aa  478  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1818  diaminopimelate decarboxylase  58.19 
 
 		 431 aa  467  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  55.97 
 
 		 413 aa  462  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  52.84 
 
 		 415 aa  444  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  37.16 
 
 		 434 aa  238  1e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  35.45 
 
 		 421 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  37.41 
 
 		 453 aa  226  6e-58  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  36.66 
 
 		 421 aa  224  2e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  34.31 
 
 		 409 aa  220  3.9999999999999997e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  35.28 
 
 		 466 aa  219  6e-56  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21592  diaminopimelate decarboxylase  35.08 
 
 		 481 aa  217  4e-55  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28310  Diaminopimelate decarboxylase  34.39 
 
 		 471 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0114023  hitchhiker  0.00277036 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  33.74 
 
 		 425 aa  206  4e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  32.27 
 
 		 416 aa  206  5e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  32.18 
 
 		 406 aa  204  2e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  33.49 
 
 		 399 aa  202  9e-51  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0461  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  34.95 
 
 		 868 aa  200  3e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02010  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  35.42 
 
 		 850 aa  200  3e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0402  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  34.94 
 
 		 868 aa  199  5e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  35.59 
 
 		 429 aa  199  7e-50  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  35.17 
 
 		 447 aa  199  7.999999999999999e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  31.23 
 
 		 406 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  34.77 
 
 		 407 aa  197  2.0000000000000003e-49  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  30.69 
 
 		 398 aa  198  2.0000000000000003e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2740  diaminopimelate decarboxylase  32.93 
 
 		 411 aa  197  3e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  31.28 
 
 		 424 aa  192  6e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 420 aa  192  8e-48  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  32.93 
 
 		 402 aa  191  1e-47  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3166  diaminopimelate decarboxylase  34.04 
 
 		 413 aa  192  1e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.603838 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  32.86 
 
 		 412 aa  191  2e-47  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  31.53 
 
 		 407 aa  190  2.9999999999999997e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0744  diaminopimelate decarboxylase  35.8 
 
 		 438 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 402 aa  189  5e-47  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  32.69 
 
 		 402 aa  188  1e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  32.39 
 
 		 401 aa  188  2e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1011  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  34.66 
 
 		 864 aa  188  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.834007  normal  0.825142 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  32.43 
 
 		 419 aa  188  2e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 401 aa  187  3e-46  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  33.09 
 
 		 433 aa  186  4e-46  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  28.82 
 
 		 410 aa  186  5e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  33.02 
 
 		 417 aa  186  8e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  32.04 
 
 		 402 aa  185  1.0000000000000001e-45  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  33.99 
 
 		 421 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  31.3 
 
 		 393 aa  184  3e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  36.28 
 
 		 425 aa  184  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  34.36 
 
 		 422 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  36.28 
 
 		 416 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  35.24 
 
 		 421 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  33.82 
 
 		 430 aa  182  8.000000000000001e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  32.7 
 
 		 417 aa  182  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  30.9 
 
 		 417 aa  182  1e-44  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  33.5 
 
 		 394 aa  181  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2691  diaminopimelate decarboxylase  32.54 
 
 		 419 aa  181  2e-44  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  35.71 
 
 		 421 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  32.62 
 
 		 403 aa  180  4e-44  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 386 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  35.96 
 
 		 421 aa  179  7e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  33.87 
 
 		 421 aa  179  7e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  35.36 
 
 		 425 aa  179  8e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0207  diaminopimelate decarboxylase  32.71 
 
 		 435 aa  179  9e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.235177  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  31.5 
 
 		 418 aa  179  9e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  32.35 
 
 		 386 aa  179  1e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  33.89 
 
 		 431 aa  179  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  33.02 
 
 		 432 aa  178  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.399743 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>