248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2956 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_2956  carboxynorspermidine decarboxylase  100 
 
 
368 aa  754    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.64779  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4156  carboxynorspermidine decarboxylase  69.95 
 
 
365 aa  542  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0736127  normal  0.854388 
 
 
-
 
NC_004310  BR0334  carboxynorspermidine decarboxylase  68.58 
 
 
365 aa  535  1e-151  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.47731  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5843  carboxynorspermidine decarboxylase  69.4 
 
 
365 aa  535  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.883697  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0351  carboxynorspermidine decarboxylase  68.85 
 
 
365 aa  537  1e-151  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2883  carboxynorspermidine decarboxylase  73.7 
 
 
365 aa  535  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0125  carboxynorspermidine decarboxylase  72.6 
 
 
365 aa  531  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.416541 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1474  putative carboxynorspermidine decarboxylase protein  72.33 
 
 
365 aa  530  1e-149  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0437  carboxynorspermidine decarboxylase  67.76 
 
 
389 aa  528  1e-149  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378018  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0987  carboxynorspermidine decarboxylase  64.21 
 
 
365 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.728912  hitchhiker  0.0000164001 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1381  carboxynorspermidine decarboxylase  62.84 
 
 
365 aa  492  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000914545  normal  0.67918 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2929  carboxynorspermidine decarboxylase  63.11 
 
 
365 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2843  carboxynorspermidine decarboxylase  62.84 
 
 
365 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.239369 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2763  carboxynorspermidine decarboxylase  63.11 
 
 
365 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.327061  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2126  carboxynorspermidine decarboxylase  62.57 
 
 
365 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.934479  normal  0.236457 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0029  carboxynorspermidine decarboxylase  65.03 
 
 
365 aa  489  1e-137  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1716  carboxynorspermidine decarboxylase  58.73 
 
 
379 aa  453  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171564  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1502  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  56.53 
 
 
414 aa  438  9.999999999999999e-123  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0913  pyridoxal-dependent decarboxylase  56.28 
 
 
417 aa  435  1e-121  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1230  carboxynorspermidine decarboxylase  49.19 
 
 
387 aa  370  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000654114  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02739  hypothetical protein  49.59 
 
 
377 aa  365  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003103  carboxynorspermidine decarboxylase putative  49.06 
 
 
377 aa  365  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0984903  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2290  carboxynorspermidine decarboxylase  49.46 
 
 
376 aa  363  3e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2136  carboxynorspermidine decarboxylase  47.71 
 
 
381 aa  361  1e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0231313  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1921  carboxynorspermidine decarboxylase  41.87 
 
 
378 aa  288  9e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.380806  hitchhiker  0.00337134 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6505  carboxynorspermidine decarboxylase  44.09 
 
 
399 aa  282  7.000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.136453  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1317  carboxynorspermidine decarboxylase  42.01 
 
 
408 aa  276  3e-73  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1129  carboxynorspermidine decarboxylase  38.03 
 
 
382 aa  274  2.0000000000000002e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1556  carboxynorspermidine decarboxylase  39.31 
 
 
376 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000119518  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1180  carboxynorspermidine decarboxylase  38.73 
 
 
382 aa  273  3e-72  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.477804  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2538  carboxynorspermidine decarboxylase  41.44 
 
 
400 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2609  carboxynorspermidine decarboxylase  40.37 
 
 
392 aa  270  2e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0396  carboxynorspermidine decarboxylase  38.4 
 
 
380 aa  270  2.9999999999999997e-71  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000394285  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2141  carboxynorspermidine decarboxylase  38.61 
 
 
379 aa  268  8e-71  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2096  carboxynorspermidine decarboxylase  40.16 
 
 
397 aa  267  2e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0903  carboxynorspermidine decarboxylase  40.16 
 
 
384 aa  267  2e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000370822 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1596  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.79 
 
 
387 aa  268  2e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00157002  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2319  carboxynorspermidine decarboxylase  40.63 
 
 
389 aa  265  7e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1677  carboxynorspermidine decarboxylase  39.04 
 
 
384 aa  264  2e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000607636  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2917  carboxynorspermidine decarboxylase  38.77 
 
 
384 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1308  carboxynorspermidine decarboxylase  38.93 
 
 
384 aa  261  1e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000618886 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0982  carboxynorspermidine decarboxylase  39.3 
 
 
384 aa  260  3e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0573  carboxynorspermidine decarboxylase  38.68 
 
 
391 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0354  carboxynorspermidine decarboxylase  36.24 
 
 
387 aa  252  7e-66  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.434135  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1532  carboxynorspermidine decarboxylase  39.8 
 
 
405 aa  251  2e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03352  Carboxynorspermidine decarboxylase  39.14 
 
 
376 aa  249  4e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.16649  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0338  carboxynorspermidine decarboxylase  35.22 
 
 
377 aa  249  4e-65  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1867  carboxynorspermidine decarboxylase  36.07 
 
 
382 aa  249  5e-65  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1507  carboxynorspermidine decarboxylase  36.07 
 
 
382 aa  249  6e-65  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1688  carboxynorspermidine decarboxylase  36.17 
 
 
382 aa  248  8e-65  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0811745  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3524  carboxynorspermidine decarboxylase  36.66 
 
 
386 aa  245  6.999999999999999e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2515  carboxynorspermidine decarboxylase  38.93 
 
 
390 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721977  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3051  carboxynorspermidine decarboxylase  36.27 
 
 
379 aa  242  7e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0118  carboxynorspermidine decarboxylase  35.89 
 
 
408 aa  242  7.999999999999999e-63  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2140  carboxynorspermidine decarboxylase  38.38 
 
 
380 aa  242  9e-63  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0747  carboxynorspermidine decarboxylase  36.02 
 
 
375 aa  239  5e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1153  carboxynorspermidine decarboxylase  35 
 
 
385 aa  239  8e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.214517  normal  0.177678 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0124  carboxynorspermidine decarboxylase  36.46 
 
 
406 aa  233  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0152  carboxynorspermidine decarboxylase  34.49 
 
 
378 aa  221  9.999999999999999e-57  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1792  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.06 
 
 
399 aa  219  5e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1198  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.69 
 
 
390 aa  215  9.999999999999999e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4441  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.07 
 
 
390 aa  214  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1082  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.31 
 
 
390 aa  209  5e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.177671 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1657  carboxynorspermidine decarboxylase  35.77 
 
 
400 aa  208  1e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0238429 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0795  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  32.28 
 
 
1055 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0550  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  32.28 
 
 
1113 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0661  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  32.28 
 
 
1086 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1615  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  32.28 
 
 
1058 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.374514  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0479  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  32.28 
 
 
1076 aa  194  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.303637  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1968  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  32.28 
 
 
1134 aa  194  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.278028  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2063  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  32.44 
 
 
1110 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2593  carboxynorspermidine decarboxylase  34.86 
 
 
375 aa  186  5e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  23.19 
 
 
447 aa  78.6  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  27.84 
 
 
445 aa  74.3  0.000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  27.89 
 
 
416 aa  72.8  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  25.77 
 
 
416 aa  68.9  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  26.15 
 
 
443 aa  67.8  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  24.68 
 
 
416 aa  65.5  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  25.34 
 
 
416 aa  64.3  0.000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  24.64 
 
 
466 aa  63.5  0.000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  21.55 
 
 
407 aa  62.4  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21592  diaminopimelate decarboxylase  23.54 
 
 
481 aa  62  0.00000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1791  diaminopimelate decarboxylase  26.13 
 
 
423 aa  62.8  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  21.87 
 
 
406 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  21.55 
 
 
410 aa  62  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  23.22 
 
 
409 aa  61.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  23.29 
 
 
418 aa  60.5  0.00000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1495  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.71 
 
 
401 aa  60.1  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  25.74 
 
 
443 aa  60.1  0.00000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3415  diaminopimelate decarboxylase  24.81 
 
 
444 aa  59.7  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.656066  normal  0.0355245 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1034  diaminopimelate decarboxylase  22.77 
 
 
448 aa  59.7  0.00000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  25.63 
 
 
418 aa  58.9  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  27.8 
 
 
418 aa  58.9  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0406  diaminopimelate decarboxylase  24.62 
 
 
445 aa  59.3  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.809401  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3166  diaminopimelate decarboxylase  31.05 
 
 
413 aa  59.3  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.603838 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1229  diaminopimelate decarboxylase  27.19 
 
 
453 aa  58.5  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.972871  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1746  diaminopimelate decarboxylase  21.36 
 
 
435 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.147436  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  25.06 
 
 
402 aa  57.4  0.0000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  22.47 
 
 
394 aa  57  0.0000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  25.75 
 
 
414 aa  57  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>