122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0354 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0354  carboxynorspermidine decarboxylase  100 
 
 
387 aa  800    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.434135  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1867  carboxynorspermidine decarboxylase  76.98 
 
 
382 aa  619  1e-176  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1688  carboxynorspermidine decarboxylase  76.8 
 
 
382 aa  613  9.999999999999999e-175  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0811745  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1507  carboxynorspermidine decarboxylase  75.93 
 
 
382 aa  613  9.999999999999999e-175  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2141  carboxynorspermidine decarboxylase  60.05 
 
 
379 aa  478  1e-134  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0396  carboxynorspermidine decarboxylase  58.67 
 
 
380 aa  473  1e-132  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000394285  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0338  carboxynorspermidine decarboxylase  56.59 
 
 
377 aa  458  9.999999999999999e-129  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0118  carboxynorspermidine decarboxylase  54.74 
 
 
408 aa  445  1.0000000000000001e-124  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1180  carboxynorspermidine decarboxylase  53.65 
 
 
382 aa  422  1e-117  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.477804  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2140  carboxynorspermidine decarboxylase  56.5 
 
 
380 aa  424  1e-117  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1129  carboxynorspermidine decarboxylase  48.08 
 
 
382 aa  384  1e-105  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1556  carboxynorspermidine decarboxylase  45.41 
 
 
376 aa  375  1e-103  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000119518  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1921  carboxynorspermidine decarboxylase  46.44 
 
 
378 aa  363  3e-99  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.380806  hitchhiker  0.00337134 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0982  carboxynorspermidine decarboxylase  45.79 
 
 
384 aa  362  9e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1677  carboxynorspermidine decarboxylase  44.74 
 
 
384 aa  361  1e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000607636  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1317  carboxynorspermidine decarboxylase  43.04 
 
 
408 aa  359  5e-98  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0903  carboxynorspermidine decarboxylase  45 
 
 
384 aa  353  4e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000370822 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1308  carboxynorspermidine decarboxylase  44.85 
 
 
384 aa  352  5e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000618886 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2538  carboxynorspermidine decarboxylase  45.53 
 
 
400 aa  350  3e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3051  carboxynorspermidine decarboxylase  44.24 
 
 
379 aa  350  3e-95  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2096  carboxynorspermidine decarboxylase  44.47 
 
 
397 aa  349  5e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03352  Carboxynorspermidine decarboxylase  45.12 
 
 
376 aa  349  5e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.16649  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2917  carboxynorspermidine decarboxylase  43.8 
 
 
384 aa  345  1e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0747  carboxynorspermidine decarboxylase  43.08 
 
 
375 aa  342  5e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6505  carboxynorspermidine decarboxylase  42.89 
 
 
399 aa  340  2.9999999999999998e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.136453  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2515  carboxynorspermidine decarboxylase  41.56 
 
 
390 aa  339  4e-92  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721977  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1596  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.65 
 
 
387 aa  338  8e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00157002  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3524  carboxynorspermidine decarboxylase  42.97 
 
 
386 aa  338  9.999999999999999e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2609  carboxynorspermidine decarboxylase  42.64 
 
 
392 aa  334  1e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1153  carboxynorspermidine decarboxylase  40.57 
 
 
385 aa  326  6e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.214517  normal  0.177678 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0124  carboxynorspermidine decarboxylase  42.11 
 
 
406 aa  321  1.9999999999999998e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2319  carboxynorspermidine decarboxylase  40.36 
 
 
389 aa  318  1e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0573  carboxynorspermidine decarboxylase  38.96 
 
 
391 aa  310  2e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4441  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.08 
 
 
390 aa  310  2.9999999999999997e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1532  carboxynorspermidine decarboxylase  38.5 
 
 
405 aa  306  4.0000000000000004e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1792  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.31 
 
 
399 aa  304  2.0000000000000002e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1657  carboxynorspermidine decarboxylase  38.64 
 
 
400 aa  301  1e-80  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0238429 
 
 
-
 
NC_002950  PG0152  carboxynorspermidine decarboxylase  37.24 
 
 
378 aa  301  2e-80  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1082  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.95 
 
 
390 aa  282  7.000000000000001e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.177671 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1381  carboxynorspermidine decarboxylase  40.37 
 
 
365 aa  275  7e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000914545  normal  0.67918 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1198  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.91 
 
 
390 aa  273  4.0000000000000004e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2136  carboxynorspermidine decarboxylase  37.99 
 
 
381 aa  272  6e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0231313  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1230  carboxynorspermidine decarboxylase  37.08 
 
 
387 aa  264  2e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000654114  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0987  carboxynorspermidine decarboxylase  38.56 
 
 
365 aa  263  3e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.728912  hitchhiker  0.0000164001 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4156  carboxynorspermidine decarboxylase  37.17 
 
 
365 aa  263  4.999999999999999e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0736127  normal  0.854388 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5843  carboxynorspermidine decarboxylase  37.17 
 
 
365 aa  261  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.883697  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2126  carboxynorspermidine decarboxylase  38.17 
 
 
365 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.934479  normal  0.236457 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2929  carboxynorspermidine decarboxylase  37.9 
 
 
365 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2763  carboxynorspermidine decarboxylase  37.9 
 
 
365 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.327061  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2956  carboxynorspermidine decarboxylase  36.24 
 
 
368 aa  259  5.0000000000000005e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.64779  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1502  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.8 
 
 
414 aa  258  8e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1716  carboxynorspermidine decarboxylase  38.83 
 
 
379 aa  258  1e-67  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171564  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0029  carboxynorspermidine decarboxylase  37.7 
 
 
365 aa  258  2e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0437  carboxynorspermidine decarboxylase  38.17 
 
 
389 aa  257  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378018  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2843  carboxynorspermidine decarboxylase  37.63 
 
 
365 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.239369 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2883  carboxynorspermidine decarboxylase  35.66 
 
 
365 aa  257  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0351  carboxynorspermidine decarboxylase  37.9 
 
 
365 aa  256  4e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003103  carboxynorspermidine decarboxylase putative  37.2 
 
 
377 aa  256  5e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0984903  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0334  carboxynorspermidine decarboxylase  37.63 
 
 
365 aa  255  7e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.47731  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1474  putative carboxynorspermidine decarboxylase protein  35.66 
 
 
365 aa  256  7e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0913  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.82 
 
 
417 aa  254  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2290  carboxynorspermidine decarboxylase  36.51 
 
 
376 aa  254  2.0000000000000002e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0125  carboxynorspermidine decarboxylase  35.39 
 
 
365 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.416541 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02739  hypothetical protein  37.33 
 
 
377 aa  253  3e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2063  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  29.64 
 
 
1110 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0795  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  29.53 
 
 
1055 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0550  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  29.53 
 
 
1113 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0661  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  29.53 
 
 
1086 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1615  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  29.53 
 
 
1058 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.374514  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0479  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  29.53 
 
 
1076 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.303637  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1968  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  29.53 
 
 
1134 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.278028  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2593  carboxynorspermidine decarboxylase  32.46 
 
 
375 aa  206  7e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  21.2 
 
 
434 aa  68.2  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  21.08 
 
 
425 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2991  diaminopimelate decarboxylase  22.95 
 
 
435 aa  56.2  0.0000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000347646  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1225  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  20.55 
 
 
413 aa  53.9  0.000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0407  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  23.21 
 
 
857 aa  53.5  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  19.23 
 
 
421 aa  53.5  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  20.31 
 
 
416 aa  53.5  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  22.74 
 
 
405 aa  53.5  0.000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6013  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  20.94 
 
 
486 aa  52.4  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2188  diaminopimelate decarboxylase  22.86 
 
 
382 aa  51.2  0.00003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1495  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.29 
 
 
401 aa  50.1  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02010  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  21.89 
 
 
850 aa  50.1  0.00006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  22.56 
 
 
420 aa  50.1  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1656  aspartate kinase  20.48 
 
 
878 aa  48.9  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  21.95 
 
 
420 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  21.07 
 
 
400 aa  48.5  0.0002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21592  diaminopimelate decarboxylase  24.21 
 
 
481 aa  48.5  0.0002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  18.77 
 
 
421 aa  48.9  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0753  diaminopimelate decarboxylase  19.28 
 
 
420 aa  48.1  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0244926  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  20.06 
 
 
394 aa  47.8  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.08 
 
 
393 aa  47.8  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0402  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  21.19 
 
 
868 aa  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1791  diaminopimelate decarboxylase  21.43 
 
 
423 aa  47.4  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  20.11 
 
 
466 aa  47.4  0.0005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  21.95 
 
 
420 aa  47.4  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  20.34 
 
 
420 aa  47.4  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  21.95 
 
 
420 aa  47  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  21.65 
 
 
420 aa  46.6  0.0007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>