More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3024 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  99.76 
 
 
420 aa  862    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  99.76 
 
 
420 aa  862    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  85.24 
 
 
420 aa  745    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  76.43 
 
 
420 aa  682    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  99.76 
 
 
420 aa  862    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  77.03 
 
 
420 aa  669    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0753  diaminopimelate decarboxylase  76.43 
 
 
420 aa  660    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0244926  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  77.03 
 
 
420 aa  668    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  77.32 
 
 
420 aa  665    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 
420 aa  864    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  74.16 
 
 
420 aa  648    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  88.33 
 
 
420 aa  764    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  88.57 
 
 
420 aa  764    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  76.83 
 
 
420 aa  664    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  88.33 
 
 
420 aa  763    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  99.76 
 
 
420 aa  862    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  99.52 
 
 
420 aa  862    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  99.29 
 
 
420 aa  860    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  88.1 
 
 
420 aa  758    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0973  diaminopimelate decarboxylase  77.03 
 
 
420 aa  669    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  99.05 
 
 
420 aa  857    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  99.76 
 
 
420 aa  862    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  88.57 
 
 
420 aa  764    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5726  diaminopimelate decarboxylase  65.05 
 
 
416 aa  549  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  63.81 
 
 
412 aa  550  1e-155  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  65.05 
 
 
416 aa  545  1e-154  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  63.39 
 
 
412 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  62.9 
 
 
412 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  62.9 
 
 
412 aa  534  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  62.9 
 
 
412 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  62.01 
 
 
413 aa  535  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  62.9 
 
 
412 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  62.65 
 
 
412 aa  532  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4766  diaminopimelate decarboxylase  66.17 
 
 
414 aa  528  1e-149  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.646953  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1818  diaminopimelate decarboxylase  64.78 
 
 
431 aa  525  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661432  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  61.89 
 
 
417 aa  525  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3663  diaminopimelate decarboxylase  59.6 
 
 
410 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.555835  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2077  diaminopimelate decarboxylase  59.34 
 
 
410 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0728152 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  57.97 
 
 
415 aa  490  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  58.84 
 
 
410 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  35.54 
 
 
434 aa  250  4e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  33.09 
 
 
416 aa  237  2e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  36.14 
 
 
409 aa  238  2e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  32.85 
 
 
406 aa  232  9e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  36.26 
 
 
453 aa  231  1e-59  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  32.85 
 
 
398 aa  231  2e-59  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28310  Diaminopimelate decarboxylase  35.39 
 
 
471 aa  229  7e-59  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0114023  hitchhiker  0.00277036 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  34.31 
 
 
407 aa  226  7e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  34.79 
 
 
406 aa  226  8e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  33.57 
 
 
421 aa  223  6e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  34.31 
 
 
425 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  34.47 
 
 
421 aa  220  3e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  33.74 
 
 
424 aa  221  3e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  33.1 
 
 
447 aa  212  1e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  35.48 
 
 
429 aa  208  1e-52  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  34.27 
 
 
420 aa  206  4e-52  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  36.14 
 
 
430 aa  202  7e-51  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2740  diaminopimelate decarboxylase  31.26 
 
 
411 aa  201  1.9999999999999998e-50  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  31.59 
 
 
412 aa  201  1.9999999999999998e-50  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  32.84 
 
 
410 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  34.93 
 
 
412 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  34.13 
 
 
433 aa  197  3e-49  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  32.34 
 
 
466 aa  197  4.0000000000000005e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21592  diaminopimelate decarboxylase  34.19 
 
 
481 aa  196  5.000000000000001e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  31.82 
 
 
402 aa  196  6e-49  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  31.82 
 
 
402 aa  196  7e-49  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  33.65 
 
 
401 aa  195  1e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0402  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  34.21 
 
 
868 aa  195  1e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  31.82 
 
 
402 aa  195  2e-48  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0461  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  33.95 
 
 
868 aa  194  3e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  35.17 
 
 
430 aa  193  5e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  33.81 
 
 
430 aa  193  6e-48  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  31.63 
 
 
432 aa  192  7e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  33.88 
 
 
421 aa  192  9e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  34.98 
 
 
418 aa  192  1e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  32.06 
 
 
407 aa  192  1e-47  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1656  aspartate kinase  33.51 
 
 
878 aa  191  2e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  33.5 
 
 
394 aa  190  2.9999999999999997e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  31.07 
 
 
399 aa  191  2.9999999999999997e-47  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  34.13 
 
 
416 aa  190  4e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3166  diaminopimelate decarboxylase  31.21 
 
 
413 aa  190  5e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.603838 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  32.77 
 
 
417 aa  189  1e-46  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02010  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  33.94 
 
 
850 aa  189  1e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2862  diaminopimelate decarboxylase  33.64 
 
 
423 aa  188  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0197535  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1775  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  31.65 
 
 
859 aa  188  2e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  35.71 
 
 
415 aa  187  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  32.95 
 
 
421 aa  187  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  32.85 
 
 
419 aa  187  4e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  34.05 
 
 
417 aa  186  8e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  32.51 
 
 
415 aa  186  8e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0041  diaminopimelate decarboxylase  30.96 
 
 
421 aa  186  9e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.437243  hitchhiker  0.00781145 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  35.19 
 
 
419 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  35.1 
 
 
415 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  36.14 
 
 
415 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  32.87 
 
 
421 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  35.19 
 
 
419 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  31.59 
 
 
403 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  34.47 
 
 
425 aa  184  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  33.02 
 
 
421 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  31.01 
 
 
418 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>