172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_1716 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_1716  carboxynorspermidine decarboxylase  100 
 
 
379 aa  786    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171564  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1502  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  71.86 
 
 
414 aa  587  1e-166  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0913  pyridoxal-dependent decarboxylase  72.11 
 
 
417 aa  583  1.0000000000000001e-165  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0334  carboxynorspermidine decarboxylase  61.74 
 
 
365 aa  471  1e-132  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.47731  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0351  carboxynorspermidine decarboxylase  62.01 
 
 
365 aa  473  1e-132  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0437  carboxynorspermidine decarboxylase  61.48 
 
 
389 aa  465  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378018  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5843  carboxynorspermidine decarboxylase  60.42 
 
 
365 aa  457  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.883697  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2956  carboxynorspermidine decarboxylase  58.73 
 
 
368 aa  453  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.64779  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1381  carboxynorspermidine decarboxylase  60.69 
 
 
365 aa  452  1.0000000000000001e-126  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000914545  normal  0.67918 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4156  carboxynorspermidine decarboxylase  58.31 
 
 
365 aa  448  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0736127  normal  0.854388 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2929  carboxynorspermidine decarboxylase  56.46 
 
 
365 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0029  carboxynorspermidine decarboxylase  57.78 
 
 
365 aa  434  1e-121  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2883  carboxynorspermidine decarboxylase  57.94 
 
 
365 aa  435  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2763  carboxynorspermidine decarboxylase  56.46 
 
 
365 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.327061  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2126  carboxynorspermidine decarboxylase  55.94 
 
 
365 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.934479  normal  0.236457 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2843  carboxynorspermidine decarboxylase  56.73 
 
 
365 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.239369 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0987  carboxynorspermidine decarboxylase  56.99 
 
 
365 aa  433  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.728912  hitchhiker  0.0000164001 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1474  putative carboxynorspermidine decarboxylase protein  57.14 
 
 
365 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0125  carboxynorspermidine decarboxylase  57.14 
 
 
365 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.416541 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2136  carboxynorspermidine decarboxylase  50 
 
 
381 aa  353  4e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0231313  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1230  carboxynorspermidine decarboxylase  47.88 
 
 
387 aa  345  1e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000654114  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02739  hypothetical protein  48.55 
 
 
377 aa  339  5.9999999999999996e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003103  carboxynorspermidine decarboxylase putative  48.02 
 
 
377 aa  335  5.999999999999999e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0984903  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2290  carboxynorspermidine decarboxylase  48.15 
 
 
376 aa  331  1e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1596  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.97 
 
 
387 aa  284  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00157002  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2319  carboxynorspermidine decarboxylase  39.74 
 
 
389 aa  279  6e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1556  carboxynorspermidine decarboxylase  41.67 
 
 
376 aa  278  8e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000119518  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0573  carboxynorspermidine decarboxylase  39.03 
 
 
391 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6505  carboxynorspermidine decarboxylase  39.85 
 
 
399 aa  271  1e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.136453  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1129  carboxynorspermidine decarboxylase  40.36 
 
 
382 aa  268  8.999999999999999e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1921  carboxynorspermidine decarboxylase  38.42 
 
 
378 aa  268  8.999999999999999e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.380806  hitchhiker  0.00337134 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0396  carboxynorspermidine decarboxylase  40.62 
 
 
380 aa  268  1e-70  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000394285  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1180  carboxynorspermidine decarboxylase  40.47 
 
 
382 aa  266  4e-70  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.477804  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1317  carboxynorspermidine decarboxylase  38.72 
 
 
408 aa  266  4e-70  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2538  carboxynorspermidine decarboxylase  38.42 
 
 
400 aa  265  1e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1308  carboxynorspermidine decarboxylase  39.05 
 
 
384 aa  263  4e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000618886 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2917  carboxynorspermidine decarboxylase  39.05 
 
 
384 aa  261  1e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0903  carboxynorspermidine decarboxylase  38.68 
 
 
384 aa  259  4e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000370822 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1677  carboxynorspermidine decarboxylase  37.27 
 
 
384 aa  256  4e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000607636  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1532  carboxynorspermidine decarboxylase  37.28 
 
 
405 aa  256  4e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2515  carboxynorspermidine decarboxylase  37.89 
 
 
390 aa  255  7e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721977  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2096  carboxynorspermidine decarboxylase  37.37 
 
 
397 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0982  carboxynorspermidine decarboxylase  38.22 
 
 
384 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1688  carboxynorspermidine decarboxylase  38.68 
 
 
382 aa  250  3e-65  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0811745  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1867  carboxynorspermidine decarboxylase  38.42 
 
 
382 aa  249  4e-65  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1507  carboxynorspermidine decarboxylase  38.42 
 
 
382 aa  250  4e-65  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2141  carboxynorspermidine decarboxylase  37.96 
 
 
379 aa  249  7e-65  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2609  carboxynorspermidine decarboxylase  36.76 
 
 
392 aa  247  2e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0124  carboxynorspermidine decarboxylase  35.75 
 
 
406 aa  247  3e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0354  carboxynorspermidine decarboxylase  38.83 
 
 
387 aa  246  4e-64  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.434135  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0118  carboxynorspermidine decarboxylase  35.56 
 
 
408 aa  242  7e-63  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3051  carboxynorspermidine decarboxylase  37.47 
 
 
379 aa  242  7.999999999999999e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0338  carboxynorspermidine decarboxylase  36.75 
 
 
377 aa  241  1e-62  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03352  Carboxynorspermidine decarboxylase  37.53 
 
 
376 aa  238  2e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.16649  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3524  carboxynorspermidine decarboxylase  35.09 
 
 
386 aa  233  3e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0747  carboxynorspermidine decarboxylase  37.21 
 
 
375 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1082  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.05 
 
 
390 aa  230  3e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.177671 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1198  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.64 
 
 
390 aa  227  3e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4441  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.14 
 
 
390 aa  221  9.999999999999999e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2140  carboxynorspermidine decarboxylase  36.87 
 
 
380 aa  219  5e-56  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1792  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.62 
 
 
399 aa  219  7e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1153  carboxynorspermidine decarboxylase  33.42 
 
 
385 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.214517  normal  0.177678 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1657  carboxynorspermidine decarboxylase  33.08 
 
 
400 aa  213  4.9999999999999996e-54  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0238429 
 
 
-
 
NC_002950  PG0152  carboxynorspermidine decarboxylase  32.37 
 
 
378 aa  205  9e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2593  carboxynorspermidine decarboxylase  33.51 
 
 
375 aa  203  4e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0795  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  29.47 
 
 
1055 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0479  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  29.47 
 
 
1076 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.303637  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0550  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  29.47 
 
 
1113 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0661  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  29.47 
 
 
1086 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1615  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  29.47 
 
 
1058 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.374514  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1968  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  29.47 
 
 
1134 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.278028  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2063  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  29.37 
 
 
1110 aa  179  7e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  23.97 
 
 
416 aa  67.8  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  23.24 
 
 
418 aa  67.4  0.0000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  23.47 
 
 
417 aa  67  0.0000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  25.51 
 
 
416 aa  62.8  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  23.19 
 
 
427 aa  62  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  22.91 
 
 
427 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  23.27 
 
 
417 aa  61.2  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  22.66 
 
 
427 aa  60.5  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  23.55 
 
 
416 aa  60.5  0.00000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  21.36 
 
 
447 aa  59.7  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  25.88 
 
 
445 aa  59.7  0.00000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  24.47 
 
 
435 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  20.41 
 
 
421 aa  57.8  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  24.63 
 
 
432 aa  57.4  0.0000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0279  diaminopimelate decarboxylase  26.03 
 
 
451 aa  56.6  0.0000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2188  diaminopimelate decarboxylase  22.68 
 
 
382 aa  55.8  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21592  diaminopimelate decarboxylase  22.41 
 
 
481 aa  55.5  0.000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  19.67 
 
 
394 aa  55.8  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  21.28 
 
 
407 aa  56.2  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2875  Orn/DAP/Arg decarboxylase family protein  23.36 
 
 
461 aa  54.7  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.467454  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  24.62 
 
 
423 aa  54.7  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  21.01 
 
 
397 aa  54.7  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.627883  normal  0.114267 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3033  Diaminopimelate decarboxylase  25 
 
 
439 aa  54.7  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000267  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  22.45 
 
 
406 aa  53.5  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  21.24 
 
 
421 aa  53.5  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  21.72 
 
 
431 aa  53.5  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  21.24 
 
 
421 aa  53.1  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  21.55 
 
 
421 aa  52.8  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>