More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG2188 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG2188  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 382 aa  783    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2332  diaminopimelate decarboxylase  51.31 
 
 		 384 aa  384  1e-105  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.247782  normal  0.140029 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  40.75 
 
 		 420 aa  276  4e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  41.98 
 
 		 422 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  41.73 
 
 		 421 aa  273  3e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  41.67 
 
 		 421 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3860  diaminopimelate decarboxylase  41.71 
 
 		 422 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0818449 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  40.7 
 
 		 419 aa  267  2e-70  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  42.71 
 
 		 421 aa  268  2e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  41.67 
 
 		 421 aa  268  2e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  40.94 
 
 		 421 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  40.58 
 
 		 421 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  40.91 
 
 		 422 aa  265  8e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  41.24 
 
 		 421 aa  263  3e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1199  diaminopimelate decarboxylase  43.39 
 
 		 418 aa  262  6e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0292186  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1147  diaminopimelate decarboxylase  41.88 
 
 		 421 aa  263  6e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0050  diaminopimelate decarboxylase  42.29 
 
 		 423 aa  261  2e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0203  diaminopimelate decarboxylase  40.47 
 
 		 419 aa  260  3e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.628049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  42.02 
 
 		 422 aa  260  4e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  40.05 
 
 		 421 aa  259  4e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  42.26 
 
 		 415 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  41.18 
 
 		 422 aa  259  6e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  40.9 
 
 		 427 aa  259  8e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  40.63 
 
 		 427 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  41.41 
 
 		 432 aa  258  1e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  40.68 
 
 		 420 aa  257  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  40.11 
 
 		 427 aa  258  2e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  39.74 
 
 		 414 aa  256  3e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  40.26 
 
 		 445 aa  256  4e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  40.86 
 
 		 451 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0777  diaminopimelate decarboxylase  41.8 
 
 		 427 aa  255  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3606  diaminopimelate decarboxylase  40.68 
 
 		 420 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00198954  hitchhiker  0.0000000450016 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  39.9 
 
 		 415 aa  255  1.0000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3766  diaminopimelate decarboxylase  40.42 
 
 		 423 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.795007  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  39.53 
 
 		 414 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2756  diaminopimelate decarboxylase  40.42 
 
 		 423 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.303641  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1897  diaminopimelate decarboxylase  40.42 
 
 		 423 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.705809  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3737  diaminopimelate decarboxylase  40.42 
 
 		 423 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3031  diaminopimelate decarboxylase  40.62 
 
 		 423 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3708  diaminopimelate decarboxylase  40.42 
 
 		 423 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3451  diaminopimelate decarboxylase  40.42 
 
 		 423 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3197  diaminopimelate decarboxylase  40.42 
 
 		 423 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  41.58 
 
 		 416 aa  253  3e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  40.84 
 
 		 414 aa  253  3e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  39.21 
 
 		 414 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1600  diaminopimelate decarboxylase  41.02 
 
 		 422 aa  253  5.000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.458641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  41.25 
 
 		 414 aa  252  6e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  38.54 
 
 		 412 aa  251  1e-65  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  38.74 
 
 		 421 aa  251  1e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  40.73 
 
 		 418 aa  251  1e-65  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  39.73 
 
 		 417 aa  251  1e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  38.98 
 
 		 419 aa  251  1e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  40.16 
 
 		 417 aa  250  2e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  40.27 
 
 		 415 aa  251  2e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  40.27 
 
 		 421 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  41.84 
 
 		 422 aa  251  2e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  40.27 
 
 		 420 aa  250  3e-65  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  40.81 
 
 		 423 aa  250  3e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  40.53 
 
 		 431 aa  250  3e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4020  diaminopimelate decarboxylase  40.73 
 
 		 423 aa  249  4e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0669  diaminopimelate decarboxylase  40.36 
 
 		 428 aa  249  4e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.478543  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  38.89 
 
 		 414 aa  249  5e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  40.21 
 
 		 421 aa  249  6e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  39.63 
 
 		 420 aa  249  8e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  40.94 
 
 		 415 aa  248  1e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  39.63 
 
 		 421 aa  248  1e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  39.41 
 
 		 421 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  37.4 
 
 		 447 aa  248  1e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1908  diaminopimelate decarboxylase  39.63 
 
 		 421 aa  248  1e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  39.11 
 
 		 417 aa  248  1e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  38.48 
 
 		 401 aa  248  1e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  38.16 
 
 		 416 aa  248  1e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  39.41 
 
 		 421 aa  248  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  39.74 
 
 		 418 aa  247  2e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  39.58 
 
 		 434 aa  246  4e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  40.05 
 
 		 417 aa  246  4e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  40.89 
 
 		 418 aa  246  4e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  40.05 
 
 		 417 aa  246  4e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  40 
 
 		 423 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  41.91 
 
 		 422 aa  246  4.9999999999999997e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2862  diaminopimelate decarboxylase  39.28 
 
 		 423 aa  245  8e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0197535  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2675  diaminopimelate decarboxylase  39.28 
 
 		 419 aa  245  9e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  39.32 
 
 		 417 aa  244  9.999999999999999e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  38.1 
 
 		 414 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  38.56 
 
 		 445 aa  244  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  40.42 
 
 		 431 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  37.83 
 
 		 414 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1682  diaminopimelate decarboxylase  40.11 
 
 		 430 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  39.68 
 
 		 416 aa  244  1.9999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  39.21 
 
 		 419 aa  244  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  40.42 
 
 		 431 aa  243  3e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  40.53 
 
 		 412 aa  243  3e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  37.83 
 
 		 414 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  40.48 
 
 		 425 aa  243  5e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  38.16 
 
 		 414 aa  242  1e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0041  diaminopimelate decarboxylase  39.74 
 
 		 421 aa  241  1e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.437243  hitchhiker  0.00781145 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  40.43 
 
 		 422 aa  240  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  39.37 
 
 		 417 aa  241  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  38.85 
 
 		 421 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  38.38 
 
 		 407 aa  239  4e-62  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>