More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2862 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2862  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 423 aa  841    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0197535  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0203  diaminopimelate decarboxylase  61.94 
 
 		 419 aa  509  1e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.628049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2675  diaminopimelate decarboxylase  60.99 
 
 		 419 aa  486  1e-136  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  57.04 
 
 		 421 aa  472  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  56.34 
 
 		 421 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  56.81 
 
 		 421 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  55.16 
 
 		 422 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  56.34 
 
 		 421 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  55.63 
 
 		 421 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  56.57 
 
 		 421 aa  467  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3860  diaminopimelate decarboxylase  54.93 
 
 		 422 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0818449 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  56.57 
 
 		 421 aa  457  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  54.93 
 
 		 431 aa  455  1e-127  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  53.76 
 
 		 422 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1147  diaminopimelate decarboxylase  56.81 
 
 		 421 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  54.46 
 
 		 421 aa  454  1.0000000000000001e-126  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  54.69 
 
 		 421 aa  452  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  53.99 
 
 		 421 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  53.99 
 
 		 421 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  56.57 
 
 		 421 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  55.87 
 
 		 422 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  56.1 
 
 		 421 aa  443  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  54.46 
 
 		 421 aa  444  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  55.87 
 
 		 422 aa  441  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1682  diaminopimelate decarboxylase  55.87 
 
 		 430 aa  442  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  53.52 
 
 		 421 aa  444  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1600  diaminopimelate decarboxylase  56.81 
 
 		 422 aa  441  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.458641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1908  diaminopimelate decarboxylase  56.1 
 
 		 421 aa  443  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4848  diaminopimelate decarboxylase  56.34 
 
 		 423 aa  436  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0946328 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  55.63 
 
 		 425 aa  436  1e-121  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4020  diaminopimelate decarboxylase  55.63 
 
 		 423 aa  437  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1721  diaminopimelate decarboxylase  55.4 
 
 		 422 aa  429  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0050  diaminopimelate decarboxylase  54.1 
 
 		 423 aa  430  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  49.06 
 
 		 420 aa  427  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2123  diaminopimelate decarboxylase  55.63 
 
 		 422 aa  426  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.520792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  53.05 
 
 		 422 aa  416  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  52.94 
 
 		 432 aa  409  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4044  diaminopimelate decarboxylase  56.1 
 
 		 422 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.181053 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  50 
 
 		 420 aa  394  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  45.61 
 
 		 417 aa  389  1e-107  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  46.93 
 
 		 417 aa  382  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  47.41 
 
 		 417 aa  382  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  48.93 
 
 		 415 aa  382  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  50.24 
 
 		 417 aa  382  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  48.34 
 
 		 414 aa  379  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  48.93 
 
 		 445 aa  379  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  48.58 
 
 		 414 aa  376  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  46.7 
 
 		 417 aa  377  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  48.22 
 
 		 417 aa  378  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  49.76 
 
 		 417 aa  378  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0056  diaminopimelate decarboxylase  47.18 
 
 		 424 aa  374  1e-102  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  49.29 
 
 		 414 aa  374  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  44.81 
 
 		 417 aa  369  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  51.66 
 
 		 415 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  48.82 
 
 		 416 aa  370  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  51.19 
 
 		 418 aa  369  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  51.42 
 
 		 415 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  49.76 
 
 		 415 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  47.52 
 
 		 415 aa  365  1e-100  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  51.18 
 
 		 415 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  47.87 
 
 		 414 aa  366  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  50.95 
 
 		 415 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  47.87 
 
 		 414 aa  367  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  50 
 
 		 415 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  47.52 
 
 		 414 aa  366  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  48.1 
 
 		 414 aa  367  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  49.76 
 
 		 415 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  47.87 
 
 		 414 aa  366  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  47.87 
 
 		 414 aa  366  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  48.33 
 
 		 422 aa  366  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  47.29 
 
 		 434 aa  368  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  45.84 
 
 		 419 aa  365  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  47.87 
 
 		 414 aa  365  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  47.99 
 
 		 416 aa  363  3e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  47.88 
 
 		 427 aa  361  1e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  50.47 
 
 		 415 aa  361  1e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  47.64 
 
 		 427 aa  361  1e-98  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  49.07 
 
 		 425 aa  362  1e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  47.88 
 
 		 427 aa  361  1e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  50.47 
 
 		 415 aa  360  3e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  47.41 
 
 		 417 aa  360  4e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  45.69 
 
 		 418 aa  359  5e-98  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  47.02 
 
 		 415 aa  359  5e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  50.24 
 
 		 415 aa  359  6e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  45.11 
 
 		 423 aa  359  6e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  46.93 
 
 		 417 aa  358  7e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  48.11 
 
 		 417 aa  358  9e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  50.84 
 
 		 423 aa  358  9.999999999999999e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  51.42 
 
 		 415 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  47.99 
 
 		 417 aa  357  2.9999999999999997e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  46.93 
 
 		 422 aa  357  2.9999999999999997e-97  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  49.29 
 
 		 414 aa  355  6.999999999999999e-97  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  50 
 
 		 414 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  47.39 
 
 		 414 aa  354  2e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  47.39 
 
 		 414 aa  354  2e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  47.39 
 
 		 414 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  47.39 
 
 		 414 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  47.39 
 
 		 414 aa  350  2e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  48.92 
 
 		 451 aa  350  3e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  43.72 
 
 		 429 aa  349  5e-95  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>