More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0050 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  74.17 
 
 		 422 aa  645    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0050  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 423 aa  857    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  65.96 
 
 		 422 aa  574  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  65.48 
 
 		 422 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1682  diaminopimelate decarboxylase  67.14 
 
 		 430 aa  568  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3860  diaminopimelate decarboxylase  64.78 
 
 		 422 aa  569  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0818449 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4848  diaminopimelate decarboxylase  66.59 
 
 		 423 aa  570  1e-161  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0946328 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  66.59 
 
 		 422 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  66.04 
 
 		 421 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  65.88 
 
 		 422 aa  560  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  66.04 
 
 		 421 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  63.51 
 
 		 421 aa  551  1e-156  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  63.98 
 
 		 421 aa  553  1e-156  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  64.45 
 
 		 421 aa  553  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2123  diaminopimelate decarboxylase  65.88 
 
 		 422 aa  548  1e-155  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.520792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  63.92 
 
 		 421 aa  548  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1721  diaminopimelate decarboxylase  65.88 
 
 		 422 aa  550  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1147  diaminopimelate decarboxylase  64.93 
 
 		 421 aa  546  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  63.03 
 
 		 421 aa  545  1e-154  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  63.98 
 
 		 421 aa  541  1e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1908  diaminopimelate decarboxylase  63.98 
 
 		 421 aa  541  1e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4020  diaminopimelate decarboxylase  64.22 
 
 		 423 aa  540  9.999999999999999e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  63.27 
 
 		 421 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1600  diaminopimelate decarboxylase  62.41 
 
 		 422 aa  521  1e-147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.458641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0056  diaminopimelate decarboxylase  57.28 
 
 		 424 aa  496  1e-139  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  58.06 
 
 		 421 aa  492  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  58.29 
 
 		 431 aa  493  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4044  diaminopimelate decarboxylase  62.56 
 
 		 422 aa  490  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.181053 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  55.69 
 
 		 421 aa  485  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  54.27 
 
 		 420 aa  483  1e-135  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  57.88 
 
 		 421 aa  484  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  57.88 
 
 		 421 aa  483  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  56.87 
 
 		 421 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  57.11 
 
 		 421 aa  478  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  56.16 
 
 		 425 aa  451  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2862  diaminopimelate decarboxylase  54.1 
 
 		 423 aa  432  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0197535  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  54.24 
 
 		 427 aa  419  1e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  53.75 
 
 		 427 aa  415  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  53.75 
 
 		 427 aa  417  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  51.09 
 
 		 419 aa  413  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  52.54 
 
 		 422 aa  411  1e-113  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  50.95 
 
 		 417 aa  411  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  50.12 
 
 		 416 aa  402  1e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  49.28 
 
 		 418 aa  402  1e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0203  diaminopimelate decarboxylase  50.94 
 
 		 419 aa  404  1e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.628049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  49.29 
 
 		 434 aa  401  9.999999999999999e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  51.32 
 
 		 445 aa  397  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  48.46 
 
 		 417 aa  392  1e-108  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  50.58 
 
 		 425 aa  392  1e-108  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  48.67 
 
 		 415 aa  394  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  48.94 
 
 		 417 aa  393  1e-108  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  50.72 
 
 		 415 aa  388  1e-107  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  50 
 
 		 414 aa  389  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  48.2 
 
 		 423 aa  388  1e-106  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  48.54 
 
 		 414 aa  385  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  50.94 
 
 		 420 aa  387  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  49.88 
 
 		 432 aa  388  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0666  diaminopimelate decarboxylase  48.62 
 
 		 434 aa  385  1e-106  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  47.67 
 
 		 429 aa  388  1e-106  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  48.46 
 
 		 417 aa  387  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  48.46 
 
 		 417 aa  385  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  50.85 
 
 		 415 aa  384  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  50.61 
 
 		 416 aa  380  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  48.8 
 
 		 412 aa  377  1e-103  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  50 
 
 		 414 aa  378  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  48.3 
 
 		 414 aa  375  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  48.67 
 
 		 418 aa  377  1e-103  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  50 
 
 		 414 aa  376  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  49.15 
 
 		 414 aa  374  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  50.97 
 
 		 418 aa  373  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  50.12 
 
 		 422 aa  375  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  44.81 
 
 		 417 aa  374  1e-102  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  51.48 
 
 		 415 aa  372  1e-102  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  48.69 
 
 		 416 aa  369  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  48.57 
 
 		 417 aa  368  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  47.86 
 
 		 417 aa  368  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2675  diaminopimelate decarboxylase  47.06 
 
 		 419 aa  370  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  48.07 
 
 		 414 aa  370  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  46.06 
 
 		 417 aa  370  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  49.03 
 
 		 414 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  49.03 
 
 		 414 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  48.57 
 
 		 417 aa  369  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  49.03 
 
 		 414 aa  369  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  46.65 
 
 		 414 aa  371  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  50.12 
 
 		 415 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  48.79 
 
 		 414 aa  365  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0041  diaminopimelate decarboxylase  48.08 
 
 		 421 aa  367  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.437243  hitchhiker  0.00781145 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  48.06 
 
 		 414 aa  365  1e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  48.57 
 
 		 417 aa  364  2e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  49.64 
 
 		 415 aa  364  2e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  48.79 
 
 		 414 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  48.79 
 
 		 414 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  48.79 
 
 		 414 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  48.79 
 
 		 414 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  47.71 
 
 		 418 aa  363  3e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  48.9 
 
 		 423 aa  363  3e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  48.9 
 
 		 423 aa  362  6e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  49.27 
 
 		 414 aa  362  6e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  50.12 
 
 		 451 aa  362  1e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  49.03 
 
 		 417 aa  360  2e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>