More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_0214 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 
401 aa  819    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  71.11 
 
 
399 aa  593  1e-168  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  66.08 
 
 
403 aa  561  1.0000000000000001e-159  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  65.61 
 
 
412 aa  557  1e-157  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  67.25 
 
 
403 aa  552  1e-156  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  66.58 
 
 
407 aa  542  1e-153  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  61.4 
 
 
402 aa  503  1e-141  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  61.4 
 
 
402 aa  500  1e-140  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  61.4 
 
 
402 aa  498  1e-139  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  63.8 
 
 
401 aa  494  9.999999999999999e-139  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  50.13 
 
 
412 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  47.31 
 
 
416 aa  389  1e-107  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  47.59 
 
 
418 aa  390  1e-107  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  49.49 
 
 
427 aa  385  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  50.51 
 
 
427 aa  386  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  50 
 
 
427 aa  385  1e-106  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  48.73 
 
 
422 aa  385  1e-106  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  48.35 
 
 
423 aa  384  1e-105  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  48.59 
 
 
434 aa  384  1e-105  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  47.96 
 
 
415 aa  378  1e-103  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  45.74 
 
 
417 aa  368  1e-101  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  47.29 
 
 
417 aa  371  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  47.8 
 
 
417 aa  368  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  47.59 
 
 
415 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  46.8 
 
 
417 aa  363  3e-99  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  47.83 
 
 
414 aa  362  5.0000000000000005e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  46.53 
 
 
417 aa  361  1e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  47.21 
 
 
415 aa  359  4e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  45.96 
 
 
418 aa  358  9e-98  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  47.21 
 
 
414 aa  358  9.999999999999999e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  45.82 
 
 
415 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  47.09 
 
 
415 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  45.82 
 
 
415 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  48.74 
 
 
415 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  45.82 
 
 
415 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  44.42 
 
 
425 aa  357  2.9999999999999997e-97  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  48.35 
 
 
415 aa  356  2.9999999999999997e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  46.84 
 
 
415 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  47.53 
 
 
415 aa  356  3.9999999999999996e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  45.45 
 
 
417 aa  354  1e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  45.2 
 
 
417 aa  354  1e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  46.1 
 
 
417 aa  353  4e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  46.51 
 
 
414 aa  352  5e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  48.35 
 
 
415 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  47.61 
 
 
445 aa  352  5.9999999999999994e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  46.1 
 
 
414 aa  351  1e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3440  diaminopimelate decarboxylase  45.64 
 
 
427 aa  350  3e-95  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  44.39 
 
 
414 aa  348  7e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  47.07 
 
 
417 aa  348  8e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  46.12 
 
 
422 aa  348  9e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  45.82 
 
 
415 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  46.65 
 
 
417 aa  347  2e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  45.77 
 
 
417 aa  347  2e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  44.9 
 
 
416 aa  345  6e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  43.56 
 
 
416 aa  345  8e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  44.95 
 
 
414 aa  345  8.999999999999999e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  46.1 
 
 
414 aa  344  1e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  45.48 
 
 
415 aa  343  2e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  47.72 
 
 
414 aa  344  2e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  47.03 
 
 
420 aa  343  2.9999999999999997e-93  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  45.6 
 
 
414 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  46.09 
 
 
414 aa  343  4e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  44.95 
 
 
414 aa  342  8e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  46.84 
 
 
414 aa  341  1e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  44.7 
 
 
414 aa  341  1e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  44.95 
 
 
414 aa  341  1e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  46.43 
 
 
418 aa  339  5e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  46.19 
 
 
423 aa  338  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  44.47 
 
 
418 aa  338  9.999999999999999e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  42.82 
 
 
447 aa  338  9.999999999999999e-92  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  45.94 
 
 
423 aa  338  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  45.43 
 
 
418 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  43.32 
 
 
419 aa  337  1.9999999999999998e-91  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  44.78 
 
 
421 aa  337  2.9999999999999997e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  46.56 
 
 
419 aa  336  2.9999999999999997e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  46.56 
 
 
419 aa  336  2.9999999999999997e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  44.7 
 
 
423 aa  336  3.9999999999999995e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  45.23 
 
 
419 aa  335  5.999999999999999e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  46.17 
 
 
414 aa  335  1e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  46.17 
 
 
414 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  43.77 
 
 
434 aa  333  3e-90  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  46.17 
 
 
414 aa  333  4e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  46.17 
 
 
414 aa  333  4e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  44.19 
 
 
419 aa  333  4e-90  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  46.08 
 
 
420 aa  331  1e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  44.67 
 
 
431 aa  331  1e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  43.91 
 
 
417 aa  331  1e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  44.36 
 
 
421 aa  330  2e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  44.64 
 
 
421 aa  330  2e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  45.24 
 
 
415 aa  330  2e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  44.39 
 
 
421 aa  328  7e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  45.06 
 
 
445 aa  328  8e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  44.97 
 
 
451 aa  328  9e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  45.41 
 
 
414 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  44.76 
 
 
416 aa  327  2.0000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  44.05 
 
 
422 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  45.66 
 
 
443 aa  327  2.0000000000000001e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  45.02 
 
 
420 aa  327  3e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  42.71 
 
 
420 aa  326  4.0000000000000003e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  43.5 
 
 
421 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>