More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2332 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2332  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 384 aa  792    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.247782  normal  0.140029 
 
 
-
 
NC_002950  PG2188  diaminopimelate decarboxylase  51.31 
 
 		 382 aa  384  1e-105  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  42.66 
 
 		 419 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  43.13 
 
 		 420 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  40.55 
 
 		 419 aa  281  1e-74  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  42.06 
 
 		 417 aa  281  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3606  diaminopimelate decarboxylase  42.74 
 
 		 420 aa  279  7e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00198954  hitchhiker  0.0000000450016 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  41.18 
 
 		 423 aa  277  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  42.31 
 
 		 420 aa  277  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  41.02 
 
 		 421 aa  277  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  42.62 
 
 		 451 aa  277  3e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  41.18 
 
 		 423 aa  276  5e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  42.7 
 
 		 417 aa  276  6e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  42.43 
 
 		 417 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  39.84 
 
 		 416 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  41.39 
 
 		 415 aa  273  3e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  39.89 
 
 		 421 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  43.65 
 
 		 417 aa  273  4.0000000000000004e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3276  diaminopimelate decarboxylase  42.16 
 
 		 419 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  40.21 
 
 		 420 aa  273  5.000000000000001e-72  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  40.16 
 
 		 420 aa  272  7e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  39.89 
 
 		 421 aa  271  2e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1908  diaminopimelate decarboxylase  39.89 
 
 		 421 aa  271  2e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3031  diaminopimelate decarboxylase  40.48 
 
 		 423 aa  271  2e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  43.09 
 
 		 432 aa  270  2e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  40 
 
 		 414 aa  269  7e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3708  diaminopimelate decarboxylase  41.71 
 
 		 423 aa  269  8e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2756  diaminopimelate decarboxylase  41.71 
 
 		 423 aa  269  8e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.303641  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3737  diaminopimelate decarboxylase  41.02 
 
 		 423 aa  268  8e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3451  diaminopimelate decarboxylase  41.71 
 
 		 423 aa  269  8e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  42.11 
 
 		 422 aa  268  8e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3766  diaminopimelate decarboxylase  41.71 
 
 		 423 aa  268  8e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.795007  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3197  diaminopimelate decarboxylase  41.71 
 
 		 423 aa  269  8e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1897  diaminopimelate decarboxylase  41.71 
 
 		 423 aa  269  8e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.705809  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  41.55 
 
 		 423 aa  268  1e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  43.09 
 
 		 417 aa  268  1e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  42.29 
 
 		 420 aa  266  5e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  40.61 
 
 		 422 aa  266  5e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0050  diaminopimelate decarboxylase  41.64 
 
 		 423 aa  265  7e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  40.33 
 
 		 417 aa  266  7e-70  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  38.86 
 
 		 421 aa  265  8e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  39.78 
 
 		 422 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  40.74 
 
 		 417 aa  264  2e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  37.74 
 
 		 421 aa  264  2e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  39.24 
 
 		 421 aa  264  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  40.44 
 
 		 414 aa  263  3e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  39.84 
 
 		 421 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  39.84 
 
 		 421 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  39.84 
 
 		 421 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  40.63 
 
 		 445 aa  262  6.999999999999999e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3860  diaminopimelate decarboxylase  39.5 
 
 		 422 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0818449 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  39.19 
 
 		 416 aa  262  8e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  40.17 
 
 		 414 aa  262  8.999999999999999e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  39.01 
 
 		 421 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1147  diaminopimelate decarboxylase  38.81 
 
 		 421 aa  261  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  39.72 
 
 		 434 aa  261  2e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  42.03 
 
 		 415 aa  261  2e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  39.73 
 
 		 401 aa  261  2e-68  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  39.34 
 
 		 418 aa  260  3e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  39.67 
 
 		 414 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  40.43 
 
 		 421 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  39.89 
 
 		 418 aa  259  7e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0056  diaminopimelate decarboxylase  39.24 
 
 		 424 aa  259  7e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  39.78 
 
 		 414 aa  259  8e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  42.82 
 
 		 407 aa  258  9e-68  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  39.84 
 
 		 417 aa  258  1e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  41.05 
 
 		 427 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4848  diaminopimelate decarboxylase  39.26 
 
 		 423 aa  258  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0946328 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  40 
 
 		 417 aa  258  1e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  39.5 
 
 		 414 aa  258  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  40.71 
 
 		 403 aa  258  1e-67  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  39.08 
 
 		 421 aa  258  1e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0083  diaminopimelate decarboxylase  42.82 
 
 		 432 aa  257  2e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822301 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  40.77 
 
 		 427 aa  257  2e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  38.34 
 
 		 425 aa  257  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  38.96 
 
 		 421 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  39.13 
 
 		 414 aa  257  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  42.23 
 
 		 416 aa  257  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  40.39 
 
 		 414 aa  257  3e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  39.23 
 
 		 414 aa  257  3e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  41.27 
 
 		 399 aa  256  4e-67  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  40.5 
 
 		 427 aa  256  4e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4020  diaminopimelate decarboxylase  40.17 
 
 		 423 aa  256  6e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  39.67 
 
 		 415 aa  255  7e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  39.21 
 
 		 422 aa  255  7e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  41.5 
 
 		 414 aa  255  8e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  40.39 
 
 		 417 aa  254  1.0000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3116  diaminopimelate decarboxylase  39.95 
 
 		 424 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675356 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  38.89 
 
 		 418 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1136  diaminopimelate decarboxylase  41.48 
 
 		 427 aa  254  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.451004  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  39.89 
 
 		 414 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  38.74 
 
 		 434 aa  254  2.0000000000000002e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  40.16 
 
 		 417 aa  253  3e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  40.22 
 
 		 414 aa  253  3e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1682  diaminopimelate decarboxylase  38.2 
 
 		 430 aa  253  3e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  38.59 
 
 		 415 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  37.83 
 
 		 422 aa  253  6e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  40.06 
 
 		 414 aa  252  7e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  40.22 
 
 		 415 aa  252  7e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  40.33 
 
 		 418 aa  252  7e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>