More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1136 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008752  Aave_0992  diaminopimelate decarboxylase  74.64 
 
 		 427 aa  644    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1136  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 427 aa  867    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.451004  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  74.76 
 
 		 431 aa  644    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2916  diaminopimelate decarboxylase  73.51 
 
 		 433 aa  639    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0948953  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0777  diaminopimelate decarboxylase  75.95 
 
 		 427 aa  652    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  75 
 
 		 431 aa  645    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0669  diaminopimelate decarboxylase  73.76 
 
 		 428 aa  632  1e-180  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.478543  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  69.29 
 
 		 422 aa  595  1e-169  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3116  diaminopimelate decarboxylase  70.24 
 
 		 424 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675356 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  61.41 
 
 		 451 aa  513  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  60 
 
 		 423 aa  505  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  60.39 
 
 		 423 aa  502  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3766  diaminopimelate decarboxylase  64.06 
 
 		 423 aa  498  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.795007  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3451  diaminopimelate decarboxylase  63.81 
 
 		 423 aa  497  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2756  diaminopimelate decarboxylase  63.81 
 
 		 423 aa  497  1e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.303641  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  60.83 
 
 		 419 aa  496  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3737  diaminopimelate decarboxylase  63.81 
 
 		 423 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1897  diaminopimelate decarboxylase  63.81 
 
 		 423 aa  497  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.705809  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3708  diaminopimelate decarboxylase  63.81 
 
 		 423 aa  497  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3197  diaminopimelate decarboxylase  63.81 
 
 		 423 aa  497  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  57.58 
 
 		 432 aa  493  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3031  diaminopimelate decarboxylase  63.33 
 
 		 423 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3276  diaminopimelate decarboxylase  59.22 
 
 		 419 aa  479  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  58.06 
 
 		 420 aa  472  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  59.56 
 
 		 420 aa  474  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  58.98 
 
 		 420 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0083  diaminopimelate decarboxylase  55.37 
 
 		 432 aa  471  1.0000000000000001e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822301 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  57.25 
 
 		 445 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3606  diaminopimelate decarboxylase  59.31 
 
 		 420 aa  464  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00198954  hitchhiker  0.0000000450016 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  57.93 
 
 		 423 aa  463  1e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  55.88 
 
 		 417 aa  456  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  55.13 
 
 		 418 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  56.13 
 
 		 417 aa  454  1.0000000000000001e-126  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  53.27 
 
 		 445 aa  451  1e-125  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  53.75 
 
 		 414 aa  449  1e-125  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  53.75 
 
 		 414 aa  449  1e-125  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  53.75 
 
 		 414 aa  448  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  53.75 
 
 		 414 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  55.61 
 
 		 417 aa  447  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  55.1 
 
 		 414 aa  446  1.0000000000000001e-124  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  53.04 
 
 		 415 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  53.49 
 
 		 414 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  55.96 
 
 		 414 aa  442  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  53.51 
 
 		 414 aa  444  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  52.06 
 
 		 414 aa  443  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  53.51 
 
 		 414 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  51.82 
 
 		 418 aa  438  9.999999999999999e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  52.54 
 
 		 416 aa  435  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  53.68 
 
 		 417 aa  437  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  53.66 
 
 		 415 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  56.1 
 
 		 415 aa  434  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  54 
 
 		 414 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  53.66 
 
 		 415 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  51.57 
 
 		 414 aa  432  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  54 
 
 		 414 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  54 
 
 		 414 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  54.81 
 
 		 415 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  53.66 
 
 		 415 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  53.38 
 
 		 415 aa  429  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  53.9 
 
 		 415 aa  430  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  54.59 
 
 		 414 aa  428  1e-119  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  54.84 
 
 		 415 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  50.84 
 
 		 414 aa  428  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  50.85 
 
 		 443 aa  431  1e-119  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  54 
 
 		 414 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  53.51 
 
 		 414 aa  426  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  53.41 
 
 		 415 aa  425  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  51.7 
 
 		 417 aa  424  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  51.7 
 
 		 416 aa  423  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  55.1 
 
 		 415 aa  422  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  50 
 
 		 443 aa  421  1e-116  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  53.27 
 
 		 414 aa  421  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  52.18 
 
 		 417 aa  418  9.999999999999999e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  50.97 
 
 		 417 aa  416  9.999999999999999e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  55.17 
 
 		 418 aa  417  9.999999999999999e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  51.46 
 
 		 416 aa  409  1e-113  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  50.48 
 
 		 419 aa  410  1e-113  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  55.37 
 
 		 415 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  52.8 
 
 		 419 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  52.8 
 
 		 419 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  53.17 
 
 		 415 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  52.93 
 
 		 415 aa  402  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  50.48 
 
 		 434 aa  402  1e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  47.67 
 
 		 423 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0041  diaminopimelate decarboxylase  49.4 
 
 		 421 aa  400  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.437243  hitchhiker  0.00781145 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  49.27 
 
 		 415 aa  395  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  50.49 
 
 		 434 aa  393  1e-108  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  45.01 
 
 		 417 aa  394  1e-108  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  48.05 
 
 		 418 aa  392  1e-108  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  46.86 
 
 		 417 aa  389  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  43.96 
 
 		 417 aa  387  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  51.56 
 
 		 422 aa  387  1e-106  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  44.44 
 
 		 417 aa  382  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  46.68 
 
 		 419 aa  384  1e-105  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  45.89 
 
 		 417 aa  383  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  50.24 
 
 		 422 aa  384  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2176  diaminopimelate decarboxylase  52.9 
 
 		 430 aa  383  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  50.71 
 
 		 427 aa  384  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3860  diaminopimelate decarboxylase  50.49 
 
 		 422 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0818449 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  50.71 
 
 		 427 aa  381  1e-104  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>