More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_5513 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 
425 aa  850    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  59.72 
 
 
434 aa  505  9.999999999999999e-143  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  56.03 
 
 
417 aa  498  1e-140  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  55.06 
 
 
417 aa  479  1e-134  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  57.72 
 
 
419 aa  480  1e-134  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  54.74 
 
 
417 aa  476  1e-133  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  56.06 
 
 
414 aa  473  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  54.59 
 
 
417 aa  471  1e-132  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  56.7 
 
 
418 aa  465  9.999999999999999e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  53.88 
 
 
417 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  54.03 
 
 
417 aa  462  1e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  55.58 
 
 
434 aa  462  1e-129  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  56.4 
 
 
445 aa  462  1e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  55.34 
 
 
414 aa  462  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  55.56 
 
 
417 aa  462  1e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  57.48 
 
 
415 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  57.01 
 
 
415 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  55.71 
 
 
418 aa  458  1e-127  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  54.63 
 
 
414 aa  455  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  53.54 
 
 
417 aa  457  1e-127  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  55.11 
 
 
414 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  55.11 
 
 
414 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  55.45 
 
 
414 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  55.58 
 
 
414 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  55.13 
 
 
415 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  55.11 
 
 
414 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  54.27 
 
 
417 aa  454  1.0000000000000001e-126  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  54.5 
 
 
417 aa  454  1.0000000000000001e-126  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  54.76 
 
 
416 aa  454  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  54.87 
 
 
415 aa  451  1e-125  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  53.94 
 
 
423 aa  449  1e-125  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  53.21 
 
 
414 aa  448  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  55.82 
 
 
414 aa  450  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  56.09 
 
 
416 aa  450  1e-125  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  55.95 
 
 
412 aa  449  1e-125  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  56.16 
 
 
414 aa  448  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  52.97 
 
 
414 aa  441  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  54.63 
 
 
422 aa  442  1e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  53.46 
 
 
416 aa  443  1e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  53.92 
 
 
415 aa  442  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  53.81 
 
 
417 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  55 
 
 
427 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  55.24 
 
 
427 aa  440  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  54.16 
 
 
414 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  53.05 
 
 
422 aa  436  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  54.95 
 
 
427 aa  438  1e-121  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  54.16 
 
 
414 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  54.16 
 
 
414 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  54.23 
 
 
421 aa  436  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  54.16 
 
 
414 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  52 
 
 
417 aa  433  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  54.63 
 
 
415 aa  433  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  51.88 
 
 
421 aa  434  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  56.32 
 
 
418 aa  432  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  53.44 
 
 
414 aa  430  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  53.46 
 
 
414 aa  430  1e-119  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  52.48 
 
 
431 aa  429  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  53.52 
 
 
421 aa  429  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  54.03 
 
 
415 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  53.79 
 
 
415 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  53.92 
 
 
415 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  52.58 
 
 
421 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  54.87 
 
 
415 aa  427  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  54.03 
 
 
415 aa  428  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0041  diaminopimelate decarboxylase  51.41 
 
 
421 aa  427  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.437243  hitchhiker  0.00781145 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  55.34 
 
 
415 aa  423  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  51.41 
 
 
421 aa  422  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  51.41 
 
 
421 aa  421  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  54.82 
 
 
416 aa  422  1e-117  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  52.1 
 
 
420 aa  420  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  52.72 
 
 
415 aa  419  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  53.44 
 
 
415 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  52.62 
 
 
420 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  50.36 
 
 
445 aa  415  9.999999999999999e-116  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  52.96 
 
 
422 aa  412  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  51.17 
 
 
422 aa  412  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3860  diaminopimelate decarboxylase  51.06 
 
 
422 aa  413  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0818449 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  49.76 
 
 
418 aa  414  1e-114  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  50.12 
 
 
432 aa  413  1e-114  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  52.84 
 
 
420 aa  413  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  50.7 
 
 
421 aa  414  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  54.89 
 
 
422 aa  411  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  51.06 
 
 
422 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1600  diaminopimelate decarboxylase  52.11 
 
 
422 aa  409  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.458641  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  51.92 
 
 
414 aa  411  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  55.61 
 
 
423 aa  411  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  53.66 
 
 
419 aa  411  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  53.66 
 
 
419 aa  411  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  50.23 
 
 
421 aa  411  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  53.68 
 
 
415 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1682  diaminopimelate decarboxylase  52.11 
 
 
430 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  52.38 
 
 
419 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  52.39 
 
 
421 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  52.51 
 
 
421 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  50.71 
 
 
443 aa  405  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  49.3 
 
 
429 aa  407  1.0000000000000001e-112  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3606  diaminopimelate decarboxylase  52.86 
 
 
420 aa  403  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00198954  hitchhiker  0.0000000450016 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  53.29 
 
 
422 aa  404  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  51.05 
 
 
432 aa  404  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  50.84 
 
 
421 aa  401  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.788055 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>