More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0075 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 416 aa  831    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  53.72 
 
 		 434 aa  449  1e-125  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  51.56 
 
 		 417 aa  442  1e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  49.4 
 
 		 417 aa  430  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  49.64 
 
 		 417 aa  430  1e-119  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  49.4 
 
 		 417 aa  430  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  54.82 
 
 		 425 aa  422  1e-117  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  49.28 
 
 		 417 aa  411  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  50.61 
 
 		 422 aa  409  1e-113  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  48.28 
 
 		 423 aa  402  1e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  53.04 
 
 		 418 aa  404  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  49.76 
 
 		 416 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  49.76 
 
 		 418 aa  395  1e-109  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  52.17 
 
 		 419 aa  395  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  52.17 
 
 		 419 aa  395  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  51.92 
 
 		 415 aa  392  1e-108  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  51.09 
 
 		 427 aa  392  1e-108  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  45.1 
 
 		 418 aa  392  1e-108  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  45.83 
 
 		 419 aa  394  1e-108  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  50.85 
 
 		 427 aa  393  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  49.39 
 
 		 419 aa  393  1e-108  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  50.61 
 
 		 427 aa  390  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  49.39 
 
 		 414 aa  388  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  49.88 
 
 		 412 aa  385  1e-106  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  47.93 
 
 		 415 aa  385  1e-106  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  52.29 
 
 		 415 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  50.73 
 
 		 421 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  48.38 
 
 		 420 aa  387  1e-106  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  49.88 
 
 		 434 aa  382  1e-105  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  48.92 
 
 		 445 aa  384  1e-105  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  46.39 
 
 		 429 aa  383  1e-105  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  50 
 
 		 421 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  48.08 
 
 		 415 aa  382  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  48.67 
 
 		 414 aa  380  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  49.27 
 
 		 417 aa  379  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  48.19 
 
 		 414 aa  378  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  49.51 
 
 		 421 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  49.28 
 
 		 420 aa  378  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  50.24 
 
 		 421 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  48.67 
 
 		 414 aa  376  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  47.95 
 
 		 414 aa  376  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  48.43 
 
 		 414 aa  375  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  48.43 
 
 		 414 aa  375  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  48.43 
 
 		 414 aa  377  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  51.81 
 
 		 415 aa  378  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  49.76 
 
 		 416 aa  378  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  47.27 
 
 		 421 aa  372  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  47.74 
 
 		 422 aa  374  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  46.56 
 
 		 421 aa  374  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  47.98 
 
 		 421 aa  374  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  48.93 
 
 		 421 aa  375  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  48.43 
 
 		 414 aa  374  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3860  diaminopimelate decarboxylase  47.74 
 
 		 422 aa  371  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0818449 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  47.74 
 
 		 422 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  47.98 
 
 		 421 aa  371  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  48.78 
 
 		 417 aa  369  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  47.95 
 
 		 414 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4020  diaminopimelate decarboxylase  47.74 
 
 		 423 aa  370  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  48.67 
 
 		 414 aa  370  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  49.88 
 
 		 414 aa  369  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  50.12 
 
 		 415 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  47.7 
 
 		 416 aa  367  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  49.88 
 
 		 415 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  42.99 
 
 		 447 aa  367  1e-100  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  45.52 
 
 		 418 aa  367  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  49.88 
 
 		 415 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  48.93 
 
 		 422 aa  368  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  50.12 
 
 		 415 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  48.56 
 
 		 417 aa  365  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  50.73 
 
 		 415 aa  366  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0666  diaminopimelate decarboxylase  45.39 
 
 		 434 aa  367  1e-100  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  47.27 
 
 		 421 aa  364  1e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1908  diaminopimelate decarboxylase  47.27 
 
 		 421 aa  364  1e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  43.24 
 
 		 420 aa  364  2e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  50.36 
 
 		 415 aa  363  2e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  46.79 
 
 		 421 aa  364  2e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  46.79 
 
 		 421 aa  363  3e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0041  diaminopimelate decarboxylase  46.04 
 
 		 421 aa  363  3e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.437243  hitchhiker  0.00781145 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1600  diaminopimelate decarboxylase  46.79 
 
 		 422 aa  362  5.0000000000000005e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.458641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  49.4 
 
 		 414 aa  362  5.0000000000000005e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  46.51 
 
 		 417 aa  362  5.0000000000000005e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  46.08 
 
 		 431 aa  362  5.0000000000000005e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  46.32 
 
 		 421 aa  361  1e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  48.08 
 
 		 417 aa  360  3e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4044  diaminopimelate decarboxylase  51.54 
 
 		 422 aa  359  5e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.181053 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  49.51 
 
 		 418 aa  358  9.999999999999999e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  48.67 
 
 		 415 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  48.91 
 
 		 419 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  48.19 
 
 		 414 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1147  diaminopimelate decarboxylase  48.54 
 
 		 421 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  46.79 
 
 		 421 aa  357  2.9999999999999997e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1682  diaminopimelate decarboxylase  48.69 
 
 		 430 aa  356  5e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  48.19 
 
 		 414 aa  356  5e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  48.8 
 
 		 415 aa  356  5e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  48.19 
 
 		 414 aa  356  5e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1721  diaminopimelate decarboxylase  49.17 
 
 		 422 aa  356  5e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  48.19 
 
 		 414 aa  356  5e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  47.27 
 
 		 422 aa  356  5e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3440  diaminopimelate decarboxylase  48.07 
 
 		 427 aa  355  6.999999999999999e-97  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  50.36 
 
 		 415 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>